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Ranking of HM:PFM:REP : from 5901 to 6000

                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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[5901] PF11875            272                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
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[5902] PF04353            272                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 Rsd_AlgQ:Regulator of RNA pol  -------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------------1-------------1-----------1-------------------1----------------------------------------------------------1-1--1--111---1111--2------11----1----------------------------------------------------------11-----------------------------------------1--1------1-1--------------1-----11---11-------------------------------------------------------1-------------------11------------------------------------1------1--------------------------------------------------------------1---------------------1---1--------1----------------------------1--------------1-1--111111-11111111111111112111111-------------11-1-111111111111-111111111111111111111111---1111111111111111111111111-122222122222---1----------1113-------------------------1111111111111111111----------11111111111111--------------------11------------1--------------------------1------111--- ---111------111--1-----------------11111------1----2-2----------1----------1-------------1---------3---1-3--2----1-1--------32-1-------2--1---1---------111-----2-1-22-2-1----1----------7--1--1--1----
 ymerase sigma(70) subunit, Rs                                                                                                                                                         *             *           *                   *                                                          * *  *  ***   ****  *      **    *                                                          **                                         *  *      * *              *     **   **                                                       *                   **                                    *      *                                                              *                     *   *        *                            *              * *  ****** ***********************             ** * ************ ************************   ************************* ************   *          ****                         *******************          **************                    **            *                          *      ***       ***      ***  *                 *****      *    * *          *          *             *         *   * *  *    * *        ** *       *  *   *         ***     * * ** * *    *          *  *  *  *    
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[5903] PF08438            271                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 MMR_HSR1_C:GTPase of unknown   11111123222222221111111132221222111111111111111111111111111122111123 --1------------1------------------------------------------------------------------------------------111----------------1111---------1-------------------------------------1-------------------11---------1------1-----1--1----1----1---------------------------1--1-----------------------------------------1111--11-11--------------------------------1-------1-----------------------------11-----------------------------1-1-----------------------------------------------------------------------------2------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------1---------------------------------11--------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------11-1----1-------------------------------1---------1---------------------------------11-----1------------------1--------------------------1-------1----1 -122211-312-1111111211111-1111111111-11111111122111111-1111111211111111111111111111111111---1-12--------1----12-----------1----------------1------------------1111-1----1-2--1---1-------1-2-1-1--11111
 function C-terminal            ********************************************************************   *            *                                                                                    ***                ****         *                                     *                   **         *      *     *  *    *    *                           *  *                                         ****  ** **                                *       *                             **                             * *                                                                             *                                                                              *                               *                                 **                    *                                                                                                        ** *    *                               *         *                                 **     *                  *                          *       *    *  ****** *** ************* ********** ***************** **********************************   * **        *    **           *                *                  **** *    * *  *   *       * * * *  *****
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 DUF171:Uncharacterized ACR, C  11111122111111111111111111111111111-------------1----11111111--1--11 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------1--1---11-----------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------1----------------------1------------------------------1---1-----------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------1----------------1111------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------- 111111111------1111----1111111111---11111111112111111111111111111111211-11122232111111111---1--1-----21111-11-23212121112111211322-1-2131111111111111-11112111112121111211411111111----312112131111211-
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 PhaP_Bmeg:Polyhydroxyalkanoic  ----1-1-------1---------------------1--------------------------11--- -------------------------1-----------1-------------------1----------------------1----1------------------1----------------------------1-----------------2-----------1----1------------------------222221211122222--11--111-------------------------11-1---11-1-----------9------1----21--------------------------------------------1---111111-1---1--------------1-1-11-----2----1---------------------------1----------------1--------11-------1------1-1----11-----------1------1------------11------------------1----1---11--1111-----1111--1---------------12----1---------------2----1---------------1-----1--------------1------1-111-------------------1-1-----11---------------------------------1---------------------------------------------------------------11111111111-------------------------------------------------------------------------11---------------------1-----------11----------------------------------------1-----11-- -----1--1211-1-----1---------1-1--------1--2111-111-1-------1--11-1---1-------11--1--11-2-----1----1-2-1-1--5112112---11-1-135--12-211-31-111--1--111-12-1-211-12211311---2--11----8-----2--2-----1211-
  acid inclusion protein (PhaP      * *       *                     *                          **                             *           *                   *                      *    *                  *                            *                 *           *    *                        ***************  **  ***                         ** *   ** *           *      *    **                                            *   ****** *   *              * * **     *    *                           *                *        **       *      * *    **           *      *            **                  *    *   **  ****     ****  *               **    *               *    *               *     *              *      * ***                   * *     **                                 *                                                               ***********                                                                         **                     *           **                                        *     **        *  **** *     *         * *        *  **** *** *       *  ** *   *       **  *  ** *     *    * * * *  *******   ** * ***  ** *** ** ***  *  *** ** * *** ********   *  **    *     *  *     **** 
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 DASH_Duo1:DASH complex subuni  -------1----11--1------1----------------------------------1-----1--- 1-----1-------------------------------------2--------------------------1-----------------------------1---2-----------------1---------1----------------------------1-----11----1--1--------------------------------11----1--------------1-------------------------------------------------------------------------------------------1----------1--1---1---11-----1---------1-1--1----1---------------------------------------------------1-1--------1------------------------------2-------------------------1-----------------------------------------------------------------------1-1----1-----------------------------------------------------------1--1--------1----------------------------11-----1111111111-111111111111111111--------1111111111---1-1--1-11111-----------------------------2--2----------------------------------------------------2---------1------------------11-------------1--------1----------------------------------- -21--1--314124-112111111311111111121122221112111-111-121111111222121-111221111111113122112-111-21111-12132---1-1-41----------1-1-------1-------------------------1111-112-1--11----------11231--121----
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 Copper-fist:Copper fist DNA b  -----------------------------------------1-------------------------1 ---------------------------------------------------------1----------1------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------1---1--------------------------1------------------------1-11---------------------------------------------------------------------------------------------1-------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------- -----2----21121123212232311322222112221322212-22226372222112322222221233222431422344222123622242111123-663-1--2111-11------------1----1-1-------1----1-----1--1--12---3--1----1-3--2-1--12--2--1-1-1-1-
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 CDC73:RNA pol II accessory fa  ----------------------------------------------------------1-1------- ------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1-111-1-411-1111111121111111111112111111111111111111111111111111211112211321111111111121111712-21211-2112211133-111123111212121313-1-2132211111111122112221111112111111412211421211611311111311-1112231
