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Ranking of RP:PFM:REP : from 2601 to 2700

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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 PAN_1:PAN domain               --------------------1----------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2----------------------1---------12--1111131221-1------111111-1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ------3-------1-1321---1------------------------1-1-2-21-----------1------------------------1---------------2-32312--122221125213154-65212211-1112-2133239-211-1-1960418333682--13-2-1311-693-12--77321
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 DUF559:Protein of unknown fun  ------------------------------1-1---------1--1----111--------1----1- 1----41-221--125533-33--363233333444--23-423-1221---653-11-----1--1---11322-22--73--------1--------1--1-2--------------------2-22-1-------1----1-311211221--1-----2---212--1------------2-----1----------------------------2----1---1--5--------------------------1-----------------------------------------------------1----------1-1-------------11------1----11--------11----------13343-----1-323-2243476---------------113-12-112111221411211---41---------1-111111-------1------------------------------412511----1----------11-1-----------------------13121----------2211211-1--1--1--2-1--1-1---1122-1311--1-1-1---------------------1----1---------1-----11-11--21----1-----1--2-----------1-1---1---11--111---1-1--111111--1----------------------111-1111--1--------1----------134-2211--111--2-12123-----1121----1---1---21-1---1--1-11-1-111-1--------1------22121---------1-11------------------------1---111-1-----------1--------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11-----------
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 nus                                                                        * *                          *          **    *  **      ***** ** *****   *  *    *  **  * *  **                             *   *                                       *      *             *                          *               * **                   *                                                                                             **                                                ****       *                             * ** *   ********   *  *       *            *                                *****      *******      **      ***  *   *           *  *                                      *     * *                                                  *      *                                                                                                                   *                                   *                                                                                                                   *        *********************        ******************                 *         ****** * *** ****  ****** ************* *** ***  ************************ * **********         **   *    * ** 
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 TACC:Transforming acidic coil  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------1-------------------------------------1----------------------------------2---------------------------11----------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------11----------------------------------1---------------------1--------1--------------------------------1--------------------------------------------------------11----1-------------------------------1---------------------------------------------1-------------------------------------------1--------------------------1-----------------1--1--------------------1----------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------1-------111-----------1-------------------------------------------------------------------1------------------ 1-11--1----1222-1------1---111112----------1---1----------1---1---1-----1--1-----1-------2-11----------1-1-1-1755683244532436331432813692565335624554472222744358-1231371-22221121--1----------1-----1-
 ed-coil-containing protein (T                                                                                                                   *                                     *                                  *                           **                                        *                                                                               **                                  *                     *        *                                *                                                        **    *                               *                                             *                                           *                          *                 *  *                    *                *                                                                                                                                            *                          *       ***           *                                                                   *                   * **  *    **** *      *   ******          *   *          *   *   *     *  *     *       * **          * * * **************************************************** ******* ********  *          *     * 
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 Alg6_Alg8:ALG6, ALG8 glycosyl  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------11------------11-----------------------------------------------------1----------------1---------------------------------------------11--1----------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- --2222------222322222222322222222333232323322121222222233222222222222231322333232222222222222222-1--242223-2324332423333222286152893-343221221232323222131232232232223-3223433322221---2122242222232322
 transferase family                                                                                                                                                                  *                                                                                                                                                      *                                                                                             **            **                                                     *                *                                             **  *                                                                                              *                                                                                                    *                                                                                                                                                                                                                                                                    ****      ************************************************************************************ *  ****** ************************* ********************************* *************   ****************
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[2613] PF02556            466                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 SecB:Preprotein translocase s  ------------------------------------1------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------1------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------211----------------1------1---3------111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111133222222111211111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111-1--11------------1--11-------1--------------------------11111111111111111111111111111111--112111--11111111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222211111111111111111111111111111--1------------------------------------------------------1-- ----1--------------------------------------------------------------------1--------------------------------------1------------------------------------------------------------------------1--2----------
