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Ranking of RP:PFM:REP : from 3001 to 3100

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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 ATP_Ca_trans_C:Plasma membran  -------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1396984434345410364778-25723444346524331623347454-3721-1161-2451--------------------1111-
 e calcium transporter ATPase                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                *                                                                                                                                                                                                                                                                      *  ********************** ************************** **** **** ****                    **** 
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[3008] PF01885            382                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                            1       
 PTS_2-RNA:RNA 2'-phosphotrans  11-111------------1111121-----------------------111111111111--11---- ----1-------------------------------------------------------1---1--111-----------2------------------1---11------------------------------11-1---1-1--------------------1-1-------------1-------------------------------1---------------21---------------------1--11---------11-------------------------------------------1-------------1---------------111--11--1------------------11--2----------------------------------------------111-11-111-------------------------------------------------------------------------1--------------1-----1----------------1------------1---------------1-1-------------------------1-1-----------------------------------------------------------------------------111-1-1111----111-1-111111111----12--------------------11-111------------------------------1-----------------------------111--1--------11---------------------------1--------------1-------------------------------------------------------- --11111-211-111121111111111-211111111111111111121111111112211111111111111111111111111111121222141111-1111--1114-31111111122244111443-22611112-211-2-2121-221121252222--1-11--1--2118---2-111212011--11-
 ferase, Tpt1 / KptA family     ** ***            *******                       ************  **         *                                                       *   *  ***           *                  *   **                              ** *   * *                    * *             *                               *               **                     *  **         **                                           *             *               ***  **  *                  **  *                                              *** ** ***                                                                         *              *     *                *            *               * *                         * *                                                                             *** * ****    *** * *********    **                    ** ***                              *                             ***  *        **                           *              *                                                           ***** *** *************** ************************************************************************ ****  **** ******************** ******** *** * **** ************  * **  *  ****   * *********  ** 
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[3009] PF10351            382                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                1                   
 Apt1:Golgi-body localisation   ------------------------2-------------------------1----------------- ---------------------1----------1---------1----------------------------1----------1------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------1-------------------------11-11-1--------1----------------------1-------------------------------------------------1------------1-------------------------------------------------------------------------1-------------1-1----------------------------------------------------------------------------1-------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11---------------------------------------------------- ------3-1-1-22211211121111211253322122222222112312322212322221233122-22-11222-2222223211112-1131211112133211-15222426121112214221281221512212111111211211212132153321121214-132-1-24213112--2132-22151-
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 Cyto_heme_lyase:Cytochrome c/  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------2------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 21--112-2---22232222222222222222222222222222222222222222222323222222222222223-2322222222222223122222322222--5-212232121-1132531215821325221222221221222121131112321111111121121-522422221----2-12222321
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 FYRN:F/Y-rich N-terminus       -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------111----------------------------------1---------------------------------------121-111----1--55513-237767565424453164942251073444365553-543352165244513133112823721221121711---4122-21---1---
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 rase                                             *               *                                                                                                             ***                                      * *                                                                                *                                                                                                                                                                                                                                     *          *                     *                                                                                     *                                                 *  *                                                                                      *                                        *                                                                     *                                       **           * *                                                      *          **     *  ************************************************            *         * *********** **** *** *****                               **          *  ****         ***   * *  * ********** ** *
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 DUF419:Protein of unknown fun  -------------------------------------------------------------------- 111-11--111---1------1---1------11111--1----111-1---111-11--------1221------------------2211-211---21111211-1------------------------1---------1--------------------------------------1-1-------122222111-112111--1111111---11--2222221---------------------1--1---1---11---------111111111111221111111111111111111111111111111111-----------------------2-----12-----------------1----1----------1---------------------------1--112--11------111---11--11-11------------------1------------------------------------------------------------------------1------------------1---------------1--------------------------11---1-1-----------------------11----3-11------------------11-------------21-112-2222222222-22322222222222222222223---1222221222222222212222222--11-111111111--------------12-1111211---------1111111----211111111111111211----------1111-1--111111-----------------------------------------------------------------------111 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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 ding factor-like protein                                                                                                                                                                                    *                                                            *          *                      *  *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          *****     *** ** ********************************************    *  *  * *    *  *  ************** ***** ************************* ********************************* ******************************* 
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 OAS1_C:2'-5'-oligoadenylate s  -------------------------------------------------------------------- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------1-------1-----------------------------------------------------------------------------------------------61-----676364269787432-9826664274961788203477411-1--112--------3-------------------------