 ctor, Cdc73 family                                                                       * *              *                                                                                                                                                                                                       **                                                                                                                       *                       *                                                                                                                    *                                                                                                     *                    *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    * *** * *** ********************************************************************************** ***** ********** ****************** * ********************************************************** *******
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[5916] PF09977            271                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DUF2134:Predicted membrane pr  -------------------------------------------------------------------- --5-3-------------------1------1----1----1-31--------23-----12------------------1-------------------------------------------11----121--11132---12----111--------1-----------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11--1-----------1-----------133-111---1----------1-22623423311-111121211113---1----1-11--1---------11-----------------------------------1211-112112111121233311113333232111111-1212-----2-1-11-1--1--------------1------11-2-2-221-312----11-111-121-------------------------11--------------------------2-------1----------1------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------11111111----1-111-------------1--------11-1------------------------------------------------------------------------ ---------------------------1-11-1---------------1-----11----1------------------------------1----211---------2----1----1----------1------------1--1---11--------------1------1--1---1------112--1--11---
 otein (DUF2134)                                                                                       * *                   *      *    *    * **        **     **                  *                                           **    ***  *****   **    ***        *                             *                                                                                                                                                                       **  *           *           *** ***   *          * *********** ************   *    * **  *         **                                   **** ********************************* ****     * * ** *  *              *      ** * * *** ***    ** *** ***                         **                          *       *          *                                                                                                *                            ********    * ***             *        ** *                                                                                                    * ** *               *     **    *                              *    ***         *    *    *          *            *  *   **              *      *  *   *      ***  *  **   
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[5917] PF09270            271                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11                                                                                              
 Beta-trefoil:Beta-trefoil      -------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------------------------12----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------11-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------2----1----------------------------------------------------------------------------------------------------11------------------------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------- ----1-1----1233----------------------------------1---1---------11----------------1-1--222133-2242222143018-1--43122452212222522629-5-557121223222222212134322212782111111121221--1-------2--31-----2-1-
                                                                                                                                                                                                   **                                                                                                                            *                                          **                                                                                                                                                     *                                                                                                                                                                *                                   *    *                                                                                                    **                                                *                                                                                                           *                                            * *    ****                                  *   *         **                * *  ****** ************* *  ******************** * ******************************************  *       *  **     * * 
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[5918] PF08315            271                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 cwf18:cwf18 pre-mRNA splicing  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------1----1111211-1-------------------------1-------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------111-11111----------------------------------1----------------------------- 11--231-1---111-1111111-111111111111111111111111111112111111121-1-11------111---1221-11111131111-111121221-23121221112122121942217-21322311111212211-41--51412111-2311321431211-111111-112113121111-11-
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 DUF1113:Protein of unknown fu  11----------------------------------------1--1------1----21--------- -------------1--1-----11---------1111-1--------------------------------21111212152--------1----------------------------------1-1------------11------------------------------------------------------------------1------------11-111111----------------------11------111--11--------111--------11-------------------------------------33-----1-2-23355-1225-311-32--22---21-----11-----1--------------------------------1------------------1---1----------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------1------------------------1-----1-1--------1---------2--1---------------------------------1--------------1--1----1----------------------------1----------------------1---------------------------------1-1-----------------------------------------------------------------------1111-1111----------------------------------------------1----------1-1---------------------------- -----1----------1-------1------11----------111-1-----1------1--------------1--------------1212-3-------1-1-1-16433212-1121213221-5-2-122-2-12-122-2-1-1-111112411-2122------33---------1---1-----21----
 nction (DUF1113)               **                                        *  *      *    **                       *  *     **         **** *                                ***********        *                                  * *            **                                                                  *            ** ******                      **      ***  **        ***        **                                     **     * * ***** **** *** **  **   **     **     *                                *                  *   *                                              *                                                                    *                        *     * *        *         *  *                                 *              *  *    *                            *                      *                                 * *                                                                       **** ****                                              *          * *                                  *          *       *      **          *** *     *      *              *              **** *       * * * ******** ********** * * *** * ** *** * * * ********* ****      **         *   *     **    
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 GRA6:Granule antigen protein   -------1------------------------------------------------------------ ----4---------------------------1121-----1---1---2------------1-1-211------111-----------------------------------------------------------1--------1-------11---------1--1------------------------11111--11111-11----1-111---------------------------------------------1---------1-------------------------------------------------------------------------------1---------------------1----------------1-11----------------1------------1--21-1------1--------------------------------------------------------1---------1----11-111--1-11111----1-1112-1---1111--1121------------------1-1-----------11----------1-----------------------------------------1---------------1-11------11---------------------------------------------1-------111-11111111-1-1--------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------1-----------1-------------------- --------211---2----1---111-33----11-1---------11-121-21-14-211--1--11------1--------------11-4-2-11111---1-14-4---21-----------2-1-2---2----1-1-1--1--1---121-----1-30-4--1121--1-21-2-1-385--3--2-2421
 (GRA6)                                *                                                                 *                           ****     *   *   *            * * ***      ***                                                           *        *       **         *  *                        *****  ***** **    * ***                                             *         *                                                                               *                     *                * **                *            *  ** *      *                                                        *         *    ** ***  * *****    * **** *   ****  ****                  * *           **          *                                         *               * **      **                                             *       *** ******** * *                                                                          *                                                                           *           *                             ***   *    *   *** **    ** *         ** *** ** ** ***  *  **      *              ** * * *****   * ** *   **           * * *   *    * * *  *  *   ***     * ** *  ****  * ** * * ***  *  * ****
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 DUF3646:DNA polymerase III ga  ----------------1------------1--------11111------------------------- ----1---11--------------------------------------------------------1-1------1----------11----------------1--------------------------------1-----1-1---1------------1--111---1-----1----11---------------------------------111-----------1----------------11-----1--1------------------------------------------------------------------1--------------------------------------1--1-------111111111111113111211111111111111-12211511111-1111111311112111111111111111111111112211221---1--------111111-11-11-111111111111-1-11111111111112111111111111-1--111112---1----11--112------------1---------1--1----221---1-1----1-1--------------------------------1----------------------------------------------------1-----------------------11-------------1----------2---------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------ ---1----111------11-2------11------------11--------1---------1-----------------------1---------------2------3-1-1-----------1----------11--1-1---------------1-----1-111-----3-----1-1--1-1-1-1---1----
