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Ranking of SCOP_SUPERFAMILY : from 1 to 100

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[   1] a.1.1             4323                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
 Globin-like                                                                                             1                                                                                                                                            111111 11 1111111 1111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1   11  2 1 11          1                     1      1                  1        11  1    1  1              114331241111211122 31622 322111 21231 21111112131131111624 11113411111 6 1   2111 1 1 11 11
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 alpha-helical ferredoxin       4413-675766666642768787175553764085442435467848030431122121245667-11 2896222222223244455-57335855555478885730567235243112244622--444466079632222222117673333255554844---2934364725111111111111111244021992905559901586459655634444353334634446413112223212166455333655555554464555445853346553685554321222255233333333333333333332---22-------11221---1-1111111----11-----------11111111111111111111111376320000919608665535459331-53259565754347333351-1415444311111595763348566755445343444-6545665656315554765655646533447666666562222222275535847112111111111111111111111111113234423434766666598777007089995868678784756724599058777860846589333333332400114633727474775104966156756945030534526655524344443344566354863363636456990850979898871908--17801------65767710999090900-9091009000900900008777664459889999099999999587888881156666666666611131111123338467422221332221422233333333345577888665777877444422223222369898888857589533434433322224311223322--------22--------------------------35523323334522 22--212-411212222111111211211121122221212112112212222211211111111112112112211-11111111111211211111113-121213423455331232214233161633-44623322122-223222323232241502624462322251132282223333081572236231
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[   4] a.2.2             1232                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               2       1           
 Ribosomal protein L29 (L29p)   11111-111111111111--1--111111111111111111111111111111-111111-1-1-1-- 1111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111--11111111111111111111111111111111111111111111-1111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111----11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111-111111111111111111-111111-1111111111-11111111111111111111-1111111111-1111111111111111111111111-1111111-11111111111111111-11-111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111111111211111111111-111111--1111111111111111111111111111-111 1111221-62-11111111111111-1111111111-1-111111111111111111111111-11-2-11--11-2---1111--11111211112222112444-1-21221331111111126131262-231-11-11-31---1-1--1-311211211---21--1121211302231264081741112132
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[   5] a.2.3             8164                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    1                                                                                                   1                     2                                                1        1          
 Chaperone J-domain                                                                                                                                                                                                                                    11 111  11          111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             4212222 033 2322122222122112121121221222121222211111211111222221111111112111111112221112213212221111121222 2124444343312223276262904 535232232243232223225233333432232142362222122433322265611943422234
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[   6] a.2.5             1161                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    1                                                                                                     111111        1  1 161 1 3    1            1 1              1        1                   
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[   7] a.2.6             1230                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
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[   8] a.2.7              946                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 tRNA-binding arm               ----------------------------1--------------------------------------- --1--1--------2------2111------11-----11-------1-----1-1-------1--2---1111111112111-1121111-111111-1--11--11-122222212222221---1-1--1---1111222112212221---1111---121-2211211-22211-122122311122222222222222222221222222222211221111111212222222222222212222222122221211122112111-222211111--111111111111111111111111111111111111--1122111111111111111111112212111111121111212211111----1111111111---11-1-1--11111111111-11111111111111111111111111-11121----11-1111111111111211111--111--11111111111111111112-11-1122212222221111122121111112211111-1111122111111111112111111111111111112111212111-21122111121112111121211111111111111-111111111-111111-112111112222211222221122111-111-111-11111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111---------121111111111111-11111111111221111111121111111111121111211121111111111111111212111112222-121112211----------1--1-----1--------1--1----21123212121121 ----------1----------------------------------------------------------------------------------------------------11-------------------------------------------1------1----------1---1-----1-----1-1-----1
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[   9] a.2.8               86                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
 Eukaryotic DNA topoisomerase   -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -----------------------1-1------------------------------------------------------------------------------------1312432111-1--22111111-212111111111111-1111211113--41------17--1-------------------------
 I, dispensable insert domain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   * *                                                                                    ********** *  ******** *************** **********  **      **  *                         
