[GTOP] [HELP] [ORGANISMS] [SEARCH] [SUMMARY]
Agrobacterium tumefaciens str. C58 (atum0)
Chromosome : circular
Gene : AAK87140.2
DDBJ      :             conserved hypothetical protein
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  0/68 : Bacteria  102/915 : Eukaryota  30/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
a.138.1c.81.1d.58.34d.92.1h.5.1
:2115 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   1152->1266 1ya9A PDBj 7e-04 29.5 %
:RPS:PDB   243->446 2a01A PDBj 2e-04 13.7 %
:RPS:PDB   472->677 2a01A PDBj 2e-04 11.7 %
:RPS:PDB   1130->1597 3c2pA PDBj 3e-06 8.2 %
:RPS:PDB   1657->1867 1av1A PDBj 2e-06 10.4 %
:RPS:SCOP  192->263 1qd1A2  d.58.34.1 * 4e-09 20.8 %
:RPS:SCOP  1164->1241 1ti2A2  c.81.1.1 * 6e-04 13.2 %
:RPS:SCOP  1362->1464 1oahA  a.138.1.3 * 1e-06 11.1 %
:RPS:SCOP  1526->1740 3cmnA1  d.92.1.16 * 4e-04 10.7 %
:HMM:SCOP  623->827 1av1D_ h.5.1.1 * 0.00013 13.4 %
:HMM:SCOP  971->1153 1av1D_ h.5.1.1 * 4.6e-06 17.5 %
:HMM:SCOP  1172->1372 1av1D_ h.5.1.1 * 1.2e-06 17.4 %
:HMM:SCOP  1709->1870 1av1D_ h.5.1.1 * 4.4e-05 20.4 %
:RPS:PFM   1803->1870 PF01442 * Apolipoprotein 3e-08 57.4 %
:HMM:PFM   236->409 PF01442 * Apolipoprotein 1.1e-06 22.4 156/202  
:HMM:PFM   378->550 PF01442 * Apolipoprotein 9.9e-07 22.1 136/202  
:HMM:PFM   626->798 PF01442 * Apolipoprotein 4e-09 12.7 173/202  
:HMM:PFM   945->1129 PF01442 * Apolipoprotein 4.3e-08 17.3 185/202  
:HMM:PFM   1164->1337 PF01442 * Apolipoprotein 5.1e-07 17.7 141/202  
:HMM:PFM   1691->2077 PF01442 * Apolipoprotein 3.1e-10 18.8 170/202  
:HMM:PFM   1128->1197 PF04513 * Baculo_PEP_C 5.4e-06 24.3 70/140  
:HMM:PFM   1323->1401 PF04513 * Baculo_PEP_C 0.0009 12.7 79/140  
:BLT:SWISS 165->363 CH603_NITWN 6e-05 27.3 %
:BLT:SWISS 418->1784 EBH_STAAT 5e-13 21.7 %
:TM
:COIL
:REPEAT 9|582->625|626->669|670->691|692->735|736->757|758->779|780->823|846->889|912->955
:REPEAT 4|256->420|424->581|1113->1275|1277->1451
:REPEAT 3|1457->1496|1497->1536|1537->1576
:REPEAT 2|824->845|890->911
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID AAK87140.2 GT:GENE AAK87140.2 GT:PRODUCT conserved hypothetical protein GT:DATABASE GIB00072CH01 GT:ORG atum0 GB:ACCESSION GIB00072CH01 GB:CHROMOSOME circular GB:LOCATION complement(1337985..1344332) GB:FROM 1337985 GB:TO 1344332 GB:DIRECTION - GB:PRODUCT conserved hypothetical protein GB:PROTEIN_ID AAK87140.2 GB:DB_XREF GI:159140011 LENGTH 2115 SQ:AASEQ MANNKISDSVDETAFQALEDALQLGAFEEKPETRKTAKPKQPEARVKEASRQTPAPEATRAPVEQTPRSPNLEAANDGSKRSPAMILKSLEGGSIGGALRNATIMSVIWALGGLGIAHLLYGNALWSIGSLADLTAIPGLMAIVVGILVPVMLFFAFAIMMARARDLRNAARSMAEVALRLAEPETVASDRIMSVGQAVRREVSAMNDGIERTIARATELETLVHSEVNALERSYADNELRVRSLVQELTAERDAIVNHAERIRSSIVGAQEQIKEELSIVGEELSMRIATTGEAFASMIDTRSAALLEKSRASTEAMGSLIAAKTENLLQALNSSGSTISNEFDMRLHNLTSTLDERGEVLLERFAIHASTLDSGVESLNSALEERTRQLNETLSARSLELNRNIERGQQVIGGSLDTVLDKLSTTLEEKGLSFRQSLQSTADDAIMDLDLRSGLYEERMQATVGQVNSAFDEHVAQFASAFDQRAGSLDSKLMESLARINETVAGGSEALDTILTSGLERIGSTMTDQSLALATALGTGQEMLENALESRTQAFSDAIGQRTAEITDAFTNSHAKIDTVLAERSNALFGALSASQDRFDEALASRSLAITGSVSGTAEHLAAMLDERAAAINSVVADVERRLTETLETRAAAITGAVSGIEDRISDTLESRTAALHDVVSGAESRIADTLDGRTAALSSAISGVEERIADTMDSRTLSLDMTFANVEERLSETLDNRTSALTGIVASAEEKIAGALDSRTATFGDVVAGAETRIAETLDGRTAALNAVVSGAEERIADALDSRTMALDMTFSGAEEKIAEALDTRTAALGELVASAETRIAGALDSRTDSLKTVVSGAEERITDVLDSRTMALDMSFSGVEEKITDILDGRTAALKSAVAGVEDRIAGALDSRTAALSGIVSGAEERIAEALDSRTLALDMTISGVEERIAEAMDARASSLSLAAAGVGQRLEATAFTLENALASGHERLETMLGSQAERIAGSLERNSGLIEQSVSGAANRIENVVEDGSSRFAQTVEEGVSRLENNLSQSHEEIRTALDQRQADLAATLSSATTQMGDMLSEQAMMIGTTVASSASMLELSLETQQDTLQKAIDGSAATLEARLRNSAGDIAVKIGEAAREIGGATDALSTRIETSIGNVTTRLDETGARIETSLDALQTRVGGDLANVNNSIEDAGRRFADALEDKTAVFARTSDEAAERITGILDEQTTRVADTFENRTSRLAETFDAGTARIDERLGTMDRALTIGLENVNRTIEGKASDLAVSLRGAVVSATQNIGDEAARSSALLAKSGSEFAEQVQAQNEAFTKAIEERSGEIVTRISDAQTRLSGQAAAVAQTFSEAGNIIVNKVAEAEAVVRSQVGVISETLTSVESALDARGESIRSALDNRTRELNSMLASRSAELSRLIEEKAKPVVEEYATIGREAAEKIVSAAQQSAELLSQSNSGMVGMVEQAISDYAAAGTDAASKLVAATRQSTDMLSETHTAMADAVEQGIDKYARSGSDAANKLVAATRQSTDMLSQTHNSMAEIVEQSATNFNAAVERAAQGFGAADEALNASATRFSESASQAADMVSSSSRLLEGKIDRLSNISGQTLAQVAGIVGRFEEHSKVLSQASELLNAAQSSLVGTLEERQDALRSLSVGLVKRSEEIETAMRNVVGVVENTLNEAEERSQNVAGNLRDNLQASFSDIGRSLDETEQRARSAAQTMRGALLSAGQDASRSIESTLSDAQKYSDELVNRLRGGVESSLSEVDNLLGSASEKSNAAAANLKETLRQAVEEAVSRFAGATDEIRRSSHDIRRELDATRAELKRGAFDLPEEAKESAAAMRRAVSEQIKALQDISQLVGRSTHQMEVSEPVARAIAATQPAAERRVEPRPQPAAAAPVQQRPAQPQPAPALRGTLPLENRQVENRQAPAPAQPVATNPAGRREEGGGWISDLLRGASQETPAASTPRASTEQQPTRAADTRNPRHMVESLNSLSVDIARAIDHDASVELWRRYQRGERDVFTRRLYTLKGQTTFDEIKRKYEREAEFRTAVDRYITDFEKLLADVARTDRDRSVTQSYLTSDTGKVYTMLAHAAGRFN GT:EXON 1|1-2115:0| BL:SWS:NREP 2 BL:SWS:REP 165->363|CH603_NITWN|6e-05|27.3|187/548| BL:SWS:REP 418->1784|EBH_STAAT|5e-13|21.7|1283/10421| COIL:NAA 38 COIL:NSEG 3 COIL:REGION 1053->1064| COIL:REGION 1774->1780| COIL:REGION 1783->1801| TM:NTM 2 TM:REGION 101->123| TM:REGION 135->157| NREPEAT 4 REPEAT 9|582->625|626->669|670->691|692->735|736->757|758->779|780->823|846->889|912->955| REPEAT 4|256->420|424->581|1113->1275|1277->1451| REPEAT 3|1457->1496|1497->1536|1537->1576| REPEAT 2|824->845|890->911| SEG 152->162|mlffafaimma| SEG 958->968|arasslslaaa| SEG 1069->1078|laatlssatt| SEG 1096->1107|assasmlelsle| SEG 1788->1801|aseksnaaaanlke| SEG 1896->1927|qpaaerrveprpqpaaaapvqqrpaqpqpapa| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 1152->1266|1ya9A|7e-04|29.5|105/168| RP:PDB:NREP 4 RP:PDB:REP 243->446|2a01A|2e-04|13.7|197/243| RP:PDB:REP 472->677|2a01A|2e-04|11.7|199/243| RP:PDB:REP 1130->1597|3c2pA|3e-06|8.2|464/1093| RP:PDB:REP 1657->1867|1av1A|2e-06|10.4|193/201| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 1803->1870|PF01442|3e-08|57.4|68/191|Apolipoprotein| HM:PFM:NREP 8 HM:PFM:REP 236->409|PF01442|1.1e-06|22.4|156/202|Apolipoprotein| HM:PFM:REP 378->550|PF01442|9.9e-07|22.1|136/202|Apolipoprotein| HM:PFM:REP 626->798|PF01442|4e-09|12.7|173/202|Apolipoprotein| HM:PFM:REP 945->1129|PF01442|4.3e-08|17.3|185/202|Apolipoprotein| HM:PFM:REP 1164->1337|PF01442|5.1e-07|17.7|141/202|Apolipoprotein| HM:PFM:REP 1691->2077|PF01442|3.1e-10|18.8|170/202|Apolipoprotein| HM:PFM:REP 1128->1197|PF04513|5.4e-06|24.3|70/140|Baculo_PEP_C| HM:PFM:REP 1323->1401|PF04513|0.0009|12.7|79/140|Baculo_PEP_C| GO:PFM:NREP 4 GO:PFM GO:0005576|"GO:extracellular region"|PF01442|IPR000074| GO:PFM GO:0006869|"GO:lipid transport"|PF01442|IPR000074| GO:PFM GO:0008289|"GO:lipid binding"|PF01442|IPR000074| GO:PFM GO:0042157|"GO:lipoprotein metabolic process"|PF01442|IPR000074| RP:SCP:NREP 4 RP:SCP:REP 192->263|1qd1A2|4e-09|20.8|72/140|d.58.34.1| RP:SCP:REP 