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 ion protein                                                                                              *                                 *                                                           *                                                 **                                       ********************************        **********************                                                                      **** ******* * * ***   ***  * *****************                                                                                                                                                                                                                                                                          *                                       *                                                                                                                                                                                                       *                                              * *    *              *****          ***   *                   *   *                   *   *            **                  *                       *            *      *   *      **       **   
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 aPHC:Alkaline phytoceramidase  -------------------------------------------------------------------- -11---------------------------------------1-----------------1---------------------------------------------------------------1----------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------11----------------------1-1----1----------------------------------------------------------------1-------------1-------------------------------------------1----------1---------------------1------------------------1-------2-----------------------1---1------------------------------------------------------------------------------------------------11111----1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ----221----111223222232332311111111133333331113323334311222111111111112211122222111111-1-12131121111-3-222-1114354434222325276354664-65813327255314331542833225533-41--11121112----1-----41262331-22211
  (aPHC)                                                                                              **                                       *                 *                                                               *          *                                                                                                                                      *                                                                                                                   *                           **                      * *    *                                                                *             *                                           *          *                     *                        *       *                       *   *                                                                                                *****    *                                                                                                                                                       ***    *************************************************************************** * *********** * *** ************************* ***************************** **  ********    *     ******** *****
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[2630] PF04749            464                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1                                                    1                     2222 21    1  
 PLAC8:PLAC8 family             -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ----31--73--1111121332112222233331--12221222-11-23223311-22111-----------------------------11323----1--1----3-1275341231-13253-31563-323-3114-255111-14113-1256333534------1-5--741611-2112361626234182
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
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 DUF572:Family of unknown func  -------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------- 3111222-3-1-222222222223222222222322222222222222322222-2222222221111111111111-111-11112222522232223222222212544243235211116334223825-544-121233421211321-21-1242332222252423432-22272322233342522332343
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 oteins, plastocyanin/azurin f        *     **          ********        * **      * *             **  ** *  *      *                     ****              *                                             *    ****                          *****   ******************  * ******************          ********  ****       * *  *           *                                      *                                                                               *                     * *   *      ***** *  *  *********** *********** ******** *** *  ********* *             * *                                *   **********     ****      *** * *  ** *************     * *************      *         *                        *                     *       *****   **    *      *         *     *                                                                               *          ** *****                      ************** ***             *     ***        *   ****    ******                                               *                        *           ***                                                                       **                                                                   ************* **     * 
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[2640] PF03635            459                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1     2                                                1                   
 Vps35:Vacuolar protein sortin  ------------------------1--1----------------------1----------------- ------------------------1------------------------------------1----------------------1------------------------------------------11-------------------2-----11-------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------111111111111-------------------------1--------------------1---------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------1----------------------1----------1--------1------------------------------1-----1------------------------------------------------------------------------1-----------------1------------------------------------------------------------------------------------------1------------1-----------------------------1-1----------------11------------------------------------------------------------------------------------- 1111421-321111121212232423111111112231211122332213222222312323111121111211131-1112212112122213221112122232-12442222261431222143114421223121133321211212121132221113231331231151111162221151263341242313
 g-associated protein 35                                *  *                      *                                          *                                    *                      *                                          **                   *     **             *                                                                                                               *                  ************                         *                    *                           *                                                                                                           *         *                      *          *        *                              *     *                                                                        *                 *                                                                                          *            *                             * *                **                                                                                      ******* ********************************************************************* **************************** ********************************************************************************************