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[  10] a.2.9             1093                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 C-terminal UvrC-binding domai  ------------------------1-----11111-------111--1-1111-------------11 ---1-21222221222222-22222222222232222322-1113111111112111111431123221111111111-222321111111211--1--2111-1-1-122322222222222112133122232-----1111122--22211222122221-1-22221122222112221111121122322222222222222244111322221133-33334442213333323233333323333111111122123333112222112222221111211222222222221111111111111222111222132211111111111232112222-111132-31112321111111122-1112-11-12-11--1111111111111111111111----------111111111111111--11-1121111111111111111--11-11111---------1111111111111-1--111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111-1-1111--111--1-1111-11111111-1-111-----11111111111----11111111111111211111111111111111--11111------11111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111--1111111111111111111111111-1-1111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111-11---------11-1-3-1-1--1----1-111--1-11-1----1111-1---1231 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------2--------------------------------------------------------------11--2-111----15113-3------1-
 n of UvrB                                              *     *****       ***  * ****             **    * ************** ******************** ************************************* ***************  *  **** * * ***************************     *******  ************** * ******************************************************** ************************************************************************************************************************** ****** ***************** **** ** ** **  **********************          ***************  ** *******************  ** *****         ************* *  ****************************** ************************************************ * ****  ***  * **** ******** * ***     ***********    ********************************  *****      ***************** **************************************************** ************  ************************* * ********************************************** ************************ **         ** * * * *  *    * ***  * ** *    **** *   ****                                                                                                             *                                                              **  * ***    ***** *      * 
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[  11] a.2.10             243                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 Epsilon subunit of F1F0-ATP s  -------------------------------------------------------------------- -1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1111111111111--11111111----------1-111111111-----11---------1111-------------------------------------------------------------111----11111111111-1111-1--1--1----1-1--11111111111111111-11-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-----1--1111111111111111-------111-------1-1-------------------111111111112111111111-------11---------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------21111-1--11121121262-11-----1-111--1-11--11---1-----1--------1-------------------------
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[  12] a.2.11             764                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
 Fe,Mn superoxide dismutase (S  11----1----------111111-111----------------2-----------------111---- -11------------------------------------------1-------------1-------1-1------------111-11------------211-2-1----------11----1-----1---1-111----11-2-----111-----------2----------------111------2-222221222222212----1122111-111--------112222222222222211111----11-----------1--------1111111111111111111111111111111111111---1111----2111111121211--211111---1--1-11--11-1----1----1-111111111121-11-12-111111111111112-111112111111122-11-111-111-1-1111111111--------111111-1--------1111-------------1--1-1-111-1111---------------------------------111-------1--11--------------1--11-----2-----------------1111----111-11111--11111111111----------1----------1--1---1----111---1--11-111-111-11------------------------------2121-----1--------1-----1-------1-111111111111111-------------2-111--11-----1-1------1----1------11-1111--111--------1--------------21-1-11----111----------11111111---11-2--------------------------------111 1-11121-2111322231222332213323322121111111122222223333332221122232131122323111112333132121323111111121211221-22131112111-131111-1503-3141-1111211111--21111111111-1111111331212134171115421142412321112
 OD), N-terminal domain         **    *          ****** ***                *                 ***      **                                          *             *       * *            *** **            *** * *          **    *     *   * ***    ** *     ***           *                ***      * ***************    ******* ***        *********************    **           *        *************************************   ****    *************  ******   *  * **  ** *    *    * ************ ** ** *************** *************** ** *** *** * **********        ****** *        ****             *  * * *** ****                                 ***       *  **              *  **     *                 ****    *** *****  ***********          *          *  *   *    ***   *  ** *** *** **                              ****     *        *     *       * ***************             * ***  **     * *      *    *      ** ****  ***        *              ** * **    ***          ********   ** *                                *** * ***** **************************************************************************************************** *********** ****** **** **** **********  *********** *************************************
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[  13] a.2.12              31                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 Sporulation inhibitor Sda      -------------------------------------------------------------------- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1111-1111-1111111141111--1111-1--------11----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    **** **** *************  **** *        **                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
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[  14] a.2.13              33                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1                                                                     