1164->1241|1ti2A2|6e-04|13.2|76/728|c.81.1.1| RP:SCP:REP 1362->1464|1oahA|1e-06|11.1|99/475|a.138.1.3| RP:SCP:REP 1526->1740|3cmnA1|4e-04|10.7|215/294|d.92.1.16| HM:SCP:REP 623->827|1av1D_|0.00013|13.4|201/0|h.5.1.1|3/7|Apolipoprotein A-I| HM:SCP:REP 971->1153|1av1D_|4.6e-06|17.5|183/0|h.5.1.1|4/7|Apolipoprotein A-I| HM:SCP:REP 1172->1372|1av1D_|1.2e-06|17.4|201/0|h.5.1.1|5/7|Apolipoprotein A-I| HM:SCP:REP 1709->1870|1av1D_|4.4e-05|20.4|162/0|h.5.1.1|7/7|Apolipoprotein A-I| OP:NHOMO 144 OP:NHOMOORG 132 OP:PATTERN -------------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------------------1-1------------1------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11111111111111111111111111111-111111111111111111111111111-1-----------------------1-1------------------------------111111-1--211111-111111--1111-11------------------1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------1-----------------1--1111-111-11-1---------------------------------------- --------3-1---2----------------------111111----------------------------------------------------------1-------1-1---------1-13--2------------311--1--1-1---1---2-----2-1-------------11---------1-----1- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 1000 STR:RPRED 47.3 SQ:SECSTR ###############################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTcccccccccTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHc##############################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################TTcHHHHHHHHHHHHHHHHHcTTEEEEcTTccEEEcTHHHHHHHHHHHTTccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcTTccHHHHHHTTTcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEETTEEEEEEccccccccccTccccHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTcTTccTTccccHHHHHHHHHTTGGGcccEEccccEEcTTEEEEcTTTccEEEccTTccccEEccEEEETTcccTTTHHHHHHHHHTHHHHHHHHcTTcccccEEcccEEEEETTcHHHHHHHHHHHHHHHTTccHHHHHHHHHHHHHHHccGGGccHHHHHHHHHHHccGGGTTTcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccEEEccEEccccEEcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHccTTHHHHHHTTccccHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTccEEEc############################################################################################################################################################################################################################## DISOP:02AL 1-8,30-69,277-291,293-293,354-355,358-358,360-360,391-406,409-409,434-434,436-442,503-506,508-509,531-531,641-642,683-684,791-791,930-934,936-939,963-964,966-972,1027-1034,1037-1038,1042-1066,1147-1147,1149-1149,1204-1215,1218-1249,1299-1304,1379-1429,1433-1453,1475-1475,1495-1519,1521-1555,1590-1618,1640-1659,1672-1683,1697-1776,1817-1860,1864-1865,1868-1872,1888-1963,1976-2003,2084-2086,2114-2116| PSIPRED ccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHccHHHcccccccccHHHHHHHcccccccccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHccHHHHccccHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHcccccHHHHHHHHHHHcccHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHcccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHcccccccHHHHHHHHcccccHHccccccccHHHccccccccccccccccHHHHHHcHHHHcccccHHHHHHHHHcccccccHHHHHccccHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccc //