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Ranking of HM:PFM:REP : from 1801 to 1900

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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[1801] PF01023           1105                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111211121431317 3 3241221211321221122131         2                                  
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 FolB:Dihydroneopterin aldolas  -------1------1-11-------------------------------1------------------ ---1111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111---111---11---1-11111111---11111111111111111-111111111111111111111-----11122111112111111112111111111111111111111111---121111111111111111111111111111211111111111211111111111111111211--1--11-1-1111--1--1--11112111111111111111111111111111111111111111111-1-13----------12111111--1-11--11121111--11-----11---1111-----111111111111111111111111-11111111111-11111111111111211211111111111111111111111211111111111---1--1----------11111211111112222222222222142222122321211121132211211112111111111111111111111121-----1---------------------21--1111111111111111111111111111112212122122222232222222222121-11211------31112212222222222-222222222222222222222222111111111111111111122222222111111111111111111111111111111221111111111111111112111211212222122221111322211111111111111111111121111111111111111111-----------------------------------------------------1111 1---12------2222222222221111111113221111-111211211211122112111222222232322223-2222222222225424241111222123-2215--2-1-------------1------------1-------------1------1---1-----1111111111112322341-------
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 Drf_FH1:Formin Homology Regio                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       2 3  1          1  2 3 1 1 1              1       11   111       8     1      1        1   
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 PI3Ka:Phosphoinositide 3-kina  ---------------------------------------------------------1---------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------1----------1----------------11----1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11----------------------------------------------------------------------------------------------------1----1----------------------------------------------1----------2-----1---------------1----------1-------------------------------------------------------------------111-11-1------------------------------------------------------------------111111-1------1--------------------------------------------------------------1--------1-------1-- 1211014-922423213232434232222222222222122232214333223343333343344333-4334443324434445534332232323333333545271525586338090001098881-1-99288809800669081388482905627587057458798513118111126345286-269101
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[1820] PF06022           1093                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             9                                                                                                                                                                                                     
 Cir_Bir_Yir:Plasmodium varian                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            2                                                                                                                                                                                                     
 t antigen protein Cir/Yir/Bir  ----1----------1-1-1-2----------1----------------------------------- ------------1----------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------1------1--2--1-----------------1-----------------------------12---------------1-1----1----------------------------------11------1-1--------------11---111--1---1111112-1---------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------1--------1---------------1-------1-----1--------1---------------------2------1--------------------------1----1--1---1-11------------------------------------------------------------------------------------------1--11----------1----------1--------1-------------------1- -2-2-4----2-11------------------11---1---1--------------1------1--11-1-----1---1---------------------21--1-1-211-----11211-231-314-2-225211121111-21-13-----1---1132--2---2121----------1---1-15---1--1
                                    *          * * * *          *                                                *                                                                                        *                                                                  *      *  *  *                 *                             **               * *    *                                  **      * *              **   ***  *   ******* *               *                                                                                                                                *                                                                                                                           *                                           *        *               *       *     *        *                     *      *                          *    *  *   * **                                                                                          *  **          *          *        *                   *   * * *    * **                  **   *   *              *      *  ** *     *   *                     **  * * ***     ***** *** *** * ************ ** **     *   ****  *   ****          *   * **   *  *
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
                                rrmsrtdilllllllknqrsllulrolklacaiaernorrrrnolbrnererznyrrmdnbrilyumr pcirirpfuuuioesuivvvvlpprebbbbbcnooorydalnnndvedncclrlhitliieoanrryeeisoiiifnnrrnllorrofaaelosnnieehhyrfntrbpraaaaaaovleeeearplmaabtaasgroseaahrsrnnnnnrllooeeeeeeeeoobbnyrrrrrrrrrrrrsodeeerniaytttttrrrrrrrrrralccmbuuibuehebgnnnnnlensrrrrrrrrrrrrrrriiepeielsslrslhaauuaaklntsncccaaasuuurtteeeeeeeeeeeoooooooooooooniieeeeeeeeteeittttttttttlfuuvrrryteegbicddffedeleederencoccrllleeccaniidlpddmnrllllloonlllciiitdlchttdpdotvbdmmtllzgggdlutlprinnhhhhnimssssssssyaaytgnbrranammmsnuurallnnlsaoccpddbpitotabiorrtbnnnnpullllllyyeeeeeakenitttcycclotedpiparrsstonabhonnnnnnnnrtlaaockteytcssglllltmbbvtlarohheenlimtnrtmjjjjjriplllllllncorfrrdlecugyillgallllnilwwwwieaetdocdderlohhhhhhskdateslllllllllllllllllllllllllllllreeerrymrtttttttttttpppppoyyseeenoetssssssssseeonmrrrrrreeeeprelieeechccffffrmmluuuuuuncycnprrrrtuuuntttturrrillllllllulssoooooorrlllllommmmyyyssssgsnoffrrttzrrtrrcrnlilyllomatpnrlnooobcnelnreedebrlrtratfrcc lemrsreeajutnnnjadadmsaagyrrrpppppnuemmmmssaaanlerareybhioeastpsnsceuoasisiyrdkrubbbroptmrantnmcooossayrayncxuotubgraprlnirdsrilrpppeogcrrrlmtuurcmcrabvfmgltrottvbiglrlmgliechrirsscruoltttiiaeiepfmjo
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 D (or TATA-binding protein, T  ********************************************************************                                                  *                                         *            *                   *  *                       *       *         *                     *                            *   *******                              *                                                 *          *    ******* *                      *   *     *                   *     *   *                 *    *                                                 *                                                                                                         *   ***                                *                                                                                                 **                                                                                                                            *                                *           *                              *********************************** ********************************************************************************************** * ******************************************************************
