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Ranking of RP:PFM:REP : from 1101 to 1200

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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 SRP_SPB:Signal peptide bindin  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11 1111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111--11111111111111111111111111111111111111111---1111111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111------1111111111111111-111111111111111111111111111111111 1111111-311111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111111113311311121121-1122-11151-1211-111-112111111-121122112-1111111131121222262223223371432232222
 g domain                       ***************************************************************** ** ******************* *****************************************************************************  *****************************************   ********************************************** ******************************************************** ******* ********************************************************************************************************************************************************* *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** **************************** ***************************************************************************************************** *******************************************************************      **************** ********************************* ******* *************************************************************** ************************************************* **** ***** **** *** ********* ********* *************************************
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 fn2:Fibronectin type II domai                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         3121213111 12122131583 3141111211321121 2  2 2121  1           1                         
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 lavoprotein FAD-binding domai  **    ********** *********** ***                             ****    ******************* ************************** **   ******  ***********        ***      ********   ******** *               ****************   **       **           *                *****  ********* *************************      **                      *        **                                                         ************************* * * ** ****** ***  ** * ** *****************************************************************************************                             ********************************************************** ************   ********          *******  ********                         **** ******* *******************     *       * * *  ********** *******************       ***************** *******                 ********** ****               *****************************             *     ** ****************  ********          *                         ***********  *     *** *** *********************************** ********* **********  **************** ******************* ********************* *** ******************* *************************     ****************
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 PIP5K:Phosphatidylinositol-4-  -------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11--------1-------------1----------------------------------------------------------1--------1--------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2211915-144344434343333323333332333333332332225142444433333243222232-2222122212232222323335344373335313870154770631708866888247867782307459748828688868661876884197745381513343233413333367293772450665
 phosphate 5-Kinase                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               **        *             *                                                          *        *        *                                                                                                                                                                                                                                 ******* ************************************************************ **********************************************************************************************************************************
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 YjgP_YjgQ:Predicted permease   ----------------------------------1----------------------------1---- 222--------1------------------------------------------------------------------------12222222-2222--222222232211111112221111222322222223----------322222233111111112222111111111111111133322222--------------------11-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2--------22222555422222222222222222222222222222-2222222222222222222222222224222222222224444444426644242------------2222121221221----1222222222222222222222222222222222222232222222242222222222222222222222222222222222222--2222222222222422121-22-222122222121222222212-1222222222222222222222222222222222--22222------23222222224244444-24244444442434224422222222222222222222222222212442221222222222222222222222222222222222222222222222222222222242222222222222222222222222222232222222232222222222222222222222222221111111122--------------------------11111111112322 ----1------1-1------------------------------------------------------------------------------------------1------1---------------------------------------------------------------11-------------1---1----
 YjgP/YjgQ family                                                 *                            *     ***        *                                                                        ******** ****  ************************************          *********************************************                    **                                                                                                                                                     *        ************************************** *******************************************************            *************    *************************************************************************************  ******************* ** ********************* **********************************  *****      ***************** *****************************************************************************************************************************************************************************************                          **************     *      * *                                                                                          *      *                                                               **             *   *    
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 Clp_N:Clp amino terminal doma  -------------------------------------------------1------------------ 2242622222222232222-242224222222333335982555422232222621222254223455232233333312213221111111-2-----1111123232222222222222221221222222224444422233245244523442222322327756922322222223222233442232222221221222122222222221222122322222221222222-222222222222222212211122221122122222111-----------1--------------------------------21222222222232321222---3221123323222232222122222-1242---2-11111-111--1-----111211111-----1------11-------------231-11111111111------------2111-------112--------------------21212111112221221111132331111122112221-11111111111111111112111111-1---22111112-11-12-22--211-11---111121113---------------------1--1-22--1-1111-111111111111111111121---1111------11111111111111111-1-11111111111111--121111--11111111111111111111111111-1111111-1111---111111111111--1---------------1111111-----1111----11---1---------------------------111111111-1111---2223333--------11--------------------------24142433543211 11----1-1---------------------------------------------------------------------------------------------------2------------------------------------------------------------------11211121440451-56-11----
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 ApbA_C:Ketopantoate reductase  111-11-----------11111111111-11111----1-1-11-12-------1111111------- --1-1111111--222211-1---22111112-1-11-11-11111---211--1--------1--122---111-------21-111--1--111-----11---1----------------------------35522------------22------------111-------------1-------113222222221222222121112222223111111111121122222222222222322223-1-11-2-1-3222--11-22-1111111111--------------1111111111111-111111111---221111111111-1111111---11-1-2-5311-1-----------222111-------261111332342------------22122322-3--1--11--11-1-11---1-111111-222222222121-11---------------------------------31--221117556673323366563333334431312-243312311446-6111---1-------------141--111-1--------2221111-122-213-21---------------------11---11121-1121111111221111111111111------------11221211111111111-11111111111111111112322211121222222222222222111111111211111111111---1---------12212-------------------------3-22222322232322212----------111111111111111111111111------1-11-122----------------------------------------------121- ----11------2248467466468773323332222222222433563466294444455524234542235222323342222213325442423231263233-111-----------------------------------------------------1----2------111-1111-----25--2111---
  PanE/ApbA C terminal          *** **           *********** *****    * * ** **       *******          * *******  ****** *   ******** * ** ** *****   ***  *        *  ***   ***       ** ***  *  ***     **   *                            *****            **            ***             *       *************************************************************** * ** * * ****  ** ** **********              ************* *********   ************ *******   ** * * **** *           ******       ************            ******** *  *  **  ** * **   * ****** ************ **                                 **  ********************************* ************ ****   *             ***  *** *        ******* *** *** **                     **   ***** *************************            ***************** *****************************************************************   *         *****                         * *****************          ************************      * ** ***                                              ***      **      ********************************************************************************************** ***                                                     *    *      *** ****     **  ****   