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
                                rrmsrtdilllllllknqrsllulrolklacaiaernorrrrnolbrnererznyrrmdnbrilyumr pcirirpfuuuioesuivvvvlpprebbbbbcnooorydalnnndvedncclrlhitliieoanrryeeisoiiifnnrrnllorrofaaelosnnieehhyrfntrbpraaaaaaovleeeearplmaabtaasgroseaahrsrnnnnnrllooeeeeeeeeoobbnyrrrrrrrrrrrrsodeeerniaytttttrrrrrrrrrralccmbuuibuehebgnnnnnlensrrrrrrrrrrrrrrriiepeielsslrslhaauuaaklntsncccaaasuuurtteeeeeeeeeeeoooooooooooooniieeeeeeeeteeittttttttttlfuuvrrryteegbicddffedeleederencoccrllleeccaniidlpddmnrllllloonlllciiitdlchttdpdotvbdmmtllzgggdlutlprinnhhhhnimssssssssyaaytgnbrranammmsnuurallnnlsaoccpddbpitotabiorrtbnnnnpullllllyyeeeeeakenitttcycclotedpiparrsstonabhonnnnnnnnrtlaaockteytcssglllltmbbvtlarohheenlimtnrtmjjjjjriplllllllncorfrrdlecugyillgallllnilwwwwieaetdocdderlohhhhhhskdateslllllllllllllllllllllllllllllreeerrymrtttttttttttpppppoyyseeenoetssssssssseeonmrrrrrreeeeprelieeechccffffrmmluuuuuuncycnprrrrtuuuntttturrrillllllllulssoooooorrlllllommmmyyyssssgsnoffrrttzrrtrrcrnlilyllomatpnrlnooobcnelnreedebrlrtratfrcc lemrsreeajutnnnjadadmsaagyrrrpppppnuemmmmssaaanlerareybhioeastpsnsceuoasisiyrdkrubbbroptmrantnmcooossayrayncxuotubgraprlnirdsrilrpppeogcrrrlmtuurcmcrabvfmgltrottvbiglrlmgliechrirsscruoltttiiaeiepfmjo
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 KdpD:Osmosensitive K+ channel  ----------------------------1-------1------11----------------------- 11212------1--11111-1---1211111-11111311-21112---11--11--1--1--22-1212----------1---1---1111-1------11--111-1------------------1---------------2-111-111--11------11-2311--------------11-----2--111111111111111------111-1-1-1121111122-22121111122211--11-1--1--1-----------------------------------------------------------------112-------1-1-111--1----------------------12----1--211------111111-111111----------1-11-11111-1--111111211111111-----1-11---2222222221--1111--------------------------------1--1111-1111111-11111111111111211121-1111-11--11--1-111--1111------------1--------11-111-1--1111---1--11-2-----1-11----------------11111-------------------1---11--------1------1111111111111-111-1111111111111111111111111111111111111111111111----1--11111111-111---1---------1-------------------1111111---1-11211211-1111-1111111-11-1----1----------1111111111------------11----------------------------------------------1-21 -------------------1----1----------------------------------1--------------------------------------------------1-------------13--------------------1---1-11-------1---------------1-------1--1-----3-2--
  His kinase sensor domain                                  *       *      **                        *****      *  ***** *   ******* ******** *****   **  **  *  *  ** ****          *   *   **** *      **  *** *                  *               * *** ***  **      ** ****              **     *  ***************      *** * * ********** **************  ** *  *  *                                                                 ***       * * ***  *                      **    *  ***      ****** ******          * ** ***** *  ***************     * **   **********  ****                                *  **** ******* ******************** **** **  **  * ***  ****            *        ** *** *  ****   *  ** *     * **                *****                   *   **        *      ************* *** **********************************************    *  ******** ***   *         *                   *******   * ******** **** ******* ** *    *          **********            **                                              * **                    *    *                                  *                                                  *             **                    *   * **       *               *       *  *     * *  
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[2642] PF06155            459                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1                                                               1                        
 DUF971:Protein of unknown fun  -------------------------------------------------------------------- 111--------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------1---------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------111-1-1----1-11111111111-32122122121-11121111111112111--------21--------1---1111----------------------------------------3333332-1112211212211321112111221111111111111111111-11111111111111------------------------11111----------------------------11-----1---1-1111111111111111111--111-1--------------------------------------------------------------------------------------------1---------1-131---------------111-1-----1222122231221121111---------1----------------------------111-111111----------------------------------------------11-- 1-1111--211-111-1-1-------1111111--1-111-11-----12-12---2-1111-11--1-1-1111------11111---1111111-----11112-2112211122111-22211122252-2211-211111-11-1112111211212-12231432-1182112-----112231111-13233-
 ction (DUF971)                                                                                      ***                                                                                                        *               *         *                                                                                                                                                                                                                                                *         *** * *    * *********** *********** *****************        **        *   ****                                        ******* ******************************************* **************                        *****                            **     *   * *******************  *** *                                                                                            *         * ***               *** *     *******************         *                            *** ******                                              **   * ****  *** *** * *       *******  * *** **     ** **   * **** **  * * ****      *****   *******     ***** ************* *********** **** ****** ** ************* ******** *******     ********* ***** 
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[2643] PF02675            458                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 AdoMet_dc:S-adenosylmethionin  221222222222222212222221-----------11111111--112------11111121112--- -1----------------------------------1---------------------------112----------------11222----------------1----------------------------1---------11--1-11111221111111------1111111111111---2222-121222222121222222121111221123-111------221-----------------------------------------------------------------------------------------1211111111111111111-111-11--1--31221211--1111111-1111----------------1--11-----------------------1-------------------1------1-1111111111111--1-----------------------------1----------1111111--------------1---1-1--111-11111---11--1-------------11-1-11111----1--------------------111-----------------------1-11----111--1-----------------------11111--1111111-111111111111-11111111111111111111111111-1111111111111111111111111-111111111111--11---------1111--------------------------1-2222--1-------111-1111-1111--------------11111111111111--1-112212------------------------------------1111111111---- -----1--------1---------------------------------------------------------------------------------------------2-------------------------------------------------1---------------------------------341----
