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Ranking of RP:PFM:REP : from 1201 to 1300

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[1201] PF01431           1145                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1   1         11 1 251 1 1    1         1  1      12  12 2  2131                         
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 ATP-synt_DE_N:ATP synthase, D  --------------------------------------------------11---------------- 1111111111111111111-111111111111111111111--111111111-11111111111111111111111111111111111111111--1--1111111111--------------12211111111111111111112211111111111111121111111111111111111-----111111111111111111111111111111111111122222211111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1--122111111111111--11111112111111111211122111111111111111111-11111311111111111111111111111211212211111111111111111211111111111111111111111111111111111111111122121121221122222212123111111222112111211111122111111111111122111112111111221111111111133111111211111111111111111111111111331111111121111111111111111111111-1111111-11111111111111111-11-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112223121111111111111111111111111112111111111111111111111111111111121111121211111111111111111111111111---------------1-11---1----11--1111111111111112111 11--111-311-1121111111111-111-1111111111111111-111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111122-1212-21111111-11131121252-112-1--1-111-11--1--1---11112121-11121111121214111-13318112-111---
 elta/Epsilon chain, beta-sand                                                    **                 ******************* *********************  ********* *****************************************  *  **********              ***********************************************************     *************************************************************************************************************************************************************** *  ***************  ***************************************** *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** ******* ***************** ** *******************************************************************************************************************************************************************************               * **   *    **  ******************* **  *** *** ************* *** **************** ************************ ********************************** **** ******** *********** *** *  * *** **  *  *   ******** ***************** ******** ***   
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 Ribosomal_L27:Ribosomal L27 p  -------------------------------------------------------------------- 1111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111 22--111-2---1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112-11111-11--1112-122-1111111-211112112-333-214111111111-113-111111111---1111-1111--112222333322343114211211-1
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 BN-like family                         *******         *  * ***                 ****                *************** *** ************************* ** ********   * *********           *  ******* ****  ********** *********    ******* ** *        * ****** **   ******* ********************     **************************************** ****************************************** ************************************************ * ************ ************ **                 ********************* **************** **************************  ************************ ***************************** * **********************************************************************  ************  *  * **************** **** ****************************************************   ****      ***************** **************************************************** ************   *************************************************************************************************   ***  ** **               *             *             ** *                                   *                           *                                                                                  *    *            *      *                 *     *    
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 IL8:Small cytokines (intecrin  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------410580361087067732758-05788135244825406856794334----------------------------------------
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 NusG:Transcription terminatio  -------------------------------------------------------------------- 1231111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111131111111222211111--121116113211111111111111212222222212111111112111111111111111111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111112111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111114111111111111121111111112111111211211111112221111121111111111111113111111111111111112-111114111211122411211121111111111221111111111111111121111111111--111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111121-11111211111122121111111111111111111111111231111111111111111111111111112221111212222222212222222222311-1222111111123222222222222222-22222222222222222222222222222222222222222222222222221222322222322112222222111111121111111111111111111111111121111112211111122321111111111222222222222221111111111111111111111221111111121111111-111111111111111111111121111111111 -----------------------------------1-------11----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---1-----1112-1--12---1
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  hydrolase                                                                                          ******************* *****************************************************************************  ********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************* *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** **************************** *********************************************************************************************************************************************************************************************** *********************************     **      **** **********  ***************** ******* ***** * ************************** ** ***    ****** **** ******* * ********** *** ***********  ** ** * *    **        * *****************  **** 
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[1216] PF02460           1131                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1 51 111 1    1 1  1 251 111 1  1     1      1 1  1  2 11     2331     1                  1
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[1220] PF03447           1129                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               2                   
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 Carn_acyltransf:Choline/Carni  -------------------------------------------------1-----------------1 --1---------11----------1-----------1----211-----1-----1----11-1-11--------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------11--------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------1-------------1--------------11-1--------------------------------------1--------------------1---1---------------1-----------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------1---1--------------------------1------------------------------11--------------------------------11----------------1- ------2-745143322334222222222222222322224222234732324222223434233341144333363234333333---57624553334453646-68-12021787663776376273851296487575788487358542996933891384645600261----------1-1-31-229877-
