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Ranking of RP:PFM:REP : from 2001 to 2100

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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[2001] PF03331            662                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                1                   
 LpxC:UDP-3-O-acyl N-acetylgly  11------------------------------------------------------------------ 111--------------------------------------------------------------------------------11111111111111--11111111-111111111111111111111111111-11-------1111111111111111111111111111111111111-----111-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2---1--------11111211111111--1111111111111111111111-1121111211111111111111211111111111111111111111111121111------------1111111111111----1-----11111233322222222211222222211111111121111111111111111111111111111---11111111111--1111112111121111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111--11111------11111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111111111111111----------------------------------------------1111 ------1------------1---------------------------------------------------------------------1-1-----1-1--------1-2-----------------1511--------------1------11--1----------------111210222111111-511-1111-
 cosamine deacetylase           **                                                                   ***                                                                                **************  ******** *************************** **       *************************************     ***                                                                                                                                                                       *   *        **************  ********************** *******************************************************            *************    *     *****************************************************************   ***********  ******************* ***********************************************************  *****      ***************** *******************************************************************************************************************************************************************************                                              ****       *            *                                                                     * *     * *        * *                 ****              *      **  *                *************** *** **** 
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 ylase, central region                                                  *   *               *         *  *                   *            ***  * **              *   ***   *    ***                *         *    *                          **         *   ***           *                                         *               *      *                       *     * *                                                             *                *                      *                       *                                                         *                              *       *  *                                   *                     *                                              ***** *                           *  *                    * *  *     *  *                * ***        *     *       ***    *                 **       *                             ****          *       **       *    ****               **              * **   * *         **                                   *               * ***** *** *** **************************************************** ******** **************************** ********************************************************************* ********* ************
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 PRELI:PRELI-like family        -------------------------------------------------1------------------ -----------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------- 1111222-----2232222222222222222222222222222222222222221221221122222212222223333322222222224522231122222333-4--82377675564674986037401967356695675465526441575664603432363463432----------2111212--1112-
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[2008] PF02724            660                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1        2    13                      1                                             
 CDC45:CDC45-like protein       --------------------------------------------------1----1------------ ------------------------1-------------------------------------1---------------1-------11-------------------------------------------------------------------------------------1--------1-----------------------------------1---------1--1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------------------1------1---------1----------1------------1----------------------------------1--------------------------------------------------------------------------1---1---------------1----------------------------------1---------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------11111111111---------------------------------------------11-1---1----------------------------------------------------------------------------------------------------------- --33241-821232411344142231211323333425353331675333251213153311212112112111111-1222112212115312245553132353-13164332133142142325622651546333271354322122443332254413421652433342311131212166355514264552
                                                                                  *    *                                     *                                     *               *       **                                                                                     *        *                                   *         *  *                                                                                                                                    *                                                     *      *         *          *            *                                  *                                                                          *   *               *                                  *                           *                                                                                           ***********                                             ** *   *                                                                                                              ***** ********************************************************************* **************************** ********************************************************************************************
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[2009] PF00936            660                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1            1        1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
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 OmpH:Outer membrane protein (  -------------------------------------------------------------------- -12---------1----------------------------------------------------------------------1-2-1222212551--1243-432131------1-11111-11111112121--------------1-------------1----1------------------11--------------------------------------------------------------------------------------------------1-1-----------------------------------------------------------------------2----1---1-1121111---11-----------------------------------1-----------1----11--1-1-1-----------1--1-111--11----11--11111111111111111-----2111111111111111111211111111111111111111111111121111-1112111111111111111-1-111112211121121121-111111-3-1-------------------------111111-11111111111111111111111111-11--1------11111121221111211-111121211211111111111111111111111111111111112111111111111111111111112111111111111-----111-1111-1111111122---1-11111111111111121111111111-11111111111111----------------1-------1111111111---------------------------1111111111112 ---------------1--1------------------111111-----1112-1---11----11-1-------------------1---1---------111-------52211211-2111-36161925-74211112--13111-15--2----11---2--1----------2-3-----1----2---21121
 OmpH-like)                                                                                           **         *                                                                      * * **********  **** ******      * ***** ***********              *             *    *                  **                                                                                                  * *                                                                       *    *   * *******   **                                   *           *    **  * * *           *  * ***  **    **  *****************     **************************************************** ******************* * ****************** ****** * *                         ****** ************************** **  *      ***************** *********************************************************************************     *** **** **********   * ************************** **************                *       **********                           *************                *  *                  ******     **** *   **    ** *                   *   *         ***       ******** **** ******** ********  ***** **  *    **   *  *          * *     *    *   *****
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[2019] PF04433            655                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        11 1 14  1 1                                                               
 SWIRM:SWIRM domain             -------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- --11331----134511121121312222221211111111112221111111111111111333222133233322-22333333423112111111121226771311799767354545557141334620866445646565644675664765634544431722422333--182221143452831111111
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 DUF618:Protein of unknown fun  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ----121-----112-11122222222221-1212222222122212322222222332333111111-11111111111111112-2111-11-1-------2-2121170092196424663405348873175444583793578527551427663495644275673744--1132222245691531-2231-
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 reductase, dimerisation domai     *                    ******* ***  *****  *   *****        *    ** ******************* ************************* ** ********   *** *******        ****  ***            ** *****                ****************   * *************************************        **************************************************************             **                                             *          * *        * *  ********    * *******  ****       **                                                                                                                            *********************************************************************** ****************************************************************************************  *****      ***************** ************************************* ***************************   *********************     **************************************************************************                                               *        * *                **                                                                       *                                                                    *               ******************* *  *
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 Abhydro_lipase:ab-hydrolase a  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1---661-1---222121111111111111111111111111111111121222221112222232-213122333333313333433314121121-11122322-3536-1--12244525496372626-959535583564335358315386611382138620120962-35-----318226158--44681
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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 DUF88:Protein of unknown func  -----------------------122212221--211111111-----1211112322223---1--- --1-3113111211-11----1--11-----11111---1--11-1111-11--2-2-----1-1--2221-------111122221---12-1------1-1-11-1----------------113221112-2422111111133254432322------23324343------------22222---2-----------------1-----------1--------------1-1-------------------------------------------------------------------------------------1------1--1---1-11---------11-1-22-11--1------1--1-11111-----11322221211121111111-112-1111221111112111114121121111223122231211111111111111112------------------------------1111-----11111121----11111111-11111121--1--2123123111211211-121---111-111222-42-1--11--221----------11111-1-----11211121-3233322-1--111-1321-1-1111111112121112112211----113---------------------------1----------------------------------------------------------------1-------1112111-----1----------------1-1-211111121211112112----------111211111111112111212211------1---------------111---------------------1---1----------111 ----------11--11-111---1111-------------------1---111111----------------------------------4---11-----11-----313-------------------------------------------1---------------------1--------511313121-2--1
 tion DUF88                                            *********  *********     *************   *      * ********** **    *  **     *****   *  ** **** **  * *     * *  ****       *********   ** *      * * ** *                ********* **********************      ********            *****   *                 *           *              * *                                                                                     *      *  *   * **         ** * ** **  *      *  * *****     ******************** *** *******************************************************                              ****     ********    ******** ********  *  **************** ***   *** ****** ** *  **  ***          ***** *     ******** ******* *  *** **** * **********************    ***                           *                                                                *       *******     *                * * ******************          ************************      *               ***                     *   *          ***           **  ** ***   ****                   *   ******                                  *   **     **     ***                                           *                     *        ********* *  *
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[2042] PF08148            646                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              2                                                4                   