 ynthetase 1, domain 2, C-term                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        *                                                                                                                                                                                                                                                 *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      *       *                                                                                               **     *************** ************************* *  ***        *                         
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[3025] PF10296            381                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                      1             
 DUF2404:Putative integral mem  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ----11--2-1-3322221122223223323233233333333333223333332232233342122222223221221222222222313221212122322566-3--154542211111111111-1311113-1111111111111111223433-121121131-21632-111--12-20115251-------
 brane protein conserved regio                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               **  * * ********************************************************************************************** *  ****************** ******* ********************** ********* ***** ***  ** ********       
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[3026] PF06409            381                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             12                                                                    
 NPIP:Nuclear pore complex int                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            151                                                                   
 eracting protein (NPIP)        -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------172-1-----------------------------------------------------------------
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          *** *                                                                 
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[3027] PF09763            380                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              2                                                                    
 Sec3:Exocyst complex componen  11------------1--------------------1-------------------------------- ----------------------------------------------------------11---------------------------------1--1------------------------------------------------------1--------------------------------------2-----------------1----1--------1------1-----------------------------------------------------------------------------------------------12-------1-1----------1---------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------111-1-----1--------1--------------------------------------1---------------11-----------------1-------------1----------1------1------1----------------------1-------------------------------------11------------------------------11111111211------------1---11---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- --1-111-311122112211112211122111121111211111111212131211211222111112-31111321-111--11-11-1112211111-1412311121244114512121113413-564143321121111-1111231131331113-2224-21112133--13---1-2544812211114--
 t Sec3                         **            *                    *                                                                                           **                                 *  *                                                      *                                      *                 *    *        *      *                                                                                               **       * *          *         *                                                                                                                                   *                             *** *     *        *                                      *               **                 *             *          *      *      *                      *                                     **                              ***********            *   **                                                                                                                                                 * *** ************************************************************ ******** ***  ** ** ********** **************************** *************** **************** **** ********  **   * *************  
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[3028] PF08351            380                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
 DUF1726:Domain of unknown fun  ---1--21222222221111-1111----11----------------------11111111---11-- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------111-1111-----------------------1---------11111111111111111-111111111111111111111111111111111111-111111111111111-111111111111---------------11112111--11111111--------------------------------------1-111------1111-------------------------------------------------------------------------- 1111111-311111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11-11111-111111111111211111111211111111312111111111111112-1-2111113111111111-11111-111211123-211111113111111118111111--21211121111
 ction (DUF1726)                   *  ************** ****    **                      ********   **                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  *                                                                                                       *** ****                       *         ***************** ************************************ *************** ************               ********  ********                                      * ***      ****                                                                           ******* ************************************************************ ** ***** ************************************************ * **************** ***** ********* ************************  ***********
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 tion (DUF892)                                         *                                             ***                                   **                              *                             * * *** *              *                        *                 ***             **                                                                                                                                                                                                        *************          * **********   *************    ******   ******** **** **                              *     ** **** ***    ** *****   *                                          * *                                                                               *    *                *   * ********** ***** ************ ***     ****************   ****   ************                *                          * * ** *  *    *  *                        * *****                                                                * *                            **                       *                                                                                                              *                    *             *
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 Perilipin:Perilipin family     ------------------------1------------------------------------------- -------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----1-1---------------1------------------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ----111-----1-1--2------1-1---1------111111111--1-1215----1111--------------1----3-------21--123-1---1-434-1--54457494321453641841151853144276575244333218555631113121362061-31--1-------1--1----------
