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Ranking of HM:PFM:REP : from 4001 to 4100

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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 DUF1742:Fungal protein of unk  ---------------------------------1---------------------------------- ------------1------------------------------------------------------------------------1--------------------1------------------------1------------------------------1----------------------------1----------------------------------------------1-1---------1----1--------------1---------------------------------------------------1-1-----------------------1--1----------------1-----1--------------------------------------------------------------------------------------1--------------------1-------------------------------------------------------------------2-------------------------------------------------------------1------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------1---------------------1-------------------------------------1------------1----------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2213863-1-2-2211222231323213334331312111311212542232332111242242334113434122231333155211122125411113211343-432113-1322---1-231-213-2-332--2-2---1--11---3-21-413627-34181311353--14-13---1584432-22221-
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 Avirulence:Xanthomonas avirul  ------1---------------1--------------------------------------------- ----1-----------1---------------1111--1----1-------11---------------11---------1--------11----------1---1---------------------1---1--1-211----------------11--------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------11---211----------------------------------11----------1------1---------1-1----------------------11-221121---------------------1-----------------1---1-------------------------------------------------------1-------------1----4-----1--1-------1----------------------------------1----------1-------------1--------------------1----------1----------------1-11---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2--21---11122------------1----------------7----065-------------------------------------------------------------1-- ---1--1--1-1---1-1-------------2---------2----------1--------1-----------------------1-1----------------1----14--1--2-----1------1-----31---11--1-----11----1-2----11-------172--7-----1-2--511112-111-
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 PAD_porph:Porphyromonas-type   -------------------------------------------1--111--1---------------1 111-----------3----------1-------1-1-122-1--1------1211111---------112----------5----11111111122----1---12111---------------1121111111111111-----1--111---22--------11--1-------------111---1---------32-----43---------3--------222---1-------------------11-2--------------212---1--1-------1-11111221122----------------------1----22222231-2--1------2-----111---1--------------1-12111--111-----------------------2-----------2-1-------------111---1-----1--------------1-------------------------------12111----1---------------------3----------------1------------1-----------------------12--1-111111111------1--21111111131111111111111111211211-111-11111-1-1111-11-11----1111--------111-----------------------------------21-1-----------------2---------211111111111--11-----111111131-----------------------1-1113114241213121111-11---1-1----2------1-1-12111111111111-----------------------------1--------1-----------------111- --1---------11------2211-12---1--1--1---------1-11-122-----------------------------------------------1------22----------------------------------------1-----------11---------3-132-----2521-2111111----
 peptidyl-arginine deiminase                                               *  ***  *               * ***           *          *       * * *** *  *      *******         ***          *    ***********    *   *****               ****************     *  ***   **        **  *             ***   *         **     **         *        ***   *                   ** *              ***   *  *       * ***********                      *    ******** *  *      *     ***   *              * *****  ***                       *           * *             ***   *     *              *                               *****    *                     *                *            *                       **  * *********      *  ******************************** *** ***** * **** ** **    ****        ***                                   ** *                 *         ************  **     *********                       * ******************* **   * *    *      * * **************                             *        *                 ***    *         **      **** **   *  *  *         * ** ***                                               *      **                                        *           **         * ***     **** *******    
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 TRM13:Methyltransferase TRM13  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------1------------------------------1--------1-11-----------------1------------------------------------1------------------------------------------------------1------------1-1----------------------------------------------------------------------------------------------1----------------111--1----------------------1------------------------------------1------1-------------------1---------------------1------------------------1-------------------------------------------------------11---------------------------------------------------1--2-------------------------------------------111-2222-1-122211212-2---------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------222222---------1111--1111-11----------1--------11111--------------------------------1----------------------------------------- 3211234-042-111-2-------1--11-1111-111111111-1-1------------1-111111111121111-11111111111---2----11----121-17422731522231232543319-5-3353134333213313132252133332342333123-1311-3141531211111-134232341
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[4030] PF01885            426                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1       
 PTS_2-RNA:RNA 2'-phosphotrans  11-111------------1111121-----------------------1111111111111-11---- --1-1---------------------------------1---------------------1---1--111-----------2------------------1---111---------------------------1-11-1---1-1------------------111-1-------------1-1-----------------------------1---------------21------------------1--1--11---------11--------1----------------------------------1-------------1----1----------111--2---1------------------11--2--------------------------------1-----1----1--111-11-111-------------------------------------------------------------------------1121-----------1-----11--11-1---------1------------1---------------1-1--------------1--1-------2-1------------1----------------------------------------------------------------111-1-1111----11111-111111111----12--------------------11-111------------------------------1---------------------1-------111--1--------11-------------1--1-----1----1--------------211--11-------------------------------------------------- --21112-211-111111111112111-111111112111111112231211111112411111111112111111111112211111111214141111-1111--2324-5121211-1212212223-2-113-1211-111-3-2221-41--11252243-11112--1-12218---2-122213411111--