 mma and tau subunits C termin                  *            *        *****                              *   **                                                        * *      *          **                *                                *     * *   *            *  ***   *     *    **                                 ***           *                **     *  *                                                                  *                                      *  *       ********************************* *********** *******************************************   *        ****** ** ** ************ * ************************** *  ******   *    **  ***            *         *  *    ***   * *    * *                                *                                                    *                       **             *          *                                                                                                         *                                                                            *    ***      ** *      **            **        *         *                       *               *      * * *           *          **  * *               *     * ***     *     * *  * * * *   *    
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 Glyco_hydro_7:Glycosyl hydrol  -----------------1-------------------------------------------------- -------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------1----11111----1-1---------11-----------------------------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------1-------1------------1-----------------1---------------------11-------------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------------1------------------------------------------------------1-------11--1-----11---------------------------------------------1---1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------1------------- ----111-111----216534553345--------1----1-----3322233378886646---------------------------7-1162---1--0------4----------------2---------2------2----------1-1-----2---4---1-11-------------2614----74491
 ase family 7                                    *                                                                                        *                                                                                                                        *                             *    *****    * *         **                                                     *                                                                             *                                                            *       *            *                 *                     **                                     *                                                                                   *                                               *                                                      *       **  *     **                                             *   *                                                                                                             *                          *                  *** ***    ************        *    *     ****************                           * ****   *  *      *                *         *      *          * *     *   *   * **             ****    *****
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[5925] PF12472            270                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DUF3693:Phage related protein  ------------------------1-----1-----------------1-111--------------- -11---1-11--112------1--3------2----2-2--1--2--------1-------------1-2--1----------------------------------------------------------------1----------1------------21-----11---2-----2-------1---------1---------------1-----------------------------------------1--1-------------------------------------------------------------------1-----------------------1--------1----------------111----1121-21-11132211--11-1----11--25-3-1---111--1-1-1-------112-22----------------1------------------1--------------1-------1------1-------21----1--13-21----111-11----1-11------1---------------1----1-------11-1-1---111---11----------------1-------------11--------------------------------------11-1-----------------1--1--------------------------------------------------------------11111-----11-----1---1111---2------1---------1-1--11--1----------------2-----212--1-143422513412------------------------------------------------------------ ------2-2--1----------------------1--111----------12-1---1------------------------------------------1---1---1------------1111-12-1-1-1-2---1-------1-1---------------21-------3-2--1--1-214322-1----11-
                                                        *     *                 * ***                 **   * **  ***      *  *      *    * *  *  *        *             * *  *                                                                *          *            **     **   *     *       *         *               *                                         *  *                                                                   *                       *        *                ***    **** ** ********  ** *    **  ** * *   ***  * * *       *** **                *                  *              *       *      *       **    *  ** **    *** **    * **      *               *    *       ** * *   ***   **                *             **                                      ** *                 *  *                                                              *****     **     *   ****   *      *         * *  **  *                *     ***  * ************                                                                   * *  *                      *  ***          ** *   *                                          *   *   *            **** ** * * * *   *       * *               **       * *  *  * ****** *    ** 
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[5926] PF06386            270                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 GvpL_GvpF:Gas vesicle synthes  -------------------------96-3--1----------------3--3--------------1- 14-1----------1---------11-----112221-74-242-----------------1---12641------------------11----------1------------------------------55------1---1----1--222---------1-42222------------------------------------1-----------------------2---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2113-3------------------11-------4--------1---------------1-----------1----------------5-54--1------------------------------------------------------------------------------1----1------11---2--1-------1---------------11-------------------3--12-151--------------1------------------------3---------------------------------------1---1--------1------------1-------------------------------111---------------------------1--------------------------------------------------------------------21---1----------------------------------1-------------------------------------1 ----111------2-1--3-----1----1111---1----------11-11-1-----1-1-------1--1----------------3---2-1---------21-3-3-11111------------------1----1-----------------1---122-2---2-21--2--11--21---11--112123-
 is protein GvpL/GvpF                                    ** *  *                *  *              *  ** *          *         **     ****** ** ***                 *   *****                  **          *                              **      *   *    *  ***         * *****                                    *                       *                                                                                                                           **** *                  **       *        *               *           *                * **  *                                                                              *    *      **   *  *       *               **                   *  ** ***              *                        *                                       *   *        *            *                               ***                           *                                                                    **   *                                  *                                     *     ***      * *  *     *    ****   *          ** ** *     * *       *  *                *   * *         ** * * *****                  *    *                 *   *** *   * **  *  **  **   **  ****** 
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[5927] PF10423            270                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 AMNp_N:Bacterial AMP nucleosi  ---------------------------------1---------------------------------- -----1-1111-----------------------------------------------------------------------------11---1-----------1--1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-1-------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1111------1111---1----11111111112-1111111111--111112112111--1311111111112---------11---1-------------------------------1111-111111111111111111111111-11111111--11111111111111--------------------1----------------------------------------------------------------1--------------------1-----------------11111111111111111-1111111111111-1111111111--111111111111111111-111111--1111111-1111-------------------------------------------1-11111112111111111----------------------------------------------11-------------------------------------------------- -1---1--21--11-----------1----------------------------1-1--------11-1--1-1--1-11---1---------------------1---11------------------2----1----1---------------------1--1--21-2--------------1241------1--1
 de phosphorylase N-terminus                                     *                                        * ****                                                                             **   *           *  *                                                                                                               * *       *                                                                                                                                                ****      ****   *    *********** **********  ************  *************         **   *                               **** ************************ ********  **************                    *                                                                *                    *                 ***************** ************* **********  ****************** ******  ******* ****                                           * *****************                                              **                                                    *   *  **  **           *                            * *        ** *  * *  * **   *                     *   **                  *    *    *                     *  *  ** *              ****      *  *