 Transcriptional repressor Tra  -------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11121-1---1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- --------------------------------1--------------------------------------------------------------------------------------1---------052-3------------------1----------------------------------------------
 M                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ***** *   *                                                                                                                                                    *                                                        *                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      *                                                                                      *         *** *                  *                                              
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[  15] a.2.14             530                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 DnaK suppressor protein DksA,  -------------------------------------------------------------------- -12--------------------------------------------------------------------------------111-1--------------------------------------111-1------------1----------------------------------------------------------------1----------1--------------------------------------------------------------------------------------------------------1--1111111-1----------------------------111--------1111-1111111111111111111111111111-11111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111--111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112111111111111132212111111111111121-1211221121111111121111121221211-1--1---------------1--1-112211111111111111111111111111111-1121211-11121111111111111111-1111111111111111111112111111111111111111111211111112-11111111111111111111111111221111111111111111111111111112122223323223232332---------11111111111111111111111111111111--------------------------------------------------------- -------------------1--------------------------------------1----------------------------------------------1----1---------------1-------------------------------1-2---1---------------------------1------
  alpha-hairpin domain                                                                                **                                                                                *** *                                      *** *            *                                                                *          *                                                                                                        *  ******* *                            ***        **** **************************** *********** ***************************************************  ************************************************************************************************ ******************************* *  *               *  * ********************************* ******* ******************** **************************************************** **************************************************************************         ********************************                                                                             *                                      *                                              *    *               *                               * *   *                           *      
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[  16] a.2.15             233                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1                   
 ISY1 domain-like               -------------------------------------------------------------------- -------------------------------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------- 1111112-311-111-111111111111111-1111111111111111122121111-11--111111111111111111111111111221112111111-1111-121232111211111111113145113121-111111-1-1--11-11121-2331112211121111-11142-1111-1-1121111111
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[  17] a.2.16              48                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 Calcyclin-binding protein-lik  -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------2------11--11111111361-122-11-21111111111111111-1----------------------------------------
 e                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     *      **  *********** *** ** ***************** *                                        
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[  18] a.2.17             606                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              2                                                                    
 Endosomal sorting complex ass  -------------------------------------------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1--111111--311---1--2---------------1------1-22111111111112311111-1111111--------111-1-11-----------------------------------1111-111111222221112222221111111--1---1-111-1111-111------------------------------------------------1---------------------------------1--11-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11-----------------------1----------------------------------------------11111111111111------------------------------------------------------------ ----222-412-2222221322222223322323323232222222123222223321221221233321331223323331112222212222322222222231-2-13222333412223342162605-549334343453332222313221221122223322332232221291211242552823212221
 embly domain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               *  ******  ***   *  *               *      * ******************** *******        *** * **                                   **** ***************************  *   * *** **** ***                                                *                                 *  **                                                                                                                                   **                       *                                              **************                                                                 *** *** ********************************************************************************************** * *********************** ******************************************************************
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[  19] a.2.18              54                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 SPy1572-like                   -------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11111111111111111111111111111111111111111111111-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1111--------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -------1-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