 ferase, Tpt1 / KptA family     ** ***            *******                       ************* **       * *                                 *                     *   *  ***           *                  *   ***                           * ** *   * *                  *** *             * *                             *               **                  *  *  **         **        *                                  *             *    *          ***  *   *                  **  *                                *     *    *  *** ** ***                                                                         ****           *     **  ** *         *            *               * *              *  *       * *            *                                                                *** * ****    ***** *********    **                    ** ***                              *                     *       ***  *        **             *  *     *    *              ***  **                                                     ***** *** *************** ************************************************************************ ****  **** ******* ********** * *** **** *** * **** **  ******** *****  * *****   * ************  
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
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 Fig1:Ca2+ regulator and membr  --------1111111-1------------2---1---------1-----221-------------1-- ----1------------11-1-111211111--111--1-1---------------------------1---------1-------21--------------1---1-----------------------------11-------1---11----------------1-12------------1--------------1------12-----1---2-2--------------11111111111111----------------------11-------------1--------------------------------------1-1----------1-111-----------2--121---1--1------1--1---------------1-----1-1-11--1-1----2------1---11----------------1-------------------------------1---------------------------111-111111-1-----12-1----111--1---------11---1----2-1-------------------1------------1------1-----------112--1-1---------------------221-----1-12---1------2-------------------------------11-----1-----------------------------------------------------------------------------------12---------------1------1-----1-------1----------1----------------111----------11------1---1-------------------------1----------1-------1 -61--32-1--221-122121221123221212211122222222273112222326322222112111111-1122221111111223---2-12-1-----12-12-412211221--11-1--2413-2-411-1-1--12-11-----1112-1---2311111-1-34------------211011---12-1-
 ane fusion protein Fig1                ******* *            *   *         *     ***             *       *            ** * *********  ***  * *                           *         *       **              *   *                             **       *   **                * **            *              *      **     *   * *              **************                      **             *                                      * *          * ***           *  ***   *  *      *  *               *     * * **  * *    *      *   **                *                               *                           *** ****** *     ** *    ***  *         **   *    * *                   *            *      *           ***  * *                     ***     * **   *      *                               **     *                                                                                   **               *      *     *       *          *                ***          **      *   *                         *          *       *  **  ** *  *** ********************************************************* ****************   * ** *     ** ** *********  ** *  **** * *** * *  ** **     **** *   ******* * **            ******   ** * 
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[4035] PF04194            426                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 PDCD2_C:Programmed cell death  ----------------------------------------1--------------------------- ---------------1---------------------------------------------------------------------------1--------1-------------------------------------------------------------------1-------------------------1-11----11--------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------11-----1----------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------1-------------------1-------------------------11-------111111111111111111111------1------------------------------1-----------------------------------------------------------------------1-1------1-----------------------------------------------------------1---------------------11------------------------------------------------------ 3322233-832-122-12111121111111211112111111111-11211111111111111111111111111111111-111132212111121112222231-23233433243433221431414-3-32531222323323211213324222253312413223223321224322213435183353222-
  protein 2, C-terminal putati                                          *                                           *                                                                           *        *                                                                   *                         * **    **                                                  *                                                                                        **     *          *                                                                                                                                                                                                                *            *                   *                         **       *********************      *                              *                                                                       * *      *                                                           *                     **                                                       ******* *** *** ***************************** *********************************** ************************ *********************** * ***************************************************************** 
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[4036] PF05831            426                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           319 4 212         1                                                     
 GAGE:GAGE protein              -------------------------------------------------------------------- --------------------------------1---------------------------------1-1---------------------------------------------------------------------------------------2-----------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11------------------------------------------------------------------------------1----------------1---------1-------------------------------------------------------------------1--------2---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---1-----------------------------1-----------1---1--------------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------11-1--1-------------------1---------2--1---2-------------------------11---1--1--------------1211-2-1--2325--5226745-2-959832225755294124311-11-1---4----11--------1-2------1-------1-12-
                                                                                                                                     *                                 * *                                                                                       *                                   *                                                                                  *                                                                                                                                           **                                                                              *                *         *                                                                   *        *                                                                                                                                                               *   *                             *           *   *                                                                                                                         ** *  *                   *         *  *   *                         **   *  *              **** * *  ****  ******* * ********************* ** *   *    **        * *      *       * ** 