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
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 tein E                                                                                                *                                                                        *            **** * *    ** *                      *  *    *       *    *        ***      ****                              *             *      *      ** * ** **** ***** *   ***    *  *  **  **      ***     *                     **                *      **  * ** **       *   **    ** *   *       **          ***** *                  *   *            *                              * ***    *                            *          * **      *     * *             *                         * *          *       *   *       *   *      *                             *                     *               **                  *              *                              *          *  **                          *         *         *  **    *           *              **        ** *      **                                                         *   *   **   * *   ***       *   **** *   **  ****  *                 *                  * *      * **   ***             *  ** *****  *      **         *   * *  **  *   **  *    *  ** * **  **** 
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[5930] PF01160            270                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1                                                                     
 Opiods_neuropep:Vertebrate en  -------------------------------------------------------------------- ---------1-----------------------------------------------------------------------------------------------2-------------------------1--1--------------1111------------1---------------------------------------1--------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------1-1-----------------------1--------------------1------------------------------------------1------------------1-------------------------1----------------1-11--------1--------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ------1----211--1111112--11222222-1-111111111-2--111-1------------1------------2-----------21--2------------2213444822323352432431-3-56322334335513241322734233-11311111-13-1---1--2----221-2-2---1---1
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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 DUF1422:Protein of unknown fu  11----1----------------------2--------------1------------1--1------- --------------------------------1------------------1----1-------------------------------1112-1--1------------------------------1--------11-----------------------------------------------------------------1----------------2--1------1----------------1-------------1--------------11--------------------------------------------2---------------1---111--3-------1---1------------------1---------------------------------------------1--1------1----1-------------------1-----------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------1---1----1-1-1---------------------------------------11-----1-21211111-11111-1111-1-------------11111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111122----11111-------------------------1--------------------1-11-1-11-11-1-1-11121111122211------------------1111--1--------1------------------------------------1--- ---1----11-1----1---1---21------------------------22-21--------------------1--1--113--------11-1-----1---2-11--231--11------4-------------------1--------31-2---1121-111-1--11-1---1--------1-31------1
 nction (DUF1422)               **    *                      *              *            *  *                                        *                  *    *                               **** *  *                              *        **                                                                 *                *  *      *                *             *              **                                            *               *   ***  *       *   *                  *                                             *  *      *    *                   *                             *                                                                                      *   *    * * *                                       **     * ******** ***** **** *             ***************** **************************************************** ************    *****                         *                    * ** * ** ** * * **************                  ****  *        *                                    *       *    ** *    *   *   **                        ** **                    *  *  ***        ** *     *   * **  ***  **      *                   *        ** *   **** *** *  ** *   *        * **      *
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 Gemini_mov:Geminivirus putati  --1---12211121--------------------------------1-------------1--1---- --------211--------------1------------11---1--1-112----------111-------1---1221---------11----1-----1--1----------------------------------11-------------------1--1-1------1------------------1---------------------------------11111-1--11111--2112111--------1-111----1-------11------------1--------------------------11---111----------------------------1-----12-----1------------1------------1----------------------1--21---1-1------11--1-------------------------------------------------------------1--------1-----1---------------12------------1--------------1---------1---------------------------------11---------------------------11---------------1---111-1--1---------------------11---1----1-----1---1-1----------1-11------------------1-11-1111----------------------------1----------------------1-----1--------------1------------1--1------1--1-----------1-----11-------------------1-----------------------1---------1-1 11----1-11--1--1-2------1-2-----1----2112-----------1-1-----------1--------1-11----21----1-----3---2-1-113-13-512-11----1-1---1112-1-421-2--21--2--12-1--2-1-2112-313124123-3111---1--------1-1-1------
 ve movement protein              *   ********                                *             *  *             ***              *            **   *  * ***          ***       *   ****         **    *     *  *                                  **                   *  * *      *                  *                                 ***** *  *****  *******        * ***    *       **            *                          **   ***                            *     **     *            *            *                      *  **   * *      **  *                                                             *        *     *               **            *              *         *                                 **                           **               *   *** *  *                     **   *    *     *   * *          * **                  * ** ****                            *                      *     *              *            *  *      *  *           *     **                   *                       *         * * **    * **  *  * *      * *     *    ****           * *           *        * **    **    *     *   * * *** ** *** **    * *   **** * *** *  **  *  ** *  * * **** ********* ****   *        * * *      
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 XendoU:Endoribonuclease Xendo  -----1---------1---------------------------------------------------- ---------------------------------------------------------------1------------------------------1-----1----------------------------1---------1---------------1---------111-------------------1-----------1-1--1----------11---------------1--111---------1---1-----------------------1-----------------1--1-------------------------------------1-1-----111-------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------11-----------------------------------------------------------------------------1-------1-1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------111111111-----------------------------------------------------------1--------------------1---1---1 ----11--1-1---1--------------------------------1---------1--------1--------1-----------1----------------11--5235544731111111522212-1-113111133111123112-13123332443447332333331-11------12114-122123211
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 CoiA:Competence protein CoiA-  --------1---1-------------------------------------------1----------- ------------------------------------------------------1------------121------------------11-2--------3---21-----------------2---------------------12-------111---------1-1--------------------1-2111111111111111111441111131211121111112-11111111121111--1111111-11111111111111111-111-11111-11211111111121111111111111111111111111-----------------------1------------1-------------------------1-1--1-------------------1-121---1-1-------1----------------------------------------------------------------1-------------------------1---1-----------1----1------1-1--------------------1-1-------------11----1--1111--------------------------------22111--------1-1-2--1----1----------------1-------------1---------2-------------1---11------------2-----------------------------------------1-----------------11--1---1--------------------------------41-----2-1-1----------------------------------1--------------------------------------- ----2------------------------1---------------------1-1111---1-----------1-------------------------------11---11-----2----------2-----22----1--1-1-----------------11----1-2--------------1--1--------1-
 like family                            *   *                                           *                                                                  *            ***                  ** *        *   **                 *                     **       ***         * *                    * **************************************** **************  ******* ***************** *** ***** **************************************                       *            *                         * *  *                   * ***   * *       *                                                                *                         *   *           *    *      * *                    * *             **    *  ****                                *****        * * *  *    *                *             *         *             *   **            *                                         *                 **  *   *                                **     * * *                                  *                                            *                        *                     * ****   *           *                               **   **     *          *     **    *  * *                 **    * *              *  *        * 