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[1122] PF00958           1216                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 GMP_synt_C:GMP synthase C ter  1111--1111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111-11 1121111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112211111111221211---11111111111-------111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111111111111111111112111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111---------------111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111121111211111111111111111111111111111111111111111111111111111-11111------11111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111122222211111-1-1------1-------------1------1-111111111211 1112222-522-111111-1111111111111111111111121111112112111111111111111111111111-1111111111111111131111111111-2214122322112111124-11252-1121111211221111-1112-22215982222122224633111191111111111121121111
 minal domain                   ****  ********** ************************************************ ** ******************* ****************************************************************************   ***********       ****** *************************************************************************************************************************************** ************* ************************************************************************************************************************************** *****************************************************************               *************************************************************************************************************************************************************************** *****      ***************** ************************************************************************************************************************************************************************************ * *      *             *      * ************ ******* *** ****** ********************************************************** **************************** ******************* ***** **************** **** ********************************************
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[1123] PF00805           1215                                                     11                                                                                                                                                                  744333111        11113353                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             3                                                                                                                                                                                                                                                                 1                                                                                                                                                                      1                                                                                          
 Pentapeptide:Pentapeptide rep  -------------------------11-2----------------1--4-461----3---------- ----1---------1----------------------742-2-4-1-1----11------37--4-21-1---------------1-1-----------------------------------1498363337832---------281366627993425445709254313-----2--1---1--------11111111-21111-1----1122---2-1----11-24-------------------------------------------------------------------------------------------1-12111111222--2-----------------------1---------1-18993------7--1--------------------1111311-1-1----------------12211--------------------251--------------------------1---------11-3------12222----2222-----------3---1----2--7--1-1----------------11-5--1----11------1-122------1062---------------------------12---5----31------3----2-33-11---3-1----------11-----------------1-------------1-----3--24122222222222222-------3----------1----23-----------2-2---1------------------1--212222-1--2----1-----------------------1122----------------1-111111-------------------------------------------------- 2---543----------------------------------------------------------------------------------------------------14692256521111-1112222271-24111111111111-111112-1-111-12313112-------1--4-1-1-4331-42-------
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 Cofilin_ADF:Cofilin/tropomyos  ---------------------------------------1-----------------1---------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2211185-311-4563342444575334444444553644534444454447672555355453554433534453545445555345457633456555325546-0840341940878560773577902-431566525841695542744607884480867478094624111111211110274421143543
 in-type actin-binding protein                                         *                 *                                                                                                                                                                                                        *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          *                                                                                                                                                           ******* *** ********************************************************************************************** ************************* ******************************************************************
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[1133] PF02219           1209                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
 MTHFR:Methylenetetrahydrofola  ---11-------------11111-1---2--------------------1111-111-1---111--1 111121111111111------1---1-------11121121322212-1----121-1--111-12411211111111---1311111111211-----11-1121211---------------1111111111111111-1-1211111111111111111111211111111111111111111111-1111111111111111111111111111111---11111113-1111111111111111111----111--1-11--11----1-111111----11111111111111-------------111111111-1211111111111111111----1-2--11112112212111211111-11111111-----111111111111111111111111121111111121-2332112212231111122122232221111111111121-11-----------------------------11211111111111111111111112111111111111211111111112111111111111111111111112111-6631121112111-222122222111112211111-11111--2-------11111111-1111--11-111111111111111-111112111111111111111111111111111-1111111111111111111111111112121112111112111111111111-12222222222211-111111----11111111-11-1111111122122231111111122211222211111---------111111111111111223333333322221111111111------------------------------------2-111111111211 ----111-21--1112222222222222222222222222222222222222222222222222222222211223222222222222222223222222222333-2612121112111121121121501-212-11111121-111-1111112-31121221-111-3231111-11112141222422223222
 te reductase                      **             ***** *   *                    **** *** *   ***  * ***************      *   *       ************** *    *** *  *** **************   *************     ** *******               **************** * ********************************************** *******************************   ******** *******************    ***  * **  **    * ******    **************             ********* *******************    * *  ******************** ********     ************************************ **************************************** **                             ***************************************************************************** ************* ********************* *****  *       ******** ****  ** *************** ********************************* **************************************************** ************** ******    ******** ** *************************************         ***************************************                                    * ************     *** **  ********************************************************************************************** ************************* *** ******** *** ******* ******** *** ******* ********************
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[1134] PF01392           1208                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1                                                                                        
 Fz:Fz domain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          33222211 1 11122121292 213 1 12 121 111 1  212212 23     1  1  2                         
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 preferring nucleoside hydrola        ********** *      *   *                                        * *  ************** **  ******* *********   ***  ** *** **  ******* ************  *       *  *            *                            *****    * **    **           *****            ***      * ******************** ***  ***        ** *********************** ********** *******   ****                                       *  *  ********** *   ***** **     **     *        *  ****        * *        ***********       *  *  ************   * **********        ***** *                                *        *******    *** **** ** *        * **      *  *                           *     *                       **** *                ** *    * * ******************             **** ************ ************************** ************************  *                    ** *  ***              *  *   *     ******** **** ***             *     *    **********                        *                          *    *   **       *** ****  *********************************************************** ***************************** *  ********** *  ***** ***** ***  * ********* *****   ********************************** **** *
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 (Domain VI)                    -------------------------------------------------1------------------ ----------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------2---------------------------------------------1----------------------------------------1-1--------------51360855310355973958693404164394482264294390655698593315577895933-----------------1----1-
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
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