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[4037] PF09107            425                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 SelB-wing_3:Elongation factor  -------1--------1--------------------------------------------------- 111-11---------11-------11-------1112-------1-11-------1-----1---11------------11111----------------------------------------------11----11-1---1121--11--------------------1--------------------------------------------1------------------------------1---1-----------------------------------------------------------------------11--1111111-1-11---111----11--11111111-111--1-1---1-1--1------1-----2------------1--2-2-1--1-1-----11--------11--1---1-------65666666--1------------------------------------1---2----222322233331121334311312--1--------1--2-21-1-1------2------------1-1111111111111111111111-11111-1111111111111-1-------111--1111--1--------111--1211--11----------1------11--11-1121111112-2111111111211111112112--1121111111111111111111111111-1-1-111-1111------------11--1-221121111111--1-----1------11111-1--21111----------------1----------11-------1-------1--------------1----------------------------------------- ----------------11---1--------1-1-----------------------------------------------------------11-1------------21-----------------3-1-1-1111------------1-----------2----2---1--2------------112-----2-1-1
  SelB, winged helix                   *        *                                                    *** **         **       **       ****       * **       *     *   **            *****                                              **    ** *   ****  **                    *                                            *                              *   *                                                                       **  ******* * **   ***    **  ******** ***  * *   * *  *      *     *            *  * * *  * *     **        **  *   *       ********  *                                    *   *    ************************  *        *  * ** * *      *            * ********************** ***** ************* *       ***  ****  *        ***  ****  **          *      **  ** ********** **********************  **************************** * * *** ****            **  * ************  *     *      ***** *  *****                *          **       *       *              *                                                          **   *        * *                                                           ** *            **                 * * * ****            *           *    *   *  *            ***     * * *
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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[4044] PF03291            424                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1                                                                                                       
 Pox_MCEL:mRNA capping enzyme   -----------1------------------------1-------------1----------------- ------------------------------------------------------------------------111------------------------------1-----------------------------------------1---1-------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------11----------1---------------------------------------------1-----------1------1-11--------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------111----------1----------1--------------------------------------------1----1-1---------------------1------------------------------------------------------------------------------1--------1----------------1------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------11111-1---21---------------------------1--------11-----------------1-111111------------------------------------------1-1------- -211421-73412112222123323321122221211222222222332222221222222211111111111-311-1111111112122121101121122113216211321342211212333222-1111222214211131221111521212322-3254111111112-217111-123652463312112
                                           *                        *             *                                                                                          ***                              *                                         *   *                                                                               *                                 **          *                                             *           *      * **                                            *                                                                              ***          *          *                                            *    * *                     *                                                                              *        *                *                                                            *                                                      ***** *   **                           *        **                 * ******                                          * *         ****** ***************************************************************** *** **************************************************** ******************************* ************* ****** ***************
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 Tape_meas_lam_C:Lambda phage   ---------------1--------------1---------------------1--------------- -----1-1----------------11-----11----------1----1---11--------11-1----1-------------------------------1-----1---------------11-----1-111-------1-----11----------------------------1----------1--------1--------1-------1----------------------------1----1-3---------------------1231-------------------------1-----------------------------------------------11---1------------------111---------1--51-1-1-------------1---11-----------1------1-2-1--1-1---1--------------21---1-------------------------1-1-11--3-11--------11-1111-3-111-2----1----21----211-1-----1---1----1-1--1-1-----1-----1122-1--1-------1-11-1--------------------1------1--------------1------1-1----1-------------11---1--073-31511-22-5125244145121-11-----1-21-2-21-211113--2-22-21-11-1221-2222-------------------1-111--12--------11111-------334111-1-1122-111---------1---2--------1121--------1--1---------------------------------------------------------1-- ----111-2------1-21-1-----------1-----1-------1------1------1-2--11------1112--1---2-----21---1--------1-4--11--1---------1--------------------1-------------1------5111-----1---312-1-2222122522----1-
 tail tape-measure protein (Ta                 *              *                     *                     * *                **     **          *    *   **        ** *    *                               *     *               **     * ***       *     **                            *          *        *        *       *                            *    * *                     ****                         *                                               **   *                  ***         *  ** * *             *   **           *      * * *  * *   *              **   *                         * * **  * **        ** **** * *** *    *    **    *** *     *   *    * *  * *     *     **** *  *       * ** *                    *      *              *      * *    *             **   *  *** ***** ** ************* **     * ** * ** ******  * ** ** ** **** ****                   * ***  **        *****       ****** * **** ***         *   *        ****        *  *                                                         *       *** *      * ** *           *     *       *      *      * *  **      ****  *   *     **   *        * *  **  *         *                    *             *      ****     *   *** * **********    * 