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[5936] PF08270            269                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 PRD_Mga:M protein trans-actin  ------------1-1---------1-----------------------------------1----1-- ---------------------------------------------------------------------------------------13------------3--11--1------------------------1-----------1-------------1------1----------------------------1-121-111-22-----11-1--------11111---111111111111111-111---------------------------11355331--2321133232133333543444241--------1-2-----------1-11---111------1------------------11----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-2-----------------------------------------------------------1-------------------------------------------------1-------------21--1--------1------------------------------------------------------------------------------1--------1-11111111111111-------------------------------------1-1-----------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------- --2233--1---1------------1-111111----------2111----------------2---1----1111----------1--------4-----1--22---21--1-1-----11----1-1--11------11--1-------------11--2241-------5--1--------1--4------1-1-
 g positive regulator (MGA) PR              * *         *                                   *    *                                                                                          **            *  **  *                        *           *             *      *                            * *** *** **     ** *        *****   *************** ***                           ********  *************************        * *           * **   ***      *                  **                                                                                                                      * *                                                           *                                                 *             **  *        *                                                                              *        * **************                                     * *                                   *                                                                                                             ****  *   *            * ******          ****                *   *    ****          *        *     *  **   **  * *     **    * *  **      **  *             **  ****       *  *        *  *      * * 
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[5937] PF09600            269                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1          
 Cyd_oper_YbgE:Cyd operon prot  -----------------1-----1---1--1------------------------------------- -1-----------------------------------1----------------1----------1-------------------1-------------------------------------1---------------1---1---21--11-22---1----1-------------------------------------------------------1-------------------------------1---1--1-----11-----------------------------------------------------------------------------------2------11-----------------------------1----------------------2--1--1--------1--1-----------111111-----------1-----------------1---------1---------1-------------------------------------1---1-----------------1-----------1------1--1---1----------1----1--------------1-11----1-----2212---1------------------------------1------21111111111111111-1111111111111111111111111-1111111111111111111111111--111111111111---------------11--1---21----1--21111111---2-----1----1111--------------11111-11121112----------------------1-----------------------1--------------------1---1-1 -----1-------------------------1-----------------1---1------------------------1----------------1-----1--111-2-2------1-----1-----4---1-----1-1--------------1---1-1-5-----1--1--21------12780-61111----
 ein YbgE (Cyd_oper_YbgE)                        *     *   *  *                                       *                                   *                *          *                   *                                     *               *   *   **  ** **   *    *                                                       *                               *   *  *     **                                                                                   *      **                             *                      *  *  *        *  *           ******           *                 *         *         *                                     *   *                 *           *      *  *   *          *    *              * **    *     ****   *                              *      ***************** ************************* *************************  ************               **  *   **    *  ********   *     *    ****              ***** ********                      *                       *                    *   * *      *                         *                 *   *                        *                *     *  *** * *      *     *     *   *     * *              *   * * *     *  *  **      ***** *****    
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[5938] PF10727            269                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1                                                                     
 Rossmann-like:Rossmann-like d  ------------------111-----------1-------------------1---------11---- 111-21111132-111111-11111111111121111212111111111111211112--111-2112111--11------------------------11--1-1111-------1---------------------21--111-----------1---------------------------------1-------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------1---2---------111111-----1------1111211--1111--------1------------1-------1----------1-1-1---1-----1-----1-1----1----1------11-------------1------------------------------------------211112-1111--1-11111-111--------11------1---11-----11-----------1--111-----------1-1----1-11-1--1---------------------------------------11111-1----1-1-11--------------------------------------------------------------------------------------1---------------111111111-----------------------1--1------------------1-----------------1--1-------------------------------------------------------------------------------- -----------1--11--1-----1--------21---1---------------1---------------------------------------11-----------22-1--------------2---5-------------------------------------2-------11--7---11636--21-----1-
 omain                                            ***           *                   *         **     *** ******** ****** **************************************  *** *******  **                        **  * ****       *                     **  ***           *                                 *                                                             *                                                                     *   *         ******     *      *******  ****        *            *       *          * * *   *     *     * *    *    *      **             *                                          ****** ****  * ***** ***        **      *   **     **           *  ***           * *    * ** *  *                                       ***** *    * * **                                                                                      *               *********                       *  *                  *                 *  *                                                                                            *  **  *     *        **   *               *                                       **           ** *              *   *                                     *       **  *   *****  **     * 
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  unknown function (DUF1750)                                   *                     *                    *    *                                                                                             *                                        *                       *             *         ***************      * *                                                                                                                                                   *         **           *         **********  *    * * *                                                                                     *  *  ** *           *  * *                                                    *          ** *                                   **                                          *                                                           ****  *                           *                                      *                                                                                     *                         *   * ***************************************************           *        ** **************   * * ** ** * *  *** *      *   *        *   **          **** * *   ** **  * **     * ***     **  
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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 RNA_pol_Rpb8:RNA polymerase R  ------1---------1-----------------------------------------------1--- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------1---------------------------------------11-----------------------1------------------------------------1-----------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------111------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------1-----------1--------11---------------------------1----1---------------------------------------111111111111111-----------------------------------1--1-----------------------------------------------------------------11----------------------------------------------------------------------------- 1111121131111111111111211-1111111111111111121111111111111111--11211111111112111212211211111111111111111113122121111112121112111110-1-21111121111-11-11111111111-1111112111-1111111-3111111214122111111-
 pb8                                  *         *                                               *                                                                                                                                                   *                                                                    *                                       **                       *                                    *                                               *                                                                                                                                 *       ***                                                                                          *                            *           *        **                           *    *                                       ***************                                   *  *                                                                 **                                                                              ************************* **********************************  ******************************************************************** * *********** ** *********** ********** ******* ******************* 