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 ROS_MUCR:ROS/MUCR transcripti  ----------------------------1------------------1-------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------333211111111111111111111111111111-67110565192131111131115333221----------1111111115443822------------------------------12611------------------------------------------------------------------------1---3331624331314211112-------4---------------------1---------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2--------------------------------------------------------- ------------------------------------------------11-------11---1---------------------1-----------------------1--2--1------------11131-1111--1------------------2-------------1-----------------11-------
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 Aconitase_B_N:Aconitate B N-t  -------------------------------------------------1------------------ -------------------------------------------------------------------------------------111------------2---1-1-----------------111111111-1----------11111111111111111111-1111111111111111------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11---1-------1--1-1-----1--------------1----------------------------------1--111111111111----1111------11111111122111111111111--1-111111111111---111--11-----------1111111111111----1111111112-11111111111111--111211211111111111111111111111---11--------11111111111111111-1111111111111111112111111111111111111111111111111111-111111111111---1---------11111---1-1-----111111111111111111111111111111111---------11111111111111111111111111111111----------------1---------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------1----------------------18111-----1---11----2
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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 DUF2236:Uncharacterized prote  -------------------------------------------------------------------- 1--14------1--98744-49--6644444689999655-1-12----221223-12----2-5133461-------------------------------1--11------------------------------------11-1---------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------1112-------111------1------------------1----1--------1-------1-------------------------1-------------------------------11--------12222111111111-1111111111111-1111--------------------------------------------------------------1----------------------------------1-------------------------------------------1------------------------------111---------------------1-------------------------------------1----------------------------111111-1111111111------------------------1111111111---------------------------------------------------------------1 ------------1111-11433162562211111--1------222----1211--1----1---1---1-----------------------135----1-11----2-------22------11----2-----------1--------------------1----------1----------1---1----1----
 in conserved in bacteria (DUF                                                                       *  **      *  ***** **  **************** * **    ****** **    * *******                               *  **                                    ** *                     *                                                                                                                  *                                                                                           ****       ***      *                  *    *        *       *                         *                               **        ************** ************* ****                                                              *                                  *                                           *                              ***                     *                                     *                            ****** **********                        **********                                                               *             **** *****************  *      ***    ****  *    *   *   *                       ***    * **    *       **      **    *           *                    *          *          *   *    *    
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[3055] PF02747            376                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1                   
 PCNA_C:Proliferating cell nuc  333333333333333312112121111111111-1111111111111111111111112111111111 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11111111-111111------111---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 222211114121112111-1111111111111111111-111111111111111111111111121111111111111111111111111211111221111111211122112121112111-11-11232-111-1-11111-1111112111211111-11112311711-111227111222122-211111111
 lear antigen, C-terminal doma  ********************************* **********************************                                                                                                                                                                                                  ******** ******      ***                                                                                                                     *  *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ****************** ******************* ************************************************************************************ ** ***** *** * ***** **************** *********** *************** *********
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[3056] PF00866            376                                                                                             1           111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           11                              1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
 Ring_hydroxyl_B:Ring hydroxyl  -------111111------------------------------------------------------- -------1112---152----6---1------92581-95-2----------1-2-------2---1--------------------------1--------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2---------11-2------1---------------1--1----1-2------1-----1----11------211111111---------------------------------------03--254263234333222233212222134321332--1111111--51-66--------------------32---------------------------------1---------------------------------------------------------------------------111-1---11-11111--1111-1111112111--12------------------1--1111-------------------------------2---------------3331312-1-2-33231221-12311----------------------------------------------------------------------------------------------------- ----------------------1--------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------1----
 ating beta subunit                    ******                                                               ****   ***    *   *      ***** ** *          * *       *   *                          *                                                  *                                                                                                                                                                                                                                      *         ** *      *               *  *    * *      *     *    **      *********                                       **  *********************************  *******  ** **                    **                                 *                                                                           *** *   ** *****  **** **********  **                  *  ****                               *               ******* * * ******** *****                                                                                                                            *                          *                                                                                                                                   *            *    
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 PC_rep:Proteasome/cyclosome r  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 221--11-1-----2-2222112212211111111122222221112222221222122111321-11111-2-1------11111211132211311111113-4132-223212212211223315-712-432121122221221212222142212622121211-3121211125221316464243-1----4
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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 Endonuclease_5:Endonuclease V  11111111111111111111111111111111--------------1-1----1111111111111-- ----1-------------------------------1---1--1----------------21--1111111-----------111111------------1---2111---------------1--------1--1111111111211111-----------1--1111---------------11111---1-----------------2--11---------------1----------------------------------------------------------------------------------------------12---------------------------1-----1--------1----1----------------------------------1111111-------------------------------1--------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11---1-2-11--------------------------------2---------------------------11-1------11111111111111111-1111111111111111111111-11111111111111111111111111111-111111111111-------------1-11--------------------------1---------1----1---------------------------11111111121111----------------------------------------------11111111112--- ----321-211---1-----------------------------------------------------------------------111-----------1--111-22221313--1-1-11133131321-3241---2-112-1-1-1--3111112211211-----111111111---1-1111-21-111111