 e decarboxylase                ************************           ********  ***      ***********     *                                  *                           ***                *****                *                            *         **  * **************      *************   **** ****************************** ***      ***                                                                                         ******************* *** **  *  ********  ******* ****                *  **                       *                   *      * *************  *                             *          *******              *   * *  *** *****   **  *             ** * *****    *                    ***                       * **    ***  *                       *****  ******* ************ ************************** ************************* ************  **         ****                          * ****  *       *** **** ****              **************  * ******                                    **********          *        *                                                                                             *                                                 *                                 ***    
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 DUF89:Protein of unknown func  ----1-----------1------1--------1-111111111-111111-1--11--211---1--- ----1--------------------------------------------------------------11--------------1--------1-----------1--1----------------1--11--1--1------------1---------------1----11-----------------11-----------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------1-1-----------------------------11-1-1-------------------------------------------------------------------11-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11------12-21211211---------1-----------------------------1-11--------1-------------------------------------------------------------1--1------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-1-1---- 12----2-311-2221121-341131211112111111111111-1111111121112121111111111111111111111111111223213223222222111-2214342213222112264241312-225122322221122221113333231112231262323233133263442242341422133551
 tion DUF89                         *           *      *        * ********* ****** *  **  ***   *        *                                                              **              *        *           *  *                *  **  *  *            *               *    **                 **                       *                                                                                                   *           * *                             ** * *                                                                   **                                                                                                                                     **      ** ********         *                             * **        *                                                             *  *                                                                              *                                                                                                                               * * *     **    * *** ******* ************************ ************************************************************* ************************* ******************************************************************
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 Topoisom_I:Eukaryotic DNA top  --------------------------------------1---------------------------11 --1-1---------1-1----1---1------11111----1---1---11-111-----111-1-----------------------------------1-1-111-1--------------1----------------------------------------------------------111------------------------------------------------------------------1------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------1--1------11111-----------------1-1111111111-----111-11111------1-1111--------------1----------------------------------112---11-11111111----1111-------11111---11---1--1---1----11-1-----------111------------------------------1--------------------------------1-----1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11--11111111111111111------------------------1111111111-------------------------------------------------------------1-1 2211111-411-12111111111111111111111111111111111111111111111111111111112111111-11122211-1112111111111111121-2111334534121113233122322-42222211112211111221522225124212113119221111-1511111311212611111-2
 oisomerase I, catalytic core                                         *                           **   * *         * *    *   *      *****    *   *   ** ***     *** *                                   * * *** *              *                                                          ***                                                                  *                              *                                                                                            *  *      *****                 * **********     *** *****      * ****              *                                  ***   ** ********    ****       *****   **   *  *   *    ** *           ***                              *                                *     *                                                                                                                                                             **  *****************                        **********                                                             * * ******* *** ***************************************************************** ******** ******************* ************************* ******************************************** ******************* *
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[2646] PF05943            458                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DUF877:Protein of unknown fun  -------------------------------------------------------------------- --1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-1----------11---------------------------1---1---332-2-2----2-----211111-----------2------------------------------------------111-24111125444422226666153312221--1-11-1--1---21--1----1------------21----------2----1-1-12-1-----24---1--------1-1------------111-1-12----2------2-----------1----11--------3-1111-221-22232-1--2--12-4221-----111111541-21121-1111-1-112------3--155556555655---1-----1-1---311----1----------1111111---2-3333112222222-211122222222-31221111113322--1-2--222------1--------------------------------------------------------- --------------1--------------------------------1-------------1-------------------111--1-----------------------------11-1111-22111461-1121211-111111-1111111111--1---1--1----------1----------------111-
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[2647] PF06327            458                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1 11          1 1 14  1 2              1  1       1                                     
 DUF1053:Domain of Unknown Fun  -------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------1--5590896454546780525678306166658678536462263966675140-24435237--23------------------------
 ction (DUF1053)                                                                                                                                                                                                                                      *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             *  **************************************************** ********  **                        
