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Caenorhabditis elegans (nematode) (cele0)
Gene : Y46G5A.30
DDBJ      :             spermidine synthesis
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  22/68 : Bacteria  176/915 : Eukaryota  91/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
f.54.1
:728 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   81->176,333->559 2q72A PDBj 8e-13 41.9 %
:RPS:PDB   122->389 2bk7D PDBj 7e-15 11.3 %
:RPS:PDB   337->493 2a65A PDBj 9e-28 10.3 %
:RPS:SCOP  82->649 2a65A1  f.54.1.1 * 5e-78 19.4 %
:RPS:PFM   286->596 PF00209 * SNF 3e-44 35.8 %
:HMM:PFM   82->642 PF00209 * SNF 2.2e-129 33.8 518/522  
:BLT:SWISS 82->639 SC6A5_HUMAN 3e-83 34.1 %
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links DAD WormBase Abbreviations Back to title page
GT:ID CAB60372.4 GT:GENE Y46G5A.30 GT:PRODUCT spermidine synthesis GT:ORG cele0 GT:DATABASE WS208 WP:CE CE29609 WP:PRODUCT spermidine synthesis WP:LOCUS WBGene00004904 GB:PROTEIN_ID CAB60372.4 LENGTH 728 SQ:AASEQ MADSGSNEEAMKRQAPSVKFDSPSKPDPQQVSQQSNQLSSQKSIQQSTQSKIDPSRIDTKNTTVTTTRPTLDTPPEEEEEKRDGFGNSFEFVLTSLGLAVGLGNIWRFPTRAYNNGGSAFLIPYLTCAFLFGLPAVYFEFLTGQYQGKSPPVIFRRVRPILEGVGWMGVFVAALVAIYYIVIVSWISIYMINICRGHFALWSHCNNDWNNGTSCITMADQYLCKNHTKVMANSTLWNSSLPIPDKMVYFNGACQDANGTDVSTATEQYFMTYIVQPSSGMLDFGGFNWPVFAAMSVCWLLTGLGILKGAKIMGKISYVSVLVPYVLVVVLFINGVFQDGSGVGLEMYFGTPNYTKLYEQDTWTEALKQLCFSLSVGHGGLISLSSYSPKRNNIFRDALIVIIGDTTMSLVGGGAVFATLGYLAKATGQDVKDVVKSGLSLAFVVYPEAMTRMPVPWLWCFIFFLMLFLLGASTEIALVDVFCSCIYDQYPRFRNRKWIVVIAWCSVLYCIGLVFSTRAGYYWFEMFDEYAAGFSSVCTVVCELLVMMYIYGFRNVRDDITEVVGHARNKFTGAIGAHSWYFTANWMVISPSIALILVGLSFVREYPYMGRHDIYPAVFDIFGWFLSFLPVIIVPIFMLLNFIRCRNRGHSYRTLFMLQKQHASYRRIAANYSKDQLALQDQLPDKEPWDEENVDLTDSESESRNAASGDVPIDDVATIDTSSTYHQVY BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 82->639|SC6A5_HUMAN|3e-83|34.1|531/797| TM:NTM 11 TM:REGION 91->113| TM:REGION 118->140| TM:REGION 168->190| TM:REGION 287->309| TM:REGION 315->337| TM:REGION 398->420| TM:REGION 459->481| TM:REGION 497->519| TM:REGION 531->553| TM:REGION 582->604| TM:REGION 618->640| SEG 29->50|qqvsqqsnqlssqksiqqstqs| SEG 59->80|tknttvtttrptldtppeeeee| SEG 177->191|iyyivivswisiymi| SEG 316->330|syvsvlvpyvlvvvl| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 81->176,333->559|2q72A|8e-13|41.9|310/511| RP:PDB:NREP 2 RP:PDB:REP 122->389|2bk7D|7e-15|11.3|213/217| RP:PDB:REP 337->493|2a65A|9e-28|10.3|156/509| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 286->596|PF00209|3e-44|35.8|293/352|SNF| HM:PFM:NREP 1 HM:PFM:REP 82->642|PF00209|2.2e-129|33.8|518/522|SNF| GO:PFM:NREP 4 GO:PFM GO:0005328|"GO:neurotransmitter:sodium symporter activity"|PF00209|IPR000175| GO:PFM GO:0005887|"GO:integral to plasma membrane"|PF00209|IPR000175| GO:PFM GO:0006836|"GO:neurotransmitter transport"|PF00209|IPR000175| GO:PFM GO:0016020|"GO:membrane"|PF00209|IPR000175| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 82->649|2a65A1|5e-78|19.4|495/507|f.54.1.1| OP:NHOMO 2156 OP:NHOMOORG 289 OP:PATTERN --1--------------------1-----21132--111111----1---1---1111112------- -----111111121--------------------------------111------11------1-1--------------13-1-1----1--1--------------1----------------1----11------------------------------------------------------------1-1111111111111111211--1111---1-----------------------------------------------------------------------------------------------------2---11111114141---3----1--1131-----2--2-1-11--11--1---------------------------------------------1---------------111------------------------1-----------------------------------------------------------------------------11---1---------121111111--------1111-2--211111-11---11-----------1-----------------------111-2123-11-------1----1-11-11-----1---------------------------------------------------------------------------------------------1---------11-31111111-1111-1111111111111----------1----1------------121122222212222-----------------3--------------1---------------------------1--11-------- ---------------11211---1-1222-111-----------------3432343-----------------------------------1---------------72pmqxuaVFGGFILFVSDULq*N-SIZBEGCVDGOG5GHB8MC5WFMKLNc**JnbLHPEMhJELJ---17---------2--1------ ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 436 STR:RPRED 59.9 SQ:SECSTR ################################################################################cccccccHHHHHHHHHHHHccHHHHTHHHHHHHHTTTHHHHccTTcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccTTccEEEEEEEEEEEEEETTHHHHHH################TEEEEEEEEEEEETTTccEEEEEEEEEEEcTTcccccEEEEEE#############EcccccccHHHHHHHHHHHHTcccccEEEEEccTTccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccTTcc###########EEEEEEEEEEETEEHHHHHHHHHHcccTTcTTcHHHHHHHHHHHHHHHTTTccHHHHHHTTccTTcccHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHcccHHHHTHHHHHHTTcTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTccccHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcTTH###HHHHHHHTTTHHHHHHHHHHHHHHHTTccHHHHHHHH######################################################################################################################################################################### DISOP:02AL 1-87, 669-687, 691-714, 722-728| PSIPRED cccccHHHHHHHHccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccccccccccHHHHHccccccccccccccccccccccEEEccccccccccccccccHHHHHHccEEcccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHcccHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHEEEEcccHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHccccccccHHHHcccccccHHHcccccccccHHHHEEEcccccEEcc //