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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  regulator, EzrA               ** * *        *** *** ***  * *** *       *  *  *      *  ***   **  *        ****                      * ***      *               **  ** ****      *  * ** ** **** *     * *  ** *               * * * *   * *** *  *    *** * *         ***  **      *            ************************************************************************************************************************************** ****** *** ** *** ***     **      **     * * *          *   *   *  *   *             ** **   *        ** ***             *                     *        **   **                         * *      *** *   * *  *   **        * *       **   ** ** *  ***** * *  *   * ** * **        **            *        ****    ***   **       **              **             *           *                                                                   **                         *     *   *       *  ***       **          ********* ***            * *  * **            *   * *        *  * * **    * **** *** *    ****** * ***** ***************** * *********** ******** * ***  ***** *******  ****  *  ************** ******************** ****** ****** ******* ******************************** ***** **************
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[1837] PF08028           1086                                                                                                 1       111 111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            1                                1  1                                                                                                    1 1                                                                                                                                                                                                                                                                              1      1                                                                                                                                                                                                                                                                                                 1     1             
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 ogenase, C-terminal domain                       *     *                                            *   *  ****   ***** **  *********************** **********  *** *******                                   **                             ***   ***  ****  **  * *   *** *             **      * *               ******   *****         * *******************                                                                                                  *  *                    **  *     *******   ***  *   * *** *********** ****************   ** *** ********* ******                                **  *    ****************************  ***  *  *** * **  * *  *******   * *           **               ** *                         *          *      * *      *        *          **                                ****  *   *         *               *** ****                  * *               *******   *************** ***         *           * *  *                                                                                ***   **** ********    **         *   ***  ***********   *                        ***  *   ** * *   * *  *      * *     ** *    ** *    *  *  *  * ** *  *  * *    **** ** * * ***** * *** ** *
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 CobD_Cbib:CobD/Cbib protein    22----1111111111-11-1111224222321111111111111211111211111112-111--11 -1111-11----1-11211-12--1211111111111121-2111----1111-2-11--11112313233-------1--11-----22121111------2-1-1-----------------11111111111111113241-23121113122111121-225321111111111111112211---11111111211-111211-1---11-13221-1-11112112--------------------1-1-------11122--111---1------11----------------------------1----------11121112111111112211111111-1121122111--112212--1111-422------22213--11111111111111112131112222-2--2111111111211111-122111111311111111-11-11211------------------------------1--1-----22222243332223333332222223221122213532224241221321221--------2123211111-11111222-111121111111111-1---------------------1-----1112313233-2355532232333442343----111------22112112222222222-22222322222222222223231122-222222222223232213212222--211111111111---1222222222122-2111---1----1-------------2222223222222223222----------1111111112222111322222131111--31--1111---1-1--1---------------------------1--11-1---111- ---12-3-1--1-----1---1-1-----------1-------------121-3--11-----------1--1--2--------------1--2-11----1-214--3-2-1---2-1---1-22---3-1-1----1-2------1-----1-----11--11111-1-1-1112-131---1-1-31--1123--1
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 NA ligase OB-fold domain                          *   **  *****                *                    **************** ** *****************************************************************************  *********************************************************************** ***   * ** *****  *************************************************************************************************************************************************************************************************************************** *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** ***** ********************** ********************************************* ************************************************************************************************************************************************* *********************************     **                       *              *         *   *                              *                             *     *          *     *** *                   **         ******  *      **     
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[1841] PF05717           1083                                                                                                                                                                   1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1                1                                                                   1             1 11                                       1   1       1                   1                                                                                11     1  1         1                                 14 1                                                             1        11    4            9  1     6                    1                                                                                                                                                                                                                                                                 
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