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                                aadishmssssssssstcpppptahhhhhhhnmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmpppttttpttkncn aasaccccccccccmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmnrrrafffkbbkjcclaaakmrttssnpassssstbbbbbbbacesrahpssbbbbcpppasscffgrccdspccccccccccccccpccccccpppcpcccrrdddhtacccccmccsssssssssstgaantppppppppppppdddttddeaabbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbgggloeellllllbpmsssssssssssssssssssellllllllllllllllllpllolllssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssaaacccccccccccccccccccccccafseehdddddpshncmtttccflgtrcccpbbbbbbmbbbnnorrrrrbbbbbbbbbbocmmmmmmmmmmpcaaaarrrrrrssaxhhmdjprrrrrssaaaaaaaaaggggmrraaaeeeeennoorrrrrrrrrrrrrwwwwpensszbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbcrrrpprrrlmaaddpprvvhjatmmmclnnnnnnnnnnaadbdddddddddddddlgggggggppaaaamsssacccccccccchhhhhhhhhtwnnsaaaatamscipppsssssssssssssssssssbcdnahtbbbbbbceddeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeekkkeppppssssssssssssssssssssssssswyyyyyyyyyyyybbckcccccllllmahcmaaaaamhhhhhhhhpaaaaaaapppacpppppppppppppppppffffffffftavvpvvvvvvvvvvssxxxxxxxxxxxxccmbllllllbbbbbbbbttaacopmbmmmmmmmmmmmmmmmmuuufkptttttttmoaf ppccddmglltgbbsmmsaaanaaaaabbhhhhmmtuccccccpppbsttffnfvvmcsnnnycdaklslcncppssssszcccccssspphpcslccctspumprecenbogttdopleoocdmrsmghhhhppctmotcftbsvpmesedcmmgtaxccchcldbdaaaccntccvmmoooccpooppasptppppa
                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
                                eeaoauecssssssooeaeraseualauatahmtheaeaaaaaoaaauhucaaabuoaoniocorqya aasecuiflllerrbqvooooieeamuuuuulacccaropelaaaaaeeiiyuhthuahhrrcciirvorudnnnnooaueeyedazlrrhuziiisuucosoiiueueurrrrrrbaennnnraehihhiuhhegulashhtuoaaaaaaeeellnnnnnnnnliaauraaaaaaaaaaaaeeahhhuiclmnnnnneeeeeeeeeelaiiuuhheoahphiinooooereauuuuuuuuuuuuuuappaaacruaaeeaeolleehhaaeieeaaagggyqqqouunnnnnnnnnnnyyyyyyyyyyyyyauuhhhrrrbherceooooooooooeilloeeehehramleouaacehorhyhesearuuueaurruareurniaaaaiaaaaaabbaeeeivuunohitxxooasoaiauuittieeeeeauaeahneppppeloaaaaaaaariixeaeuaahahuuuiessfkeeaoeaeriiynnlibirilovraeemeeeeelaaaauuhhssssshrieauueeliioheviacaleairnhelotioooeeeeeuuuooralulseaeeaauuuneoooeurareeaaaecuuoueoeeeeeaceyyyyyyyeurtleeyauaqesotanmaaaaeraeeeeoneiueoiuochaipppppcoaaectaoooooooooooooooooooooooooooooennnaasuinnnnnnnnnnnyyyyyrooylllolrneeeeeeeeessleaouuuuunnnnaoharlllupuunnnnaoouaaaaaairryiaeeeenllleuuuutyyyhuuuuuuuuraiirhhhhhaapuuaaxaaaarrraaaaaegyiioonnfuuuaeeueaaehealpgraoeaeyyyoyenuyarrolofeeeaeeneua aooaiurhrarneeuiroriuillireeeaaaayaqemmmmoorrriceireaxlarlhrieiuaoahlllauataeuiaolluaracohlnsioieeeeorailruwurlacuienafeuroruoruoaaagryayuaeaaracaauuraooouauarnnaopiuoeaeerledeeauuutaluaaarrhorsanaon
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[  25] a.4.2             1824                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 Methylated DNA-protein cystei  1111112111111111111111111111111111111-111111111111111111111111112211 1341412233311132222-23112322222233333344134233431332322223113322226454311111111233111---222112112--13222423241111111111111111111111-11122223111323--211-1122111111--12212--1-----1----1111111111322222222122222232222222211132424344435311111111111111111111111-1111212111121111111212111111121111111111111-------------21111-11111121211111121113222-11-3121111111442111111111111111124442-1111214332213333333333323333-11111111241-3333332332331111112321222231111111122211112------------1-11122---12-----11141133323333333222323333212222733333411334121122122212221112521111111121211311111221121121121111111232242112111111112111112121221-1122431122312212332332232222232222---2111------33332423333333323-333333333333333333343445112333333333333333323333333--333333323333--12121112221123231111111111111113332313111234443344433333122211111111112223222221222233222222221111--11222222--------111-------1----------1-1----1211-111111221 ----111-211--1232221222121122111122212222222221223222212222111122-1--111112111111222111111222213-1111-1111-13-2-1111-111111112111251-111-1-12-111-11-1111-11-121---41--1--51271111-----2-1---2--1-11--1
 ne methyltransferase, C-termi  ************************************* ****************************** ******************* *****************************************************************   *********  ******************************** **************  *** **********  *****  *     *    ************************************************************************* *******************************************             ***** *********************** ** ********************************** **************************** *********** *******************************************            * *****   **     *********************************************************************************************************************************** **********************************   ****      ***************** ***************************************************  ************  **************************************************************************************************  ********        ***       *          * *    **** *********     *** ***  **************************************************** *  *************************** **** **** ** * **** *************** *** * ** *** ** **** ** ***   **  *  ********     * *   *  * **  *
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[  26] a.4.3             1609                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
 ARID-like                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             2222222111111142121512 32311111111111111111311111  11    11 1        1    1  11 1        
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[  27] a.4.5            113401                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                                    
 "Winged helix" DNA-binding do                          1111 11                   111                  1 3         1      1  12      11111233 1 111      111  1  111 212222                                  1                                        1                                              1111111111111111111111111   1   11111122                         1     11                                                          1 111  1111 1  111              11                  1  1     1 212   11 1 1111111  12 1111121112  32222223322211   1111111111        1      1                                1  132123333332111133332222124232332  1111 111212131 1     1                                           1                             111   1 1   1111 111 111111111             1111 1 1111111111 111111111111111111122211   1111111111111111211 1111  1   1    1                 111               11111 1   1 2212122211222 111           111     1111111                                                                               1 1     1                                                                           1    1       111 11 3333333112122243141783 435111131232121112113222221111211121121121    5     2548 421111111
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[  28] a.4.6            21887                                                                            1                                                           1  111          1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
 C-terminal effector domain of                                                                       2461611222211122222 23  2522222264544688165945111332344112  656113901031111211 2032     3433 3  1   3 2171615                     11   34454212614232222111111111122133441 1     1    22111   212444444442444444332222445122421111111175111111111111111111111 1 11        111       1 111111111111111111111 2  1   11 1 111   1111 4335333333333224331111321113231 662121 1111 11   3 23223     238352123333322222221113 33434544272 5554546665552312122332332231111111122111321                              1351 233236567765444355665555257665678  45544322633461243121221       1 1333222   1  11  1 11111121122223311311                 22 1211331222412213233323333333334344   11 1      42222343443333333 4444333344434333333444234613343444434334333532233332 433333333333  22111 1111 12423               11111 11 12266564666445542434          233323333444444432322222      1 111111                                              15 1                                                                                                                                   1                                                         2     1    
  the bipartite response regul  --1------------1--21111----23--1---11---1--21111-----1-11211--12---- 8113068100143247867-695596565550450880819202798772174216402250186430551311161266594355789170116621174927922302222222222222239757681775981317766169796210763553388702469374838887817887786333444985565615776088851097284954118077522334794555455454555553678197065677758899077898796918576522534311111121111938889990292941299710228107134377771564586365286933412465046039334176046927470109999980184683232771203121998117948971881444346793999116192587159451517777777701725248222222222233435534333344322225734777634516434044440223863544351344414732756864299196843934457343333338213612375645641772273532436442332236523987777774445444442194632505664189238857353964227855399113058211111117155418127965789-13018247002623463313476140885091020819928975063103053423132201323228012091030921211777667465455459976689619224009492150712890694323243337246990000042033339999679987822736633221111111161411211-111121111121211111148755555450255 -----21---1--2---1--1111-111-1111---1-------------1----1--1--------1------11-----------------------1-1------3--2---2--1---11-1-33323-224-1--1--1----1---1---113----2-311121-15-2-1----1-23111-1-2174---
 ators                            *            *  *****    **  *   **   *  *****     * *****  **     ******************* ********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************* *********************************************************************************************************************************************************************************************** *********************************      **   *  *   *  **** *** ****   *             *    *  *        *      **                       * *      *  *   *  *   ** * ***** *** *  *  *    *   *   ***    * ****** ** * *    * ***** * ****   
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 Ribosomal protein L11, C-term  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111-111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111131111111111211111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111 221111118341222223222222222222222222121212222232222222232222222322222223222332232222223332322222222221245712433242222215234171193597-542452782273216045223211222213112242222332333383332314392632242223
 inal domain                    ******************************************************************** ******************* ****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** ** *********************************************************************************************************************************************************************************************** ********************************* ************************************************************************************************************************************ ******************************************************************
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[  30] a.4.8             1269                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             11                                                                    
 Ribosomal protein S18          -------------------------------------------------------------------- 1111111111111121222-22112222222221112222121111111111111111111111212222111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112211111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111-11-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111 11--11--311-111111-111111-1111111111-1111111111111111111111111111111-11-11111111111111111-211111111111-112-1-14233251333323354343233-4453222433462332133143213333133242433233332111-1111112-31111211111
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                                ppkhmbsaiiiiiistpmaacinfmasmwulpsstfjammmmvbplmhtbabmkafhgkostavcesm cbufaadegggjkuaaabbbbgllmstttttuvyyyfehocarrrcfsdmmxacrrlswwatoamveacgfaaaaillpclhxaymaufftvadggammojpfbphfrhmttttttacfppppaptclppvlptaaahcoeeearmyyyyyayyeeyyyyyyyyevnnpemmmmmmmmmmmmdgrttttmafaaaaaaccccccccccchllpsttwektsisximmmmwbacaaaaaaaaaaaaaaceehsfabbccdfghjpprrrrsspcmolllaaadeeegmmppppppppppppppppppppppppsssttttttutmoabbbbbbbbbbbcdkknppppttpmyermahhartwoththptspnbaybacczbghqtisjrrhwcpppppaacmmmmossahcdeeenprelllrttveehlllmmcabnmsadssssdipppppppppcddobmcrmmpccrrrrsttaabbccfmpprrteeopulawamabpppacccccgmmmmmmppppppptuvxteemnoppscpacianofpeaapdfmevhggmmmmmeemzzabaaoprbddmsvvvibeelmsucpddnnxcafbccfhjjjjjlahpppppppdspiuffhsamadplahiabbbbdfhhhhhlopppswcrnoehhaaaaauksdzintcccccccccccccccccccccccccccccfpppccalmeeeeeeeeeeetttttpbbdfffsgbepppppppppppfphkbbbbbppppcbcsapppsasdiiiipssmbbbbbbcacsvjaaaaefffmppppsssspttttttttcsffpccccchpsvvmmaccccoooffffmvahbbbbiiabbdghrtdplypymfpaaccfgghhhmmpppspuunomamhlmnpitmb fyhpdpbtbmbiddpfgnbnffcfnotddccccgceriiiippbbbcsrvgvhoadggtcdtllhgltkegcgpsbckmpraadptjopcpaoccbnnnmrgmcbocohgflarnracatcppomntmgsssutpjsmgbfcttspvleacnhdeggctiisragpmmgambevamrcpplsthvpsstttmtpcirsa
