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Agrobacterium tumefaciens str. C58 (atum0)
Chromosome : circular
Gene : uvrD.1
DDBJ      :uvrD         ATP-dependant DNA helicase
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  8/68 : Bacteria  507/915 : Eukaryota  4/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
c.37.1c.52.1
:1185 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   38->84,362->832 3pjrA PDBj 1e-23 31.8 %
:RPS:PDB   26->88,376->469 3e1sA PDBj 3e-11 12.3 %
:RPS:PDB   495->770 3bm3B PDBj 5e-11 9.5 %
:RPS:PDB   791->911 3dmnA PDBj 3e-07 20.3 %
:RPS:SCOP  24->160,380->520 1w36B1  c.37.1.19 * 4e-11 22.1 %
:RPS:SCOP  601->961 1w36C2  c.37.1.19 * 7e-29 14.7 %
:RPS:SCOP  1081->1175 1w36B3  c.52.1.24 * 6e-10 12.8 %
:HMM:SCOP  11->927 1qhh.1 c.37.1.19 * 6.4e-102 30.0 %
:HMM:SCOP  1014->1146 1w36B3 c.52.1.24 * 6.7e-07 23.1 %
:RPS:PFM   38->90,321->693 PF00580 * UvrD-helicase 3e-26 36.3 %
:HMM:PFM   27->727 PF00580 * UvrD-helicase 2.2e-78 30.0 467/533  
:BLT:SWISS 19->910 ADDA_OCEIH 3e-36 28.6 %
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID AAK85848.2 GT:GENE uvrD.1 GT:PRODUCT ATP-dependant DNA helicase GT:DATABASE GIB00072CH01 GT:ORG atum0 GB:ACCESSION GIB00072CH01 GB:CHROMOSOME circular GB:LOCATION complement(20039..23596) GB:FROM 20039 GB:TO 23596 GB:DIRECTION - GB:GENE uvrD GB:PRODUCT ATP-dependant DNA helicase GB:PROTEIN_ID AAK85848.2 GB:DB_XREF GI:159139465 GB:GENE:GENE uvrD LENGTH 1185 SQ:AASEQ 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GT:EXON 1|1-1185:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 19->910|ADDA_OCEIH|3e-36|28.6|819/1243| SEG 162->181|lddraattllaearrsllta| SEG 244->255|aageteetaaea| SEG 573->587|apativarriaaria| SEG 963->996|lppgllaplpalpslprplspsgagtiiddgadd| SEG 1032->1049|aesereeaarryaeraar| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 38->84,362->832|3pjrA|1e-23|31.8|450/646| RP:PDB:NREP 3 RP:PDB:REP 26->88,376->469|3e1sA|3e-11|12.3|144/517| RP:PDB:REP 495->770|3bm3B|5e-11|9.5|243/256| RP:PDB:REP 791->911|3dmnA|3e-07|20.3|79/159| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 38->90,321->693|PF00580|3e-26|36.3|353/449|UvrD-helicase| HM:PFM:NREP 1 HM:PFM:REP 27->727|PF00580|2.2e-78|30.0|467/533|UvrD-helicase| GO:PFM:NREP 4 GO:PFM GO:0003677|"GO:DNA binding"|PF00580|IPR000212| GO:PFM GO:0004003|"GO:ATP-dependent DNA helicase activity"|PF00580|IPR000212| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00580|IPR000212| GO:PFM GO:0006281|"GO:DNA repair"|PF00580|IPR000212| RP:SCP:NREP 3 RP:SCP:REP 24->160,380->520|1w36B1|4e-11|22.1|258/469|c.37.1.19| RP:SCP:REP 601->961|1w36C2|7e-29|14.7|341/470|c.37.1.19| RP:SCP:REP 1081->1175|1w36B3|6e-10|12.8|94/276|c.52.1.24| HM:SCP:REP 11->927|1qhh.1|6.4e-102|30.0|621/0|c.37.1.19|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| HM:SCP:REP 1014->1146|1w36B3|6.7e-07|23.1|130/0|c.52.1.24|1/1|Restriction endonuclease-like| OP:NHOMO 631 OP:NHOMOORG 519 OP:PATTERN --------------------------1-------------11--1111--1----------------- 1111-1-11111--1---------11-----1-111-211----211-111------------111----2----211--1----1---------------1--11-111-------------------------1-----------1-1-----1-------1-1----1------------1-----1-2--222222222222222212221221232121122222221111111111111111111111111111-221111111111111111---1---1--111111111111111111111111111---1111-2212-------2-2131111111111--121-11-1---11-1111--1111111111111112112112121111111111111-21114121121-11111211111113121111111111111111111111111111111111111111111111111111111111211121111111111-----11--------11-112112111122222332421121-11-2-------1----11-1--11-142-------11-11-----1-1111111111111-111111111111122--1-222-1------------------------1221---------1---------------------------------111--11-1-11111111111111-------------------------31111122321-1-211111--1111-1-11111111---1111111-12111111111---------1111-111111------------------121---------------1---------------------------12-1------111 --------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------------------------------------2-------------------18------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 642 STR:RPRED 54.2 SQ:SECSTR #############cTTc#HcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTccccEEHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHTccEEEcccc#############################################################################################################################################################################################################################ccccccccccTTccHHHHHcccccccTHH####HHHTT###cccccHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHTccEEEHHHHTTEETTETcHEcccccccccccEEEEccGGGccHHHHHHHHTTcTTTcc####TcTTcEEEEEEcTTccccccccccccTTTHHHHcTTcEEEEccETcEcccccTTccGGGGcccHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHTTTTcccTTcccccHccE#EHHHHHHHHHHHHHHccEEccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTcccEEcccccccTTccccccccEEEHHHcccHHHHHHcGGGcEEEEEccccTTTHHHHHHHHHHHHHHcTTcTTcEEEEcccTTccHHHHHcHHHHHHHHHHHHTcccTTcccHHHHHHHEEEGGGHHHHHHHHHHHccTTcEEEEcTTccEEEEccccEEEEccccccccGGGccccccccccccccEETccTTTcccT##############EE###ccccTTTTHEcHHHHHc#####HHHHHHHHTTccEEEEEEEEEEEcTTTcTTTccGGGcE################################################################################################################################################################################################################################################################################## DISOP:02AL 1-2,8-20,793-796,1006-1007,1184-1186| PSIPRED cccccccccccccccHHHHcccHHHHHHHHcccccEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHccccHHHEEEEEEcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHcccccEEEEHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHccccEEEEccHHHccHHHHHHHHHHHccccccccccccccEEEEEEcccccEEEEccccHHHHHHHHHHccHHHHcccccccEEEEccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccccccccccHHHHccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHccccHHHEEEEEccHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEccccHHccHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHccHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHccccccEEEEEcHHHccccccEEEEEccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEccHHHcccHHHHHHHHHHHccccccccccccccccccHHHHccccccccccccccccccHHHHHHHHHccccccccccccccccccHHHHHHHHcccccHHHHccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHHccHHcccccccccccccEEEcccccccccEEEEEEEEEEEEEccEEEEEEEcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEEEEEccccEEEEccHHHHHHHHHHHHcc 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