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[4046] PF07944            424                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1                                                                                          
 DUF1680:Putative glycosyl hyd  ---------------1-1-----------1----1---------------1-------11-1-1---- 226-5--------------------------------1------252-111-------------5-1121-1111-12----------5578-4------21118-4-3------------------------1----11------11-------------------------------------1111-1----1111-1--111--11----1-----1----------0----------------------1------1---------1--12----------------------------------------------1---1----------3-------2-----11-------1----11-1-----1-11---------11--1---------------3----------1--111-11122151----------------------------------------------------------1--------1---------1-------------------1----------------------------------------1-1-------------1---2------11--------------1-----------1----1--1--1------1---111-------1--------------1------11--------1---1--1--1-111-11---------1-1111111111111-------11-----------------------------1---------------------------11--1----------------------------------------11111122------1---------------1----------1---------------------1-11113-1 ------4--------211-21222233112212---11111111113131255611321----------11-1-1112-1-11------1411131-----1-1----211--3-2---------------------------1----------------1--32-11--------62-3---312336-25---1---
 rolase of unknown function (D                 * *           *    *               *       ** * *     *** *                                *      *** ***             * **** **** **          **** *      ***** * *                        *    **      **                                     **** *    **** *  ***  **    *     *          *                      *      *         *  **                                              *   *          *       *     **       *    ** *     * **         **  *               *          *  *** ********                                                          *        *         *                   *                                        * *             *   *      **              *           *    *  *  *      *   ***       *              *      **        *   *  *  * *** **         * *************       **                             *                           **  *                                        ********      *               *          *                     * ***** *       *        *** **************   ***********************          ** * **** * **      *******     * *    ***  * *                           *                *  ** **        ** *   ****** **   *   
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[4047] PF10288            424                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         1 1         4                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
 DUF2392:Protein of unknown fu  ------------------------1--1--11-----------------------------1------ ----------------------------------------------------------------------------------------------------1-1--1-----------------1------------------------1---------------------------------------1-----1-11--------------------------------------------------------------1------------1------1-----1--------------------------------------1----------1-21-----1------------1--1--------1------------------------------------------1----------------1---------------------------------------------1111-1111-11-------------------------------------------------1--------------111-----------1-------1-------------------------------------1-------------------11----1--88344-----1-8--1-1--1-------111------------------------------------------111-----------------------------------------122122-1-2--1--111---1----1111--------1--------11-1--1----1-----------------------------------------------------1-1----1---------------------------------1--- 2311111-311-112111-11112111121111111111111111111111211221212221112111111221111211111121111211112111-111122-1-47131-13211--1-221323-2-314322-21111-221-3--2-1-111113116-12211121-1------111111112---1---
 nction (DUF2392)                                       *  *  **                             *                                                                                                           * *  *                 *                        *                                       *     * **                                                              *            *      *     *                                      *          * **     *            *  *        *                                          *                *                                             **** **** **                                                 *              ***           *       *                                     *                   **    *  *****     * *  * *  *       ***                                          ***                                         ****** * *  *  ***   *    ****        *        ** *  *    *                                                     * *    *                                 *    ******* *** ****** ******************************************************************************** ****** * ***** *****  * ****** * ****** ***** *** *  * * ********* ******** *      *********   *   
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[4048] PF04647            424                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
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  B                                                                     *                *  *               *      *                                          *         *     ** *  **       ***         *  *               ****              *  **   *     *               **           *      * *   ***** ******* * *  *****  **** ******************************      * ***    **                 **    * ***              **   ***  *************************** ** ********* *****                  **      **                       *    *  *        *                   **                 **   **               *                                 *       *             *                *  *                     *    *  *                   **        *    *      *     *     **            *    *    *           *   ** **   **        **                                                           * *    *     *   *                          *        *          *      *         *     *           **       *           *     *          * **  *** * *      ***   *  *       *    *   *  *     *     *    * *   *     *   ** * * * ** * *  **   *  *   ****      * *    * * * *               *   * *     ***** * *******  *           **       **
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[4049] PF12477            424                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
 TraW_N:Sex factor F TraW prot  ---------------------------------------------11--------------------- -21--1-1111---------------------1----113-1----1------------------1--1---------------------------------1----1---------------1---1-----11--------1-1-------1-----1-----------------------1------1--------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1-----------1---------12221---2112----------1-214124251-1-3--1-1--1--122-1-311113-2---------------23-----------1-------------------23---3--1121222-23333112-3332111-52-121---112-3-11-1----3-211---------1--2-4-2----2----11---21---1-31322-12--------------1--11-------11-1--11-1-----123--2-----11--------1--------1----121--1121211--1121111-1-211-1--12--2------22112112-23221----11111---------1------------111---1-1-------------------------11321321-121-1-1-------------1--1--------114132122231---------------------------------------------------------------- --------------------------1--------------------2------21---------------------------------1---12---------------1---------2--2--11-2-1-121-1-1---321-1-1-1-22-2---3----2------11--31-1----1-314-----11122