 tine o-acyltransferase                                                          *                 *   *         **          *           *    ***     *     *    ** * **                                                              *                                                                                                                                                                                                                                    *                                                               **                                                                                *                                                            *             *              ** *                                      *                    *   *               *                                                                 *                                                       *   *                          *                              **                                **                *        * ******************************************************************************   ***************** ** *****************************************************************          * * ** ****** 
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[1229] PF00382           1121                           11111111                                   1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      13  1 1                                           2        1 1        
 TFIIB:Transcription factor TF  22324223444444443322252243506284222222222282222222222324433334463194 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 22234432411-444343433333333333333333333333332343444444444444443333331444344444446666563444554644644244566445247856855221224243252535-164123244342121316326144453659348345642464532315322366523462124441
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 Pili_assembly_N:Gram-negative  ------------------------1------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------1----1-----------------------------------------11--------------------------------1--1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------1----------1--111------------------------------------1-1------------------111-----------1---2111382231623333222-6665433131215--222--1--2-2-1--------11-----------------------------------1-11-11----------------------------1111-------------1----112----2------11-------69--3651551113931-300804942458299199840923756462323454533433204445689--133313113222-------------12---------1---11---44334-4-11-178671425-2343-333------------1------21-1132121221111111------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------1-----1----
  pili assembly chaperone, N-t                          *                                                                                                                                 *    *                                         **                                *  *                                                                                                                                                                                                          *                                  *          *  ***                                    * *                  ***           *   ******************* *************  ***  *  * * *        **                                   * ** **                            ****             *    ***    *      **       **  ************* ***************************************************  ************             **         *   **   ***** * ** ********* **** ***            *      ** ****************                                                                                                                                                                                                                         *                               *     *    
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 ptidase, N-terminal beta-prop                          *     *                   * * *******     *  ******************* ********************** *************** **** ***  *********                     ******** *               ** ***** *******     ****** **           *****            * *     *         *  *  *              *                                                                                                                                            *        ** ***************** **************** *********** *****************                  ****  **          ********** ****    *******    ************** **** ****         **       **       * *******      *    *   *        *      * ***       *****                 ****  ************************  ****       ***************** ********************************************  ****** ************   *            *     *                  * ******************* ********  ***************************                  **                           *         * *     *** *** ****    ***** *  ****          ***  **  *    **                              *** **** ******** ****************************************************************  ** ************* *********
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 ALAD:Delta-aminolevulinic aci  11-1-11111111111-1111111111111111111111111112111111111-------111--11 1211111111111111111-111111111111111111112111111111111211111112211111111--------111111111----1------11111111111111111111111111111111111111111---11242122211111111112111321211111111111111111---11111111111111111111332211111111111111111211111111111111111111-------------11---------------------------------------------1---------11111111111111111111111211---1-11111111-11111-1-111111111-----111111111211211111111111-1121111111111111111111111111111111111111111111111111112111111111111111111111111111111111121111121111111111111111111112112111111111111111112111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222221122221211211--11111------21111121111111111-11111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111--1111111111111212111111-----11111111121111111111142212111111111111111111111111111111111111111111111111-111111---------------------------------------11-----1111 11--111-1---1111131111111121111113211111111122111111111111111111-11111111111111111111111212111111111111311-12-2321211211111122111482-12311111112--111-11-111211221121111111--1211111111112133121113111-
 d dehydratase                  ** * *********** *************************************       ***  ** ******************* ***************************************************        *********    *      *****************************************   ********************************************   **************************************************************             **                                             *         **************************   * ******** ***** * *********     ************************ **********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************  *****      ***************** *****************************************************************  **********************     ************************************************************************** ******