 DSHCT:DSHCT (NUC185) domain    -------------------------------------------------------------------- ---111111111111-211-1-11111111111---1111111111111111111111--111111111111111111------------------------------------------------------------------11111111111111111111111111111111111111------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1-111-1------------1------------------------------------11--1-----------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------111-----------1-------------111----------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 2222222-411122312222222232222222222222221222222222222222212222322212222221222-3222222223324222222222242322225244322212222222242228421223222222222121212113211222472322222232221323474544553672443323331
                                                                                                        ************ *** * ***********   **********************  ******************                                                                  **************************************                                                                                                                                                                        *  * *** *            *                                    **  *                       *                                                                                                                                     ***           *             ***                                  *                                                                                                                               *                                                                                                                                                       ******* ********************************************************************* *************************************************************************************************************************
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[2043] PF03349            645                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 Toluene_X:Outer membrane prot  -------------------------------------------------------------------- --3----------------------------------------------------------11--------------------212112222-322---3533222-33---------------11111-11131-11---------------------------------------------------2------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------21--11111-----1------1-----12222222122-11111111111-11121111111111---11111111111-1111111-----11------------------------------1-1---1--1--------------1------1-1-1-1-111--1------1---11512322-211111--1114121211311-1333-2-2-1-11122321612-1121------111111111211222222-24-1-43-2222222222223244243----223------11111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111--111111111111----1111-2222-231122212111111114155555252241133332225413311221---------234633333345444112222222211-1----221122-----------------------------------------------2-2 ----------1-11----------------------------------------1------------------------------------2----------------------------------------------------------------------211-------11-----1----------1-1------
 ein transport protein (OMPP1/                                                                         *                                                          **                    ********* ***   ******* **               ***** ***** **                                                   *                                                                                                                                                                                    **  *****     *      *     *********** *********** **************   *********** *******     **                              * *   *  *              *      * * * * ***  *      *   ******** ******  ************* **** * * * *********** ****      ****************** ** * ** *******************    ***      ***************** ***************************************************  ************    **** **** ************************************************         *************************** *    ******                                               * *           * **                                        *                                    *                                                                      ***       **     *          * *      
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 COPIIcoated_ERV:Endoplasmic r  -------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11---------------------------------------------------------------1--------------------- --22222-843-2222222222222222222222222222222222222222222222222223222322242222222222222222222222272221222233-29296644553242333552914241734332353345333323325334334343643153113332133435643365782635666658
 eticulum vesicle transporter                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           **                                                               *                        ***** *** ********************************************************************************************** ********************************************************************************************
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 DUF3533:Protein of unknown fu  --1-----------------------------221-----------------1--------------- -2--132-11112212211-1111111111111---1424-1-11-2-1321111111-----21-32-1-42224553243------------------11--------------------------------------1-11---------------------------------------11-----131444445553544555222222654233221133343313133333333333333311231-3-23-1---3222332212312-2222121221111-11-11-1111111111111112111211111---5544444443341144122221----22---1--1---11-----------------------1-----------------------------1---------------1---------------------------------------------------------------------------1---------------------------1------------------------------1----------------------------11-----------------------------1---------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-1--------------------------------1111------------------------11--------2-------------------------------------------------------1-----------1-1-1---- -----1--------1--2242114231-------------------43121353-1-11---331111113232343-32-44446---331-2242121311----------11-----------------------------------------------2---------------1---------11---------
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 Fe_hyd_lg_C:Iron only hydroge  ------------------1------------------------------------------------- 1-----------------------------------------------------------------------------1--1------1121-3----------------------------------------------111--1--------------------------------1--------334------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------242265555555556454443446252122235445844841433322---2------------------1---1--------------1---------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------1---------------3-2--415322--111111151------13-----------------------------1---------------111---1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------2--------------2---------------------------3223333333-1-- 1111111-3112111111112111111111111111111111111111211121111111111111111111111-1111111111111-111111111211111111122262335212112225272985-5361131322221232123-822322125111215111111212319111311112121121212-
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 te transporter/malic acid tra                         *