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Coccidioides immitis RMSCC 2394 (cimm2)
Gene : CIRG_00397
DDBJ      :             
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  0/68 : Bacteria  0/915 : Eukaryota  82/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
a.1.1d.110.2d.58.7
:1403 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   604->993 2j7nB PDBj 3e-18 29.1 %
:BLT:PDB   1208->1320 2o5vA PDBj 8e-04 30.6 %
:RPS:SCOP  526->576 1hbgA  a.1.1.2 * 6e-04 14.0 %
:RPS:SCOP  551->610 1td5A  d.110.2.2 * 4e-04 19.0 %
:HMM:SCOP  12->87 1jmtA_ d.58.7.3 * 6.9e-05 19.7 %
:RPS:PFM   162->213 PF09593 * Pathogen_betaC1 7e-04 33.3 %
:RPS:PFM   603->993 PF05183 * RdRP 3e-96 51.0 %
:HMM:PFM   596->993 PF05183 * RdRP 4.3e-143 49.2 376/388  
:HMM:PFM   43->86 PF00076 * RRM_1 1.3e-05 27.3 44/70  
:BLT:SWISS 31->1159 RDR1_SCHPO e-151 35.7 %
:BLT:SWISS 1292->1401 RRF_THEEB 8e-04 34.4 %

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Abbreviations Back to title page
GT:ID CIRT_00397 GT:GENE CIRG_00397 GT:PRODUCT GT:DATABASE Broad_Institute GT:ORG cimm2 LENGTH 1403 SQ:AASEQ MAYFRPRIPSQRQPIAMPSMEDRQRASRLFASWASWESLTVNISGLPKDISTFTIWRSFKVYGSIEWVEIFEDTKGRQDGRGKIRFRPPPREVFCPDRSHILELDDGQRCLLQVHISPRKPSNQIPSPINLGVMYPMTTEISVGKLDFGTLIDKDMMLSLRTVDSSRMGQIRFIVDLNRREIVVFFNLSFFDPRLSSRSPLIYSYRFRIPFVHLSRVLRTKELGDSSLVIVLDTPPIYHRRLNDVTVTFSDTENTWKESDCWFRQTDIPYSQNEAAQAPLSLRKAQSLINIGRWTTFRLTFRNLDDSSIQKLEVLQNIYTDFNVEVQDAPAFGVSADSAAIPAWRWIDPPIRGSKRTPSLQELVEEDYTPLPFSVRYQLEVCLSHGLLNEYTIGKEFVAALVALGETKARELLEHVASEKHVYYDPKKIFDILFVKPATSRRIPKYCCYMRTARVTPSTVYFGTPSVDITNRVIRHYIEYADRFLRVRFTDEKFEGRIQPSHNNTMDEVFTRVKRTMMNGITLGDRHYEFLAFGNSQFREHGAYFFASLPHLTAANIRAWMGHFSDIKEIARHAARLGQCFSTTRAVTGCPVQIREIEDIQRNGYTFSDGVGRISRFLAQMVMTEFKIKTPCGEPPSVFQFRLGGCKGILTVSPEAQRQQVHIRKSQYKFPAIHNGLEVIRHSHFCMASLNRQLIVVLSSLEVPDEVFLEKLRMMLGNLELAMTSETQAIHLLHKYIDPNQMTLVLAEMIQDGFQSSKEPFVTSLLELWRAWQIKYLKEKAKIIIEEGACLFGCLDETGTLKGLFHDNIPSKDASYEERLACLPEIFVQISRANNDGKYEIIEGPCIIARNPSLHPGDIRVVKAVNAPALHHLRDVIVFPQTGDRDIPSMCSGGDLDGDDYLVIWDQDLLPKDWFKQPMNYAPSVKALRLSRDVTVNDITSFFVTYMKNDRLAQIAHSHLAWADYLEKGVNDSKCIRLAELHSAAVDYNKTGIPAKMTKDLAPRKWPHFMEKKHKPKDAQYISQKILGKLYDIVERVNYRPKLEAPFDDRILNSGIEVNDDLLAVAAELKVLYDADMCRIMAQHEIKTEFEVWSTFVLSHSNMSKDYKFHEEIGQISCALRERFRNLCCEKAGGKNFEHLAPLAVAMYKVTCNEMTQALAKIKARYGEDDDQSPWSEHEEKLPLISFPWLLQPVLGKIVNKHYDPACLEEVGLWSGQASFKKRKDGIDGNSSGTRDVETAGGVQHAGEVLELFQGPNYDPRTGLDATFDRPGASPGETDDLAKVPLGNRSPTIEGSSQLINLGEELSTSGSLVPTSLDSMMNLMSVIDQPTDPNIKRTSELIPTRAQLMENGQVLADNDLIDHPSTLLQKEPLPENDEVEDIIEQEGEIKPSAIDELEALLGM