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[  31] a.4.9             1119                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1                                                1                   
 Polynucleotide phosphorylase/  -------------------------------1--------------------------1--------- 1121111122111111211-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111--1111111111111111111111111111111111112111111111111111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111122211222222222111112----------------------11111111111111111111111-1111111111111111111111114111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111211111111111111111111111-1111111111111111111111111111111--1---111111111111111111111111111111111111112111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112122111111111111111111111111111111111111111111-11---------------------11111111111111 ------1-1-------------------1--------1-1-----------------1--1-1--1---------------------------1--------------125232633222213332162721113412222112-2234362331221311425-22322631211--27222112216-2211-11--
 guanosine pentaphosphate synt                                 *                          *          ******************* *****************************************************************************  **********************************************************************************************************************************************************                      *********************** ************************************************************************************************************* *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** **************************** *******************************  *   ****************************************************************************************************************************************************** **                     **************       * *                   *        * *                 *  * *  *                           *              ************************************ ******************* ***********  *********** **** **  
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[  32] a.4.10             727                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     1                                                                                           1 
 N-terminal Zn binding domain                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1                                                         1      1                   3    1      1   0                        1            2            1         2                            244 
 of HIV integrase               -------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -1--21---------------1-----113211111-1121--111321-1111----11110--111-31----11-11-11312---326-142-11311-446----25654531-3-13123-51882-5362--14-124222222--31242314-163271-1-515---1--------432----11774-
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          *  **               *     ********* ****  ****** ****    *****  *** **    ** ** *****   *** *** ***** ***    ******** * ***** ***** ****  ** *********  ******** ****** * ***   *        ***    ***** 
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[  33] a.4.11             256                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 RNA polymerase subunit RPB10   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 11-111-1411111-111--111----11----211--111-1111111111-1112111111-1111-111111111111111111111211-1111111-1112111-2--1-1-1-1121112111131-111-----1112-11111---12112111311111111-11111117111111232121111-1-1
                                ********************************************************************                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ** *** ******* ***  ***    **    ***  *** ********** ********** **** ************************ ******* ******* *  * * * ************* ***     **** *****   ***************** *********************** * *
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[  34] a.4.12            4032                 1                                                        1        1                               1      6   1             1                                                                            31    3               1 2                              1  11  1      1       1                                  1                 111                                      11                   4                   2                               23                                    1          1         11111111 1                          3                1      111               1    1       2  1                  1  2 1          1              11                                    3  1       3111 1      6                      1                                     11  1                 12  2  1111 111                      111                    11                                1     3                                                        1          1                                                                                                                    4                                                                1                            
 TrpR-like                      ----1---23-3121--1111113412131313--1--2-411-1-1--1-13---1211-2------ 2921448222611827834139114933333114732895123422452362551333112222134312111119211136211211432214211--231131253422222222222222311112112213111231114150221281121111111221371271211111311112321111114112122631480344133224217525351118443341263347222234412316254614182162315844734523230113332547122322333512453222223343353221410211112536444474434364432215562121112164143212221134123112555111111146320523511454544543448-6485973629218775319344689532302247324230000000046851812111111111214211111120111111612347231104476823172222313934234523812301333331232283123317421311137705197032414834437263452235452471223142215333331111124122233321111132179712122281327272852564034742--1311411111122880354894533673-4135763239756893881978322632211431121333215987023654-044385437584-16212112524521112241122243223211312222283012345241141712636582222222221444834324434673161621675312111411112111111111111211111-112121111112111111136131141111111 -----------1--1-1---11-----------1--1---------1----------------2--------------------1-------1113-----1--66-----1----1----------3-79111-2-----------------1---1---3-4111-214--1------------114-2--11-4--