 ein N terminal                                                              **                       **  * ****                     *    *** *    *                  *  *                                 *    *               *   *     **        * *       *     *                       *      *                                *                                                                                                                                        *  *           *         *****   ****          * ********* * *  * *  *  *** * ****** *               **           *                   **   *  ******* ******** ******* ** ***   *** * ** *    * ***         *  * * *    *    **   **   * ***** **              *  **       ** *  ** *     ***  *     **        *        *    ***  *******  ******* * *** *  **  *      ******** *****    *****         *            ***   * *                         ******** *** * *             *  *        ************                                                                                           *                    *      **                                 *   **               *         *  *  ** * * *** * *   *** * * * ** *   *    *      **  ** *    * ***     *****
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[4050] PF05030            424                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        11   1   1 1                                                               
 SSXT:SSXT protein (N-terminal  ---------------------------------------------------1---------------- ------------------------------------------------------------------------111------------------------------------------------------------------------1---1---------------------------------------------------------------------1--------------------------------1---------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------1-----------------------1------------------------------1-----------------------------------------------------1-----11-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------------1-------1---------------------1111111111-11111111-1111111111-------------------------11111-1-------------------------------1--------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------- 11111---1--2111--11---21-21-1-3-1----112-1123121---1-1---1------2--------1-----1-----2---1-----------3111---1336455273432456212845-9127233227334645543643514343112211221-11221-1111-1111154372541214211
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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[4053] PF02730            423                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1                                                                                                                                                                                                                    1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
 AFOR_N:Aldehyde ferredoxin ox  113334----------474553342-----341--11111111-11111-313-5564457-326--- -----------------------------------------------11--------------------1---------122-----------------------------------------------------31121---11----------------------------------------43----------------------------------------------11-1-----111----1------------------------------------------------------------------------1322-1111111-1-1------------5--1211-202-54311114---3---------------------------------------------------------1-----------------------------2-1-----------------------------------------------------------------1-------11-11-1-1----1----------------21--6141472163222-596153553------64---------------------2---31------1-----111---1---1--1-11-----1--------1-1----1111111111-111111-11111111111--------1-----------------11-1-11------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------11-----------------------------------1-----11---2------- ----------------------------------11----------1-1-----1--1--1------1----------------1------------------------------------------3---------------------1-----1---1-111---1------------1-----11---1-------
 idoreductase, N-terminal doma  ******          *********     ***  ******** ***** *** ******* ***                                                   **                    *         ***                                                     *****   **                                        **                                              ** *     ***    *                                                                        **** ******* * *            *  **** *** ********   *                                                         *                             * *                                                                 *       ** ** * *    *                **  ************* *********      **                     *   **      *     ***   *   *  * **     *        * *    ********** ****** ***********        *                 ** * **                              *                                                                                       **                                   *     **   *                                          **          * *     *  *  *      *                *                                          *                     *     *   * ***   *            *     **   *       
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[4054] PF06093            423                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1                   
 Spt4:Spt4/RpoE2 zinc finger    11111111111111111111111111111131111111111111111111211121111111111111 ---------------------1----------1-------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------1-------------1------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------1-1---------------1-------1------------1-----------------------------------------------------1----3------1------11---------------------------------------------------------1111------11----1---11---------------------------------------1------------------1--------1--1---1-----------------------------------------------------------------------1---1----1-111-------111-1--11-----1111------------------------11---1-----------------------------------1--------------------------------------------------11-------------11111111----1---22----1---1--1------------------------------1----------- 11-1324-31111111111-2221--2111111211-11111131121112111112111111111111111111111111111111111111221111121-32112222121111121-212531222-1-123---12112111-113314311223111121-11111132111141-11132182512231111
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 Lys:C-type lysozyme/alpha-lac  --------------------------------1----------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------1----------------11-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------211111111----1------------------------------------------------------------------------------------ 1-------------------1111----------------------11---------------------------311--------------------------1211--44131298797595405068-9-98867370991606646997582-06---1-1336211-------------------1--------
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
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 DUF265:Protein of unknown fun  112122112222221212212121-11-