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[5946] PF11196            268                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DUF2834:Protein of unknown fu  -------1----------------1-------1-----------1------1---------------- --------111-1--2111-11--1-111111------11---1--21-32--1---------11-1----------------1---------1------1--------------------------------------1-----1-3------11121212---1-1--111111112112-2--1------21211-212232111-1----1111--1--1111-111----------------------1---1---1-----1---------------------------------------------1------------1-------------------1--1-11--21---------------1-----1---------------------------------------11-------1----------11111111----------1-1-----------------------------------1-----11-----1--1-111----21---1----------1---1-------------------------------1-------1---1--------------1-----------------------------------1--1-------1-----------11------------------11---------------------------------1---------1----------------------------------------------2--1----1---------------------------1-1----1---------------------------2----1--------------------------------------1----------------------2------- -----------1-211-122-11---1--1---1--1111111---11-11--111--11-1-1----------1--------------112-2221-211-1314-21-1--1--------1----1---------------1---------1-------8-1-23------2-----------1--111--2-----
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 ISK_Channel:Slow voltage-gate  --------1-1111--------------------------------1--------------------- ------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------1------------1-------1----------------------1-----------------------------------------------1-------------------------------------------11----------------------------------------------------------------1--------------------1-----------------------------------------2------------------1--------------1---------------------------------------------------------1--1-11111111--11111111-------------------------------------------------1---1-------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------1----1-----------------------------------------------------1-----1----------------------------11--------1---------------------1---------------------------------------------------------------------------- ----22--------------------1---------------------------------------1----1-----------------1------------------1-4-421155242464854750-5-56533435445634334475545356----221-----1-1----------------1--------
 d potassium channel                    * ****                                *                                                                                        *                                                                                *            *       *                      *                                               *                                           **                                                                *                    *                                         *                  *              *                                                         *  * ********  ********                                                 *   *                                                                         *                                                         *    *                                                     *     *                            **        *                     *                                                                                 **                    *                                       *    *                 *                  * * ****************** * **************************    ***     * *                *        
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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 iated protein                                              *             *                                                                                                                                                                             *                    *      **                                          *          *                                                                                  **                               *                                                                                                                                   **                                                                                                                                             *          *                         *                                                                                        *    ***            *                               *         *                                                                                                          * ***** ******* ******* ******************************************** ****************************************************** ** *** * ***** ******** ************** ************* * **** ************** 
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 E_Pc_C:Enhancer of Polycomb C  -------------------------------------------------------------------- -111---------------------------------1---------------------------1--------------------------------------1-1---------------------------------------------1------------------------1--1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------1--------------1----------------------------------1----1--1------1--------------------1-------------1--------------------------------------------1--1-------------------------------1----1--------------------------------1--------------------1-----------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------1--------------------------1---------------11------------------------------------------------------ ----42--11-1--2--1-----121----1---2--------1121-22--1-------11-----1-2----111-111---------23--32---------1-12123532452343222652334-2-83633224-2432342222262222221212---3--31----121-1--1-2--4-13112113-
 -terminus                                                                                            ***                                 *                           *                                      * *                                             *                        *  *                                                                                                              *                                                                   *              *                                  *    *  *      *                    *             *                                            *  *                               *    *                                *                    *                                               *                                                                                                                                                                *        *                          *               **                                                           **  ** *  *  *     ***    *   *        **** **  *       **     * *    *** ***         **  **         * *********************** * ******** **********************   *  **    *** *  * *  * ******** 
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[5957] PF08609            268                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 Fes1:Nucleotide exchange fact  -------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------1----------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----1---1-------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----1-----------------------------------------------------------------------1-1----------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ----521----11112121111111111111111111211--1222111112111111112111111111111111111112211211221111111112-1211--213324212-21-2222221415-3-213-2122122221-112111--222---12-1-2141--21-2-24--1123454142211111-
 or Fes1                                                                                                                                                                                       *                                  *                                                                            *                                                                                                                          *     *   *       *                                                                                                                                                                                                                                                                                                *    *                                                                       * *                                                    *                                                                                                                                                           ***    *****************************  ********************************************************** ****  ********* ** ********** * *** ********** ******  ***   ** * ****  ** * **  **************** 
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[5958] PF11148            267                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DUF2922:Protein of unknown fu  1----------------------------------11-----11------------------------ -----1--------------------------------1----1--------------------1-------------------------1--------------------------------------------1---------1-1---------1---1-------------------------11-11-221111111121112------1111--1111------1--111111-111111111111--1111111-2111111211--------------------------------------------------143343134221221-2111111---11-1-11-61311-221---11-------------------------------------------------------------11----------------------------------------------------------------------------------------1--------------------1----7--------------------------1------------------------1-------------------------------1------------------------------------------------22--------1--1--1---1-------------------------------------11--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------1-------------------------1-22211111---- 4-1-----1-1----1--1------1-11--------212122-11-------2111---------1------------------1-------1--111--3------22-----------11--2-1-3-2-2-4-------1--------1--11------111---1---21------11--1-11-----1--1-
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 DUF2974:Protein of unknown fu  ----1--------------------------------------------------------------- ---------------------1------------11-------21----1----------1--1--1-1--21112221123--------------4---2--1-------------------------------------------1---1--------------------------------------1---------2---------------1-------111--------------------------3-2113-323-1--11--1------43411111--11111111111-------------3112111111----11111111111----------1---12--11------------------------------1--------------------------------------1-----------------------------------------------------1----1------------------------------------------------------------1--1-----------------------------1-----1-3-----------1--12--2-2-------------------------------------------------1--------------2-11-1---------------------------------1142-----------------1-------1-111111111111----------1------------------------1--------1-------------------------------------------32133------------------------------------------------------------------- 12--11--1---11----1----------------1--------------1----1----1------1-------11-21------------------------3----1--------------11-1-------1---------1---1------------11-2----1--2----------231---14---111-
