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Ranking of RP:PFM:REP : from 901 to 1000

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 Sod_Fe_N:Iron/manganese super  11----1111111111-111111-12221221--1--------2--111-111-------------12 111--11111111121111-1-1112111111-1111211-111112-111111111111---11121211-----------1-----1111-1111--12211312121111111111111111111111112111111---2121222221111----1111222231------------11111---122333333333333333322222333222111111111131122222222222222111111---11-----------1-----11111111111111111111111111111111111111111111111-1--2111111121211112111111--2--1122-111-1-1------12-1122111111111111121212211111111112-111112111111133111111111211211111111111111111111111112111111111111111111111111111111-11211122221111111111111111111111111111-111111211211121111211121-1111111111112---1-31-1-111--------------11121111111111111111111112-----2211111211111111111111111111111-1111111-11121111212222222222-222222222222222222222211212222222222222222222222222112222222222221111111111111211211111111111111111111113111122222222212222122211111111111112222222222233232333332222---111----11111111--11112-----------------------1-------1211 2111121-154-342222222222212222222111111111122211222222332222222121111111212111111222111113522223111111221211142131112111-131111-1503-3141-1111211111--2111112121112311111331232357171115643762732442212
 oxide dismutases, alpha-hairp  **    ********** ****** ********  *        *  *** ***             ** ***  ************** * ********** ******* ****** ************   ********           *     **** ****  *****************************************   *************    **********            *****   ***************************************************************   **           *     *********************************************** *  **********************  *  **** *** * *      ** ********************************** ************************************************************************************ ************************************** ************************ *************   * ** * ***              **************************     ******************************* ******* ******************** *********************************************************************************************************************************************************************   ***    ********  *****                       *       **** ******* *** ************************************************************************************************************ ****** **** **** **********  *************************************************
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  in glutamate synthase            *  *******************  ****************** ******** *     *       *****  ************ ************************** ***********  ******************    ******  ****      *********               ****************************************************************  ****************************************** *******************    **         **    * ***        **                                  *****       * * ***     **  *******************   *******     ************************ *********** *******************************************                             ****************************************************************       ******************** ******************  * *****   ** * ***************************************   ****      ************* *** *******************************  *   **************  ************   ***************           *   ********************************************************************** ******                                      *  * ******* **    * **  ******************************************************** ** ***** **************************** ** *     *          ***** *****  *   *  *  *           ************ ************************
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 -methyltransferase                 * *                    *                                      ** *********** * ***** ************************  * *** ***     *** ********        ***  ** ******      * *******               ****************   ********************************************** ********************************* **************************** * *  ** * ****   * *     ***     **                        ********* **************************  **** **** ***  ******** *****     ************************************ ***************************************** *                             ****************** *********************************************       ******  * ********** **************** *                   ** **  ******* **********************  *****      ***************** ********************************************* *****  ************   *         ***********         ***** ************************        *************************     *********                                    * ************ *   *** ***   *************      *   ******   ***********  *********** ************* ************** ****** ************************* ************************************** ***************************
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 AIG1:AIG1 family                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1                                             11                                     2  3 5              244319        11   241   1    1  1     11  211        23             3     2  1 2        
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[ 916] PF00828           1430                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         1 1  1                                                1     1             
 Ribosomal_L18e:Ribosomal prot  1112222133333321-1-----1211111122221122222212122122221--12122-111--1 1111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111--111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111---1111-1--1-11-11111111111--11--1---------------------------------1---1----------------1--------111111111111111-111111111111111---1--11----11-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112111111111111111111-111111111111111111111111111111111 331-333-844-12-211221--111111-22211211111111111111112111111111-2211113142232-21113233315323213324333113554-2537363124222413192-01325-434223153253233513152122342513243-34312433433253333433562443323224
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 alanine amidase                                                                    *    *           *** *************** ************************           *    *** *******       * * ***************  ************************************ **     * ***********************************************************************************************************  * ** *   **  ********                                      **   ******************************  ************************ ********************************* *********** *******************************************                              ******************************************************************************** ************************************************************************************* ******* ******************** **************************************************************************************************       *  *******************         *****************************  ******************                           **   *   ****      *            ** *****                                                                                                                                                                  *    *     
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 FCH:Fes/CIP4 homology domain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   1      12323221   11 53 21512 212    2 111 1   2  212111 11     1  2                            