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 in L44                         ** ************** ******   *    ******       *   *******************                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ** ** * ***************** ********** ************************** **** **  ** *  ****** ********** *********** ***************** ***** **** **************************** ********************************
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 PRA1:PRA1 family protein       -------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- --11231-323--1111111111111111111111111111--11111111111111112221--111-11--22-11111111--111--111112222111111-22-4344471121113242-22722-22411222-23323122311-111222-33222-2332112122120132128987194211111-
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 DUF204:Domain of unknown func  ---------------------------------22-----------1---1-1--------------- --------212---------------------------------2--------------------------1----11111---------21-1----------------------------------------------111---12-111-------------------1-1---1-11---------121222222222222222--1112222212-2--------1---------------------------------------------------------------------------------------------1--1111111-1-2----111212----11-121--1--2------1-----------------1----1--1--------------------1----------------1-------------11111111-------------------------------------------------------------2------------------------1---------2------1--11-2------1-21--2-111--1-1----1------1-2-11--11111-----------2----------12------------------------------------2221-212222222222-22222222222222222222222221122222222222222222-2222222-222222222222--------------1-2----2-1----------------12---22-2-2----2---222------------------------112222222211------------------------------------------------------------1- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------1-------------------------1----------
 tion DUF                                                        **           *   * *                        ***                                 *                          *    *****         ** *                                              ***   ** ***                   * *   * **         ******************  ********** *        *                                                                                             *  ******* * *    ******    ** ***  *  *      *                 *    *  *                    *                *             ********                                                             *                        *         *      *  ** *      * **  * ***  * *    *      * * **  *****           *          **                                    **** ************ ******************************************** ******* ************              * *    * *                **   ** * *    *   ***                        ************                                                            *                                                                                                                       *                                            *                         *          
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[3070] PF12320            373                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 SbcD_C:Type 5 capsule protein  -----------------------------------------------111------------------ ------------------------1-----------1111-11---1--11-11111---111-111111---------1-111-1--1111-1-----1----1-1-----------------11-1112--11-----11----1111-1----------111-11111-----------111-----111111111111111111--111111111111111111111211111111111111-111111-1-11-1---111111-1----111-------------------------------------111----111111111111-1-1111111111-1-1--1------11---111--------------------------------------------------------1----------1---------1----------------------------------------------------------------------------------1111-------1--1---------------------111111-2--1-----------1----1-11-112-11------------------------1--11-11-1-1111111111111111111111--11---------11111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111-1111--111111111111---------------1-1---------------11111111111-11-11111111111111----------11111111111111------------------------1111111111----------------------------1----------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------1----2----------------1----------------------------------------------------------------1--------
  repressor C terminal                                                         ***                                           *           **** **   *  ** *****   *** ******         * *** *  **** *     *    * *                 ** ****  **     **    **** *          *** *****           ***     ******************  ************************************ ****** * ** *   ****** *    ***                                     ***    ************ * ********** * *  *      **   ***                                                        *          *         *                                                                                  ****       *  *                     ****** *  *           *    * ** *** **                        *  ** ** * **********************  **         ***************** ********************************************** ****  ************               * *               *********** ** **************          **************                        **********                            *                                                                                                                   *    *                *                                                                *        
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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[3075] PF06668            372                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1          1 15   11                 3                                             
 ITI_HC_C:Inter-alpha-trypsin   -------------------------------------------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------1111----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ----------------------------1------1------------------------------1-------------------------------------------24669604344645785068871805455555664-6553853065343-12-12----------------------------------
 inhibitor heavy chain C-termi                                                                                                                                                                                      ****                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  *  *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       *      *                              *                                           *********************************** ************* ** **                                  
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[3076] PF05957            372                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DUF883:Bacterial protein of u  -------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1----1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11-112--12-------11111111111-11-111------1------------11-------------------------------1-----------------------1-------13312222222-112122241112112231121111111------21-112---111---------11-1-1-------------1-----------1------------------------------------1--1-------------------------2---------33111323333333233-332333333333333333322222111221122222222222233333233--322222222222--1-------------1--------------------------2-33333333133331333----------------------------------------------------------------------------------------------1--- --------1------------1--1-----------1--------------------------------------------111---------1---11-----------1----------------1-----------------------------