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
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 dyltransferase                           **   *              *     *                                 *  *                               ** *  * * *             *      ****    *     *   *                  * **               *                   * *                    ***                       ****************  ********  * *       **                    * *            *                  **                                    *********              *     * * *          *  *  *                                           ** *    *          **                     *  *                                        ******               *        ***     *            *        *                      **       * **            *             *                         *     *              *             **    *   ***        *    ****                *                                    *                             ** **** *                                **                    **                                               *       **  ****  *           *          ******      *         *                           *  *   **       * * ***        **  * *  *** * *** *  * ***  ***   *   *   * **      ***         *   *       *   
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 DUF3568:Protein of unknown fu  -----------1-----------1-----2-------------111---------------------- ---------------------------------------------------------111---------------111----------1-----1-----2-------------------------------------11------1-----------------------1----------------------111111-1-1-1--1------11----1-1----------------------------1-------------------1----------------------------------------------------1-2---------11---1-----3---1----------1----1---21----------------------------------------------------1--212---------------------------------------------------------------------1111------------------------11---------------------1-------------------1---111--2----------1-----1--2--------------------------11------1--11---1----------11-1-----1--------22---1-1121111111-2112211221211111111222-----1111111111111111-21111111-111111111111-----------------------1-----1--------------------------------866556766----------------1------------1-------11-----221---------------------------------------1-- ----1--------1--------------------2--------1--11---111---------------1---1-------------------------------1---1-1-------------------------------1--------1---------11-21---1---1-1----------1----1-211--
 nction (DUF3568)                          *           *     *             ***                                                                                ***               ***          *     *     *                                     **      *                       *                      ****** * * *  *      **    * *                            *                   *                                                    * *         **   *     *   *          *    *   **                                                    *  ***                                                                     ****                        **                     *                   *   ***  *          *     *  *                          **      *  **   *          ** *     *        **   * ********** **********************     **************** ******** ************                       *     *                                *********                *            *       **     ***                                       *       *        *                    *        *  **   ***               *   *                               *   * *                               *        *         ** **   *   * *          *    * ***  
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
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 SLY:Lymphocyte signaling adap  --------------1----------------------------------------------------- ------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---1----------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------1----1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------1------------------------------------------------------------------- 1----1--1---------1-1-----1-1-111--11------1111-11--111-1---------1----1---1113-1--------1---1-----112-2-11--133554163341443564448-31636433333442233143223473341-----3-3-3---1--1---11--12-21111-13122-
 tor protein                                  *                                                            *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         *                        *                                                                                                                               *   *                                                                                                          *                         *    *                                                                                                                                                                                                             *         *                                                                    *    *  *         * *     * * ***  **      **** **  *** *         *    *   **** *        *   *     *** * **  ********************* *****************************     * * *   *  *   **  ** ***** ***** 
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[5969] PF10520            267                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               2                   
 Kua-UEV1_localn:Kua-ubiquitin  ---------------1----------------------------------------------1----- -1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---12----------------------1-----------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------1--------------1---1----------------------1---------------1-12--1-1---------------------------1-1111121111111--1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------1-1---------1------------------------------------------1---------1----1---------------------1-----------------------------------------------------11----------------------------------------------------------------------1-----------------------------------1--------------------1111-------------------------------------------------- -1--211-211------------1-----------------------------1---1--------------1--------------------2-1-------1-2-1423422-221222411131527-4-51231124221331211211211121111222311225114111122111113364-3121-2--4
  conjugating enzyme hybrid lo                 *                                              *       *                                                                                                                                                                *   **                      *                                                                                   *                                                   *              *   *                      *               * **  * *                           * *************  *                                                                                                                                       *            * *         *                                          *         *    *                     *                                                     **                                                                      *                                   *                    ****                                                    *  *** ***            *                             *   *              *                    * *       * * ******* *************** * ******************************************************** **** *  *
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[5970] PF09796            267                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1                   
 QCR10:Ubiquinol-cytochrome-c   ------------------1---1-1422---------------------------------------- ----1----------11----111--------11-1--------------------------1----1----------------1--------------------------------------------1---11---------1--1--11-------------------------1------------------------------1--------1------------1------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------1-------------2----------2-1-11-111---------------------------11---------1--1-----1------------------------------------1--------------------1---------1----11---------------------------------------------------1---1------------------------1-------------------------------------1--1--------------------------------------1-1111111111-1112111111211111111121-------------1---1----111------111111111111--1---1-------------------------------1----------------------1--------------1111111----------1-1--------11---1--------1-------------------------------11-1111--1 ----1--------11111112221-11111211111-11111-1113211212-111111111-1112--2--11221112111-1-111-11111121--11111-----1-1---1-----2-1-----1--------1---1-----1-------1-----------------2-12---1-2--221--------
 reductase complex subunit (QC                    *   * ****                                             *          **    ***        ** *                          *    *                *                                            *   **         *  *  **                         *                              *        *            *                                                                              *                                                  *             *          * * ** ***                           **         *  *     *                                    *                    *         *    **                                                   *   *                        *                                     *  *                                      * ********** **********************             *   *    ***      ************  *   *                               *                      *              *******          * *        **   *        *                               ** ****  *     *        *********** *********** ***** ********** ********* ****  *  *********** * *** ********  *****     * *   *     * *     *        *   *     *       *                 * **   * *  ***        
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
