Caenorhabditis elegans (nematode) (cele0)
Gene : Y46G5A.30
DDBJ : spermidine synthesis
Swiss-Prot:
Homologs Archaea 22/68 : Bacteria 176/915 : Eukaryota 91/199 : Viruses 0/175 --->[See Alignment]
f.54.1














:728 amino acids






























































:SECSTR

































































:PSIPRED






:DISOPRED




:BLT:PDB 81->176,333->559 2q72A PDBj 8e-13 41.9 %


:RPS:PDB 122->389 2bk7D PDBj 7e-15 11.3 %


:RPS:PDB 337->493 2a65A PDBj 9e-28 10.3 %


:RPS:SCOP 82->649 2a65A1 f.54.1.1 * 5e-78 19.4 %


:RPS:PFM 286->596 PF00209 * SNF 3e-44 35.8 %


:HMM:PFM 82->642 PF00209 * SNF 2.2e-129 33.8 518/522


:BLT:SWISS 82->639 SC6A5_HUMAN 3e-83 34.1 %






















:TM








:SEG
SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links DAD WormBase Abbreviations Back to title page
GT:ID CAB60372.4
GT:GENE Y46G5A.30
GT:PRODUCT spermidine synthesis
GT:ORG cele0
GT:DATABASE WS208
WP:CE CE29609
WP:PRODUCT spermidine synthesis
WP:LOCUS WBGene00004904
GB:PROTEIN_ID CAB60372.4
LENGTH 728
SQ:AASEQ MADSGSNEEAMKRQAPSVKFDSPSKPDPQQVSQQSNQLSSQKSIQQSTQSKIDPSRIDTKNTTVTTTRPTLDTPPEEEEEKRDGFGNSFEFVLTSLGLAVGLGNIWRFPTRAYNNGGSAFLIPYLTCAFLFGLPAVYFEFLTGQYQGKSPPVIFRRVRPILEGVGWMGVFVAALVAIYYIVIVSWISIYMINICRGHFALWSHCNNDWNNGTSCITMADQYLCKNHTKVMANSTLWNSSLPIPDKMVYFNGACQDANGTDVSTATEQYFMTYIVQPSSGMLDFGGFNWPVFAAMSVCWLLTGLGILKGAKIMGKISYVSVLVPYVLVVVLFINGVFQDGSGVGLEMYFGTPNYTKLYEQDTWTEALKQLCFSLSVGHGGLISLSSYSPKRNNIFRDALIVIIGDTTMSLVGGGAVFATLGYLAKATGQDVKDVVKSGLSLAFVVYPEAMTRMPVPWLWCFIFFLMLFLLGASTEIALVDVFCSCIYDQYPRFRNRKWIVVIAWCSVLYCIGLVFSTRAGYYWFEMFDEYAAGFSSVCTVVCELLVMMYIYGFRNVRDDITEVVGHARNKFTGAIGAHSWYFTANWMVISPSIALILVGLSFVREYPYMGRHDIYPAVFDIFGWFLSFLPVIIVPIFMLLNFIRCRNRGHSYRTLFMLQKQHASYRRIAANYSKDQLALQDQLPDKEPWDEENVDLTDSESESRNAASGDVPIDDVATIDTSSTYHQVY
BL:SWS:NREP 1
BL:SWS:REP 82->639|SC6A5_HUMAN|3e-83|34.1|531/797|
TM:NTM 11
TM:REGION 91->113|
TM:REGION 118->140|
TM:REGION 168->190|
TM:REGION 287->309|
TM:REGION 315->337|
TM:REGION 398->420|
TM:REGION 459->481|
TM:REGION 497->519|
TM:REGION 531->553|
TM:REGION 582->604|
TM:REGION 618->640|
SEG 29->50|qqvsqqsnqlssqksiqqstqs|
SEG 59->80|tknttvtttrptldtppeeeee|
SEG 177->191|iyyivivswisiymi|
SEG 316->330|syvsvlvpyvlvvvl|
BL:PDB:NREP 1
BL:PDB:REP 81->176,333->559|2q72A|8e-13|41.9|310/511|
RP:PDB:NREP 2
RP:PDB:REP 122->389|2bk7D|7e-15|11.3|213/217|
RP:PDB:REP 337->493|2a65A|9e-28|10.3|156/509|
RP:PFM:NREP 1
RP:PFM:REP 286->596|PF00209|3e-44|35.8|293/352|SNF|
HM:PFM:NREP 1
HM:PFM:REP 82->642|PF00209|2.2e-129|33.8|518/522|SNF|
GO:PFM:NREP 4
GO:PFM GO:0005328|"GO:neurotransmitter:sodium symporter activity"|PF00209|IPR000175|
GO:PFM GO:0005887|"GO:integral to plasma membrane"|PF00209|IPR000175|
GO:PFM GO:0006836|"GO:neurotransmitter transport"|PF00209|IPR000175|
GO:PFM GO:0016020|"GO:membrane"|PF00209|IPR000175|
RP:SCP:NREP 1
RP:SCP:REP 82->649|2a65A1|5e-78|19.4|495/507|f.54.1.1|
OP:NHOMO 2156
OP:NHOMOORG 289
OP:PATTERN --1--------------------1-----21132--111111----1---1---1111112------- -----111111121--------------------------------111------11------1-1--------------13-1-1----1--1--------------1----------------1----11------------------------------------------------------------1-1111111111111111211--1111---1-----------------------------------------------------------------------------------------------------2---11111114141---3----1--1131-----2--2-1-11--11--1---------------------------------------------1---------------111------------------------1-----------------------------------------------------------------------------11---1---------121111111--------1111-2--211111-11---11-----------1-----------------------111-2123-11-------1----1-11-11-----1---------------------------------------------------------------------------------------------1---------11-31111111-1111-1111111111111----------1----1------------121122222212222-----------------3--------------1---------------------------1--11-------- ---------------11211---1-1222-111-----------------3432343-----------------------------------1---------------72pmqxuaVFGGFILFVSDULq*N-SIZBEGCVDGOG5GHB8MC5WFMKLNc**JnbLHPEMhJELJ---17---------2--1------ -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
STR:NPRED 436
STR:RPRED 59.9
SQ:SECSTR ################################################################################cccccccHHHHHHHHHHHHccHHHHTHHHHHHHHTTTHHHHccTTcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccTTccEEEEEEEEEEEEEETTHHHHHH################TEEEEEEEEEEEETTTccEEEEEEEEEEEcTTcccccEEEEEE#############EcccccccHHHHHHHHHHHHTcccccEEEEEccTTccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccTTcc###########EEEEEEEEEEETEEHHHHHHHHHHcccTTcTTcHHHHHHHHHHHHHHHTTTccHHHHHHTTccTTcccHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHcccHHHHTHHHHHHTTcTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTccccHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcTTH###HHHHHHHTTTHHHHHHHHHHHHHHHTTccHHHHHHHH#########################################################################################################################################################################
DISOP:02AL 1-87, 669-687, 691-714, 722-728|
PSIPRED cccccHHHHHHHHccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccccccccccHHHHHccccccccccccccccccccccEEEccccccccccccccccHHHHHHccEEcccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHcccHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHEEEEcccHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHccccccccHHHHcccccccHHHcccccccccHHHHEEEcccccEEcc
//