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[2648] PF08718            458                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        2 1                  11                                                                    
 GLTP:Glycolipid transfer prot  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1111--2-1--12121111111111111111111111111111111-111111121111111111111-1--111------11111---24212221111111222-2114666675333244384344196-757233153435243214227234346542742232313443222-21-12225491623211112
 ein (GLTP)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ****  * *  *********************************** ********************* *  ***      *****   ***************** ************************* ********************************************* ** *****************
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 TarH:Tar ligand binding domai  ----------------------------------------------------------11-------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------4444444253524443--44243531113-11------3----------------------------------------------------------------------------------------------321111111-11--11--------------11----------2-----------------------------------------------------------1---11---------------------------------------------------------------------1-111122122222221222212111-------1-------1--------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------66644764442422244-4434422424424444442---55222433244444342422421314443--423344434443-------------------------------------------------2222-1111--------------1---------------1-1--111-----------------------------------------------------1-1---1---- ----------------------------------1-------------------------------------------------------1-----------------------1------------------------------------------------------------------------------------
 n homologue                                                                              **                                                                                                                                                                                                         ****************  *********** **      *                                                                                              ********* **  **              **          *                                                           *   **                                                                     * ************************       *       *                                *                                                                                               ***************** *******************   *****************************  ************                                                 **** ****              *               * *  ***                                                     * *   *                                       *                                                       *                       *                                                                                    
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 ARS2:Arsenite-resistance prot  ---------------------------------------------------------------1---- --------------1--------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ --12113---111112111111111-1111111211111111121111212111112111111--------1-1--1-11----1--111241122211111124211--3572844421132241374405166921-231463125114144454322457764756322242-31-12221-64541121-32321
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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[2666] PF08334            455                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 GSPII_G:Bacterial type II sec  -------------------------------------------------------------------- 225----------------------------------------1---------------------------------------111-------------------------------------------------------------1---2-1--------12-----------------------123---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---211111--1-11-------1-11111-----111221---1--1--------------2-31---1--1-----1------1122------------------11111----------------------------------111-1---11111131111111111112112111114--11851211211112---46251--------4334231121-----12----34424345211114-21----------------------1-1--121122112111111111111111111121---1111------1-12--11111122212-111111211112121122111111-------------------1111------211111111111--11-----1111111-----------------1111111-1-3144444244133341121---------11111111111111122222221111111--1-111111-----------------------------------------------11- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------1----1--1------------------------11----------------------------------------------
 retion system protein G                                                                             ***                                        *                                       ***                                                             *   * *        **                       ***                                                                                                                                                               *   ******  * **       * *****     ******   *  *              * **   *  *     *      ****                  *****                                  *** *   *****************************  **************   *****        **********     **    ************** **                      * *  ******************************   ****      * **  *********** ************************                   ****      ************  **     *******                 ******* * *******************         *****************************  * ******                                               **                                                                                                               *        *    *  *                        **                                              
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[2667] PF03743            454                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 TrbI:Bacterial conjugation Tr  -------------------------------------------------------------------- 3------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------2-------------1-----11--------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------1---5223-4223112-522322--211111111113-------11544-3335322211311711-2-311--11-11111111163-1---11111111112211221112211111111-1132--11171122122----2231----1--34-114--43212273332112111---1---1------3-3-2----1-----1------11----11-----------1--2--11-2222314-1----2-21-1--------133---1--1----------1--2------11-3112-----1-2---1--1112----11------2122--1311--12---11211--3-1-------1--11---12----2-111113435-----------11----11---1-------1--221-1-----11-111----------11-2---1-1---12131222---3--1------------------------------------------------------------ -------------------------------------------------------------1-----------------------------------------1------------------------------------------------------1----1------------------------2----------
 bI-like protein                                                                                     *                                                                                    *                                                *             *     **                                                                          *                                                                                                                                 *          *   **** ******* ******  ************       ***** **************** * ***  ** *********** *   ***************************** ****