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Ranking of HM:PFM:REP : from 1701 to 1800

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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[1701] PF05930           1162                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    1  1                                                                                                                                                                                                                                                                                                   1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
 Phage_AlpA:Prophage CP4-57 re  -------------------------------------------------------------------- ----2-1-111-1115133-32111134333224343331355921111111114--1--114-1123433-111---11122-----2-21-3------21-2--1----------------1-1--12----------112--5--1--1----3--------1---1-1-----2--1------------55544132212311-------2121111----11-2-12----1---------------1----1-1----1-----2-------1--1-11-----------1----11---11--1-------------1--1-1----21111111-----2---3-----5-121--1221-----114--1-02-614227364141-322222222233-42411133348----1137---121931-124---1-2211111111-31--2-2-----------1------------------5112-22228-122-51----11343-42322371213-16444228442124231-51-122112-123-53313-33122-41-2472-4-52-2-22113---5131--1-2--11------------11---43352321-5-1--41-11442231-3----23222------51201312587245332-4222557165752--2--4262454-4151-121222-112--233-12----142524334335---------11231-31-1--11-----213211---12-12-3--14121124-323-21-2----2---1-2--34234213393121525---11-1--1---------------2---3------------------------1--1-------2- ----1------------1-------------------------1-------------------------------------------------------------1---1------------1------------------------------1----1--4---1--1-----1----------111----1------
 gulatory protein (AlpA)                                                                                 * * *** ******* ***********************************  *  *** ******* ***   *****     * ** *      ** *  *                * *  **          ***  *  *  *    *        *   * *     *  *            **************       *******    ** * **    *               *    * *    *     *       *  * **           *    **   **  *             *  * *    ********     *   *     * ***  ****     ***  * ** ************ ************ ***********    ****   ****** ***   * ********** **  * *           *                  **** ***** *** **    ***** *********** ***************** ** ****** *** ***** ***** ** **** * ** * *****   ****  * *  **            **   ******** * *  ** ******** *    *****      ***************** *************  *  ******* **** ****** ***  *** **    ************         ***** ** *  **     ******   ** ** *  ******** *** ** *    *   * *  *****************   ** *  *               *   *                        *  *       *      *            *                         *                                                             *   *            *                              *    *  *   *  *     *          ***    *      
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 ome Ubiquinol Oxidase               *  ****** *** * *** *****                    **     *   ****    ***** *****  ****** **  ******* *********************** **  ***********        ****** ****** ***   ** * * * ****************** ** ** **        * ****   ****    *  *****               *      ***************************************** ********************* * ** ** ********* **********                                       *    ******** *      *    * **  * ** *    **        ******     ****** ***************** *********** ************** **********  ************* **            ************** *   ** ********************************** ******   ***** **  * ***       *  ** *********************************** ******  *        ************************************  * ***      ***************** **************************************************** ************   ******************************************************************** ************************       *               *              * *                    **          *  *     *     * *            * ***   **   *       ****      **        *          *          *  *   *  *** **     * ** *       *   **  **        *****  * ** * ****   *  * *     ****   *    * 
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 6PGD:6-phosphogluconate dehyd  -----------------------111111-11-------------------1---------------- 1232411111111123333-3211323333332222325222222211122222311211221122233212111211----111---1121-1------1--111112111111111111111111111111-111122---112111111111111111111113151111111111111111--11-3112222222212322231122132221111212111111111111111111221111111121212211111221122222222222-------1--11111111111-------------121---1111-1-11-------1-----------1----------2---1-11552----1-1---1-----1-1131111211111111111111-1111211113-1333333133311------11-------1111111111111------------------------------------1------1111111111-11311111-1113--------------12-21---11311-21111111131--1-1---111-11----1-1-2--12112112-----------1---------------11---1-11-11211112112111111111111111--111111111111111111111111-1111111111111111111111211111111111111111111111111111-111111111111113----------1--11111111111111111-----------1----1111-1111-111---------1111111111112111111111111-2-2----------11111111-11--------1-------1-1--------11-1111121-- 21--111-321111142312223323222121132221111111212211131311111222111211-111111322321111111111512121111211122311-321111122121111162315-2--13111112221111--1111-11-31113133222121222811271121174581532211211
 rogenase, C-terminal domain                           ****** **                   *                 ******************* **********************************************************    ***   **** *      *  ****************************** ******   ******************************************  ** ****************************************************************************************       *  ***********             ***   **** * **       *           *          *   * *****    * *   *     * ********************** ********** *************      **       *************                                    *      ********** ******** ****              ** **   ***** ***********  * *   *** **    * * *  ********           *               **   * ** **************************  ************************ **************************************************** ***************          *  *****************           *    **** **** ***         ************************* * *          ******** **        *       * *        ** *******   **  *** ************************************************************ *************************************** ********************* *  **************  **** ** *****************************************
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 PNPase:Polyribonucleotide nuc  11-----------------1-------1-------1-------------------12----------- 1111111111112111122-21111121222111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111211211211111111111111111112111121111111111111111111111111111111111112111111111211111111211111111111111111111211111111311221111121113122222122222222111122------------111-------11111111111111111111111-1111111111111111111111114111111111111111111221111111111111111112211111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111211121111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211112111112211111111221111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211111111111111111111111211111111111111111111111111111111112111111211111-1111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111--1---111111111111111111111111111111111121111112111111111111111111122222111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111---------------------11131121111111 2---1-1--------2-------------------------------111-------------------2--------------1-1---2---12-------1-----164433111212223352316-2-243132-3333-23111312114313--143-313124422111327224112215-33-11-1--
 leotidyltransferase, RNA bind  **                 *       *       *                   **            ******************* *****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************            ***       *********************** ************************************************************************************************************* *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** **************************** *******************************  *   *********************************************************************************************************************************************************                     ************** *   * *        *                               ***                   *              * *   *   **       *     ********************* * ****** **** **************  *** ************************ ** ** *  
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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  DNA ligase adenylation domai                *         *  *****               *              *      **************** ** *****************************************************************************  ****************************************************************************************  *************************************************************************************************************************************************************************************************************************** *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** ***** ********************** ********************************************* ************************************************************************************************************************************************* *********************************  *  **  *  *      *        *        *   *    *      *           *             * *    *  *  * *  *           ***            *              *                  *  * * *    *      *******  *   *  **     
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 Myotub-related:Myotubularin-r  -------------------------------------------------------------------- ----1-------------------1------1-------------------------------------------------------------------------1-----------------------------1-------------1------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------1-------------------------1-------1--1--------------------------------------------------------------------------------------11---1----------1-1---1-----------------------1--1-------------11-----------------------1---------------------------------------------------------------------1--------------------2-------------------------------------------------1------------- 2-11005-53221211121-1111111111121111-2322121111111211112121111112111-11111111-1111111111231111111211112221-83226468293292342094810-84290314223602942397003255375817688967818079-1--------52221212188987
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 peptidase family, N-terminal   ** ***                                                           *** ************ ****** ***************************************************           ******               **    ******************** *****************************************************  **     ***************************** **    * ** ************* *****                                            *                          ** *           *   *****   *                   * * ********************************** **************************************************************************************************************************** ************************* ************* * *** ****** * **** ******************************************************************  ****** ******************** ************************************************************************ **************************************************************************************************  **        *   * *                               **** **  *** *** **** *             **     *       * ** ***  *                             ****** ***     ***************************** ****************************** *** ****** ** ******* *** * *** *****
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