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 SBP_bac_7:Bacterial extracell  --1---1---------------------1-------------------------------2------- -------21121-------------2----------1-------1-1-------1-----------1---2----------------------1---------2---1---------------------1---1112211-----111-11--------1-1-2--11-2-1-----1-------3422---1---------------841111---13416--------1---------------------1----------------------------------------------------------------------71-----------------------2--11--67-211--31-----2-----11--------9231136455511111111116-33233234223-399232864424063122980246944--------2----623-----------------------------3-----350322223211----2231-----2313656513112539778060984332---23--------1-685-57614751-6333-1311-111-2221---4123-1-------1-------12311------534-3-021222-2-222212--214---1222------31--11-1--3133322--212423141-23111116---1111-3-323223333-3-222---2232--111111111111---1----------3701---816-2322-446-------22-114444-112111121221---------2--184444443557--11111---------4-11------------11-------------------------------12121---- --------------1--------------------------------------1---11----------------------------------------1----------1------------------11---------------------------5----2---------31-------1--1--2-1------1-
 ular solute-binding protein,     *   *                     *                               *               *****             *          *       * *       *           *   *                      *         *   *                     *   *******     *** **        * * *  ** * *     *       ****   *               ******   *****        *                     *                                                                      **                       *  **  ** ***  **     *     **        ********************** *********** ***************************        *    ***                             *     ************    ****     ****************************   **        * *** ******** **** **** *** ****   **** *       *       *****      *** * ****** * ******  ***   ****      **  ** *  *******  ********* ********   **** * ********* * ***   ****  ************   *          ****   *** **** ***       ** ****** ************         *  ************  *****         * **            **                               *****                   *                                      *   **                                        *          *                  **                           *    *         **       *  *  * *      * 
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[ 924] PF00276           1421                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        21 1 141   1    1  1                                   1                   
 Ribosomal_L23:Ribosomal prote  11111111-------1111111111111-111111111111111111111111111111111111-11 1111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111--1111111111-1111111111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111-11111111121111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111--11--111--1-1--1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111-11-1111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112111111111111111111-111111111111-11111111111111111111 2211222-6221222111-111111111111111111111-1111111111111111111111111111111111-11--1111--22223111111-1111143522114222121116412123-92741-776112151-21-11344115-22121121212131-1222132118222-213361111223321
 in L23                         ********       ************* ************************************ ** ******************* *****************************************************************************  ********** **************************************************************************************************************************************** *************************************** *********************************************************** ********************** ************************************** ***************************************************************  **  ***  * *  **************************************************************************************************************************************************************************** ************************* ** **************************************************** ****************************************************************************************************************************************** ************ ******************** ******* ********** ********************* ********************************** **  ****  *********** **************************** ***** ********* ** ******** ************** ************* ***************
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[ 925] PF00565           1421                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1              3                                                3        1 1        
 SNase:Staphylococcal nuclease  --11----------------12--11111---11111111--1-----11----1112-------111 --------1----------------1-----------11------11-------------------1-2-------------31-111--------------111111-------------------1-1----1-1112----251-11112211211231-3--464412-----1-11-1------112--1-11-1--111-21--1113---111211-------2-222222222222222212212-------------------------------------------------------------------------------11-1-------------31---2------1-3-----1-1-1-1--1111111-44361132344-111-111113-11-2----331-32241234231313231-3-1111212---------------2-----------------------------12112-11111----------------------------------1-11--112122-11-1-111111111241--221114132212311113231-13----1--1--1--111121-----------------1--------21------1----1-1--1---12--1-------1----1-11--1-1---1---1----111--------11-------------11-1-----1111--1-----1----------21--------12---1111111-11111111--11------6111111111111112111---------1----------------11111--------11-----11-----------------21-111-1111---2----21112-1-----12 1111234-84314461355566656565555456665666656645555555554445555543311113112441211113334344557535554344434555-3758424703422444448343904-484343442483344344224---236844443247453364344647435167716256588672
  homologue                       **                **  *****   ********  *     **    ****       ***         *                *           **      **                   * *             ** ***              ******                   * *    * ****    *** ************** *  ******     * ** *      ***  * ** *  *** **  ****   ******       * *********************                                                                               ** *             **   *      * *     * * * *  ******* *********** *** ****** ** *    *** ***************** * *******               *                             ***** *****                                  * **  ****** ** * ************  ********************* **    *  *  *  ******                 *        **      *    * *  *   **  *       *    * **  * *   *   *    ***        **             ** *     ****  *     *          **        **   ******* ********  **      *******************         *                *****        **     **                 ** *** ****   *    ***** *     ** ******* ************************************************************************************************** ************************* *********************   ******************************************
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 ABC-3:ABC 3 transport family   ----11----------1-11--111112-122--1--1-----1-11321111-111--11---1-13 --1-34512223241-1----21111-----1322222332222-22122123222112223123321213111111121-112-1221111-1112--------2---333332333333333111111111-1333331116124233322222322322222332122222222322225111111-2312222211222111214222231213112321333333242222222222222222222231112211111221122211131222222222222222222222222222222222222223311133321211111111111111-111111211533-11244211111121111133-12----34333112111111113311111111113-11211111311344422234423313---334334433311111111-111113411111111--1111111111111-11-11---1--11111111111111111131111111211---------1-----1-111--3----111111111--113--12111-1112221-21211111111111-1111131111111-1-------1112222111-11-----------1----1---1-111-3122111-11171241441114135511-11115141311531111114444433333333333333333334333333331433333333333113-----------132133313133333333311111111111122222333122222333111111111332231111132211--------------111211------------3312224---------------------11111111111-1- ----1-------------1------------11----------------------------------------------------------------------------------------------2--------1---------------------1----1--------1----------1---------------
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