BL:SWS:NREP 2 BL:SWS:REP 31->1159|RDR1_SCHPO|e-151|35.7|1065/1215| BL:SWS:REP 1292->1401|RRF_THEEB|8e-04|34.4|96/100| BL:PDB:NREP 2 BL:PDB:REP 604->993|2j7nB|3e-18|29.1|361/931| BL:PDB:REP 1208->1320|2o5vA|8e-04|30.6|108/358| RP:PFM:NREP 2 RP:PFM:REP 162->213|PF09593|7e-04|33.3|48/117|Pathogen_betaC1| RP:PFM:REP 603->993|PF05183|3e-96|51.0|367/374|RdRP| HM:PFM:NREP 2 HM:PFM:REP 596->993|PF05183|4.3e-143|49.2|376/388|RdRP| HM:PFM:REP 43->86|PF00076|1.3e-05|27.3|44/70|RRM_1| RP:SCP:NREP 2 RP:SCP:REP 526->576|1hbgA|6e-04|14.0|50/147|a.1.1.2| RP:SCP:REP 551->610|1td5A|4e-04|19.0|58/179|d.110.2.2| HM:SCP:REP 12->87|1jmtA_|6.9e-05|19.7|76/0|d.58.7.3|1/1|RNA-binding domain, RBD| OP:NHOMO 264 OP:NHOMOORG 82 OP:PATTERN -------------------------------------------------------------------- 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DISOP:02AL 1403-1404| PSIPRED ccccccccccccccccccccHHccccccccHHHccccccEEEEEcccccccHHHHHHHHccccEEEEEEEEcccccccccEEEEEEcccccccccccHHHccccccccEEEEEEEccccccccccccccccccccccEEEEEcEEEEEEEEEccccEEEEcccccccccEEEEEEccccEEEEEEEccccccccccccccEEEEEEEEEEccccEEEEEEcccccEEEEEEcccccEEEEEcccccEEcccccccccccccEEEEEEcccccccHHHcccccccccccccccEEEEEEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHHcccEEEccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHcccccHHHccHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHccHHccccccccccccccEEEEEEEEccccEEEEccccccccEEEEEcccccccEEEEEEEccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHcccEEccEEEEEEEEcccccEEEEEEEEEEcccccHHHHHHHcccHHHcccHHHHHHHHHHHHccccccEEccEEEEEccccccccEEEEccHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccEEEEEEEcccEEEEEcccccccEEEEEcHHEEEEccccEEEEEEEcccccEEccccHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccEEEccccEEEEEEcccccccccEEEEEccccccccccccccccEEEEEEccccccccccEEEEEEEEcccccccccEEEEEEEcccccccccEEEEccccccccHHHHcccccccccEEEEEEcHHHccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccHHHcccccccccccccccccccEEcccHHHHHHHHHHccccccccccccccccccccEEccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHcccccccHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHccEEEcccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccHHHHHHHHcccccccccccEEEcccEEEEEEEEEEEcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccEEHHHHHcccccccccccccccccHHHHHHHHHHccccccccccccHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccHHHccccccccHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHcc 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