                                    *   ** ****  ****************  *  * *** * *  * **   **** *       *************************************************************************************************  ********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************* **********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************  **************************** **************************************************** ************ ***************************************************************************************************************************** *********************************            *  * *   **           *  *         *                *                    *       ****     *  **     *    *          * ***** *                 *   *   * **** ***  *            *** *  ** *  
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[  35] a.4.13            7309                                                                         1115         111    1  11      11111111 1 111              112 1112331         1 1     1111 1      1   3 2 2                          11111   115121111111111111111 1111111 11111 111        11111111111111111111221111111111        21                                                                                          11111111111111111111   111  11 1111111111111111   1 1                                                     11      1    1  1                 1                                         1111111111111111111 11111111  111 1   1  11  1 1 11         1   1                  11  1  111113                                 111 11      11   1   11 1    1                                                         1     1    1 1                                      1                         1 1111112111211  11          1  1     1 1  11                                                                     2   2                                                                                                                                                                                  2     1112 1 11     
 Sigma3 and sigma4 domains of   --1----46676545212--1---112-1-21------1-----------1--11-1----122---- 9190354544555621288-845501888878711183759075613358845752242211349269313311133233273566863361213312221658482613333333333333322-32222226286696335630454333135611265513998967059001059000661225344151111121521212317732661154344375666656745655555555666546443542242344222334422332222333434334433333333333333333333333333333333333332924210121104522364199945832959324385203311207162564985694444435555786685874444444444716755886854638667977027874851566707915653333333353433408333333333344333533443333333343556555865575578723252993123359495735213332370788279105928080096444444475972963548665666556377117826845558067333322322224333423233333499979912082059999801989097800919313177833333395677997987777788-88778576788786776689787778889917898907999181746647774987899787897336855555888843982555554644445555444445534319675688072833589213434344345199177777081775579698876444433675566553333333374231623-223222122223111222233742434545033 81--1--21-1-3-111--------------1-1------1------1----1----1----1-1---------------------1-11--1--32----3---1--9-312---23-43111--11126---12-333---1---42-134--1134--4121----11--1162539243663372235118-239
 RNA polymerase sigma factors     *    ***********  *   *** * **      *           *  ** *    ***     ******************* ********************************************************************************************************* *********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** *********************************************************************************************************************************************************************************************** ********************************* **  *  ** * * ***              * *      *      *    *    *    * *                     * **  *  **    *   *  * ***   ** *****  *****   ** ***   *   ** ***  ****  ****    **  ********************** ***
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[  36] a.4.14            1492                                                     1                                                                     1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            1          1          1               1                                                                                                                                                      1                                                          433 7352                                                                                                111                                                                                                                                                                                                                                                                        
 KorB DNA-binding domain-like   --1--1-11111111-----1--1211-111-1--------1--11-1--012-21------------ 1--12-----1---1--11-1----21111113-1-1232-121------1614-3----7-11-1863--311113-------11-----3----1---11--11-----------2-----1---34---11---------1-----------------2---11--1---------------11---13-11111121211111-------1-1-------------123---6--------------1--4------------------11-1-----3-----------------1112-1111111---------------1--12---11---11---111--2----121-----1--1----11---1-------21223--113-------------1-22211122-3--13411212228612--1--34134111222222221-1-1--2------------------6-----------126-1342176550885222255522333188564555--08735243842153-32212124----------1411-4-14-1-22-----1--83---4-1216-----------------------1--1--32212-11331-2221-2431111453213------1------41312421542130311-311133--22312231333344134733123323333333332312-31131-29978640938----1-----1213213146--1-------1-1-322244333121757633223755545421---------13331111112613441-2-1500---1-----------------------------------------2---------------1-- ----1----1--111--------1-11111111-1---------11--------------1----------------------------2--------------27----31---2-----------------------------------------------2112------------------2--1-----11-1-
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