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[5971] PF06514            267                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 PsbU:Photosystem II 12 kDa ex  --------------------1---------1-----------2------1------------------ ------1----11--------------------111-3--------------1-------------------------1---------------------11---------------------------------111-------6144331112211111131143332-1---121---1--1-----------------------1-----1------1--1111-1------1----------2---1---------1------------1----------------------------------------------------------------11--------------11----1-------------1-------------2---11-1------------112111221----------------1-1------------------------1------------------------------------------1----1-------11-------11-----------------1----1----11--11111-----1----------1-------2----111-1---2----------------------------1--1-----11---1---1111-1--1----1--1------------1-1111111111-1111111111111111111---11--1-----------------111111-------1--------------------1---2----1--------------------------1----1111----------------------------1111111111------1-----------------------------1--------------2-11--------- -------------1--------------------------------1-----------------------------1------111---------------2----1-312---1------------------------------------------11----1--12--1----1-2-----11-22----13-1-23
 trinsic protein (PsbU)                             *         *           *      *                         *    **                    *** *              *                         *                     **                                 ***       ************************* *   ***   *  *                       *     *      *  **** *      *          *   *         *            *                                                                **              **    *             *             *   ** *            *********                * *                        *                                          *    *       **       **                 *    *    **  *****     *          *       *    *** *   *                            *  *     **   *   **** *  *    *  *            * ********** *******************   **  *                 ******       *                    *   *    *                          *    ****                            **********      *                             *              * **                       *                                *                             *      ***               *    * ***   *                                          **    *  **  *    * *     ** **    ** * **
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[5972] PF07330            267                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DUF1467:Protein of unknown fu  ---------------------1---------------------------------------------- --------------------------------1------------1-1-------1-1--1--1-1211---------------------11-------1----1-1-----------------------------111----1---------1----1---1-----1----------------------11-----1-1----1---1--11----11---2------1------------------------------------------1----111------------------------------------------11--------------------------------------1-----------2111-----111321111211111111111111-11111111121-111133133312111111111111211--------1---1-1111111111---------------------11111---------------11---------------------------2---1-----------------1-------1--1--1--------------------1---------------------------------1-------1111--------------------------------1---------------------------------1-1------------------1----------------------------------------------1----------------------------------------------1-----------1------------------1----------------------------------1---------1--------11-- ---1----3--------1-1---121-------1---------1---2-2-21-----211-1------21-1-----1---1-2--------3-1-1-1-----1---22-1222--1---1---13------2--1----1--1-1-1---1---------11-11-11-1--------12-12----4--132221
 nction (DUF1467)                                    *                                                                               *            * *       * *  *  * ****                     **       *    * *                             ***    *         *    *   *     *                      **     * *    *   *  **    **   *      *                                          *    ***                                          **                                      *           ****     ************************ *********** ***************************        *   * **********                     *****               **                           *   *                 *       *  *  *                    *                                 *       ****                                *                                 * *                  *                                              *                                              *           *                  *                                  *         *        **      *    *        * *   ***       *         *   * * **     *** *      ** *     *   * *        * * * *     *   ** ****  *   *   **      *  *    *  * * *   *         ** ** ** *        ** **    *  ******
===================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================
[5973] PF10240            267                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   1                                                               
 DUF2464:Protein of unknown fu  -----------------------------------1-------------------------------- -------------------------------------------------1-------1--------1--------------------------1------------------------1----1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1---------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------1---------------1-1-----------------------------------------------------------------------------11-------------1--------------------1-1------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------1-1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ ----2---31------1--1-----1--------111121----1-11--1---113-1---------------1----1-12-1------11-11--1--31--2-2--25445542232425222328-3-720121351243223122228321322216331421341222----------111111111-32--
 nction (DUF2464)                                                  *                                                                                  *       *        *                          *                        *    *                                                                                                                                   *  *                                                                           *                                                                                 *               * *                                                                             **             *                    * *      *                                                                                                                                       *                                                        * *                                                                                                                                                                       *   **      *  *     *        ******    * **  *   *** *               *    * ** *      ** **  *  **  * *  ******************** * ******************************************          ********* **  
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 PIG-U:GPI transamidase subuni  ------------------------------------1------------------------------- --------111-------------------------------------------------1---------------------------1----------------------------------1-------------------1-----------------1-------1-----------1------1--------------1-1-----------------------------------------------------------1-------------------1-------------------------------------------------------------------1------1---1---------------1--------------------------------------------1-------------------1-----------------------------------1-----1-----------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------1---------1----------1------------------------------------------------------------1---------------------------------------------1-------2--------------------------1-------------------------------------1-------------------------1--1------------------------------------------------ 1111111-5112-1111211111-111111111113-111111211--111111-1121322111111-1111111111111111111132-12121111-11111-11131211121111111311214-1-2131111111111111111121111122-112211123111--1112111--3112152112112-
 t PIG-U                                                            *                                        ***                                                 *                           *                                  *                   *                 *       *           *      *              * *                                                           *                   *                                                                   *      *   *               *                                            *                   *                                   *     *                                                                                   *                                                                *         *          *                                                            *                                             *       *                          *                                     *                         *  *                                                 ******* **** ********** ************ *********  ****** ************* ********************** ******** ***** *********************** * **************************** ************  *******  ************* 
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 nction (DUF2959)                                                                  **            *       *        * **       *      *                                                       *            * *     *        *              * **           *           *    *         ***    *                   *      *            *   *****   **   *************            **                    *                          ***   ***  **        **      *               *                            *     *                 *  **     *            * *   *                                                  *                                                                         **   ******     ***   *    **    *                                  *   *************** **** **  **             *                                                                                 *         * **                        * *              *  *           *       *****                                          *                       *    *    *  ***            *   * *     * *    **     * * ** *       *  *     *  * **   *   ** *  *     *   *** * *  *  * **** *   * **         **  *   *         **** *  * **  * *  **   *   * *  ** *** *   **
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[5979] PF09676            267                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  21                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
 TraV:Type IV conjugative tran  -------------------------------------------------------------------- ----1-----------------------1-1-----------211-------1-1------------------------------1-------------------1-----------------2---------------------------------------1--------------------1-----------------------1-----------------------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------1-------------1--------------------------------------1-1-1-1-------1-------------------12-----------55--11---1----------6311-11-----11--2----11-1--1----1----------