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Coccidioides immitis RMSCC 2394 (cimm2)
Gene : CIRG_00414
DDBJ      :             
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  0/68 : Bacteria  0/915 : Eukaryota  91/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
:1554 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:RPS:PDB   813->978 3bg2A PDBj 2e-04 12.0 %
:RPS:PFM   59->175 PF05518 * Totivirus_coat 7e-04 29.0 %
:RPS:PFM   277->339 PF09497 * Med12 6e-25 71.4 %
:HMM:PFM   276->339 PF09497 * Med12 2e-29 62.5 64/64  
:HMM:PFM   617->674 PF12145 * Med12-LCEWAV 0.0009 30.4 56/473  
:BLT:SWISS 27->1554 SRB8_COCIM 0.0 95.1 %
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
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GT:ID CIRT_00414 GT:GENE CIRG_00414 GT:PRODUCT GT:DATABASE Broad_Institute GT:ORG cimm2 LENGTH 1554 SQ:AASEQ MASLNTPECPVMSSRPSMSCGNSSSSGLAIQGHSQRPSQTDPSAVEQAAQDSVIDLTNSDYETCDANRATKRQKLDLRIDVPNTQRAPKARFSQAVSSPFALQDTVPPIRTGRPFWDFGEEVSGFGFQGSLESEIPNDEPEQPDSLPPLPVRPWRYRPQGHSSREETPRVNQNAGAEVQTTPFCIEVPEAAPIFDSGKPLDFYPWKGDHPEDSLTDQTAKQGYYDRVQVSQNESNTARPSLYVQLKHRSGLKLLSSVFTAAIDKRQSHCRVTGFSTFKPPPRVTLTDIKRETWLRDLANPSVPLRRLSRTIPHGIRGRILLDQCVNKAIPIGRAVWLVKCVGANEIRAFKRKGTSAAITHSLEVKWVRDWSINVHQFIESVVTACGTPNWASTMSYVIRFAARLFQEQLLDQALCLDWFLQSLRTAPIGTLPIWLSMLGAYWTSLVRYRKRGRPLAESLLEKLKTILSLEDSGPKKQIADRLSWLIKTFAESHPACFVLPLTWRTYKSALTTCFCLHLSEDNRKIGALSNRNERIVKAEICRQSGRQSPSQQVICLLDSADSLNDMEILSSGCLNLHFDHGSLIMKILEWVSTSFRRGSARVYVAVRLLRKWRRAGMDTDNCIVNFLQQKADTPGFSPANIYHLVCELVRSQSFAVGKYLQWLMARGAVRNDAPMHPTVQLLAHLPRRKLPSHVWNLRNTLLTKAGFLLSSENQQILNTKRYIHHRLPEVITKPIAGDNEGLFTPSDLSNLNWTIKSEIGHWIREHVSLHRKRYLRTAPNHHNACAIEISALTPAQFFEIRDIIECLGDLSLLADILKHTSSSDNIIVLISAVDTLNYCADSFKAIGALSDLFKSALAGYAHVNKADVSIIELISSLLEVGMKLPGEIPVVAMLRRDLSHFDKKFTGAVSSPVSDHTGESVNIASPAFSEGLHQLLNSGSGMDEPNMNKIFDMLSRKLKQSKEPNASSHEIARHLSQLRVLNSDVFDRLMVKWIISTLKSSPRPHLLTFLPPLIGVGCVTFEAFFALIDRLLKSDSHRQSIQDVSGLRYEMINLLRKEIFYELGSIDLVSYRFKTTREEYITHHAYDALGLVNEALANVNPESTSHPPLVPLLCELIIQNLNAFGPEGAGRIVEEFPNCVDIIHQALDVLLGLKAQVGVQKTQSVVGLIDDLSLSYCLVKLRLLLDANPDGDAARSSIVDLLFRTAESDIRNGERRWLEVLNVLPVSAAHLIRQRAEREILSLSLISSSLTTFASEEDALIYLCIVEELSYSIPDEFSPSSMGADLGDKMFLLLQKTVELANAKKGTDLESGASSTALGVAELSIGVWFFVLLRLVALHRSLVPPNCDSRTEINHQTRLLVQICCISRSPLFARRSTQSFISSISTFTKCDSLLRMLPSSWANLQLQALDVCSTLVDTLSDEARYECARFLRDKCPAFLHPQNDARLLFLFGPIIESQSITTHGSSRASTSTPVTNLTQHVQSTPPPSQNTLTPGMVEEPNLFTNKLRFQQNGRITGPYPPKPWEMLGDAAPIIGINDTPVNLAYFGTRQSKRL BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 27->1554|SRB8_COCIM|0.0|95.1|1448/1491| SEG 13->26|ssrpsmscgnssss| SEG 1240->1250|ilslslisssl| SEG 1376->1388|stqsfissistft| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 813->978|3bg2A|2e-04|12.0|158/397| RP:PFM:NREP 2 RP:PFM:REP 59->175|PF05518|7e-04|29.0|107/730|Totivirus_coat| RP:PFM:REP 277->339|PF09497|6e-25|71.4|63/64|Med12| HM:PFM:NREP 2 HM:PFM:REP 276->339|PF09497|2e-29|62.5|64/64|Med12| HM:PFM:REP 617->674|PF12145|0.0009|30.4|56/473|Med12-LCEWAV| GO:PFM:NREP 3 GO:PFM GO:0006357|"GO:regulation of transcription from RNA polymerase II promoter"|PF09497|IPR019035| GO:PFM GO:0016455|"GO:RNA polymerase II transcription mediator activity"|PF09497|IPR019035| GO:PFM GO:0016592|"GO:mediator complex"|PF09497|IPR019035| OP:NHOMO 95 OP:NHOMOORG 91 OP:PATTERN -------------------------------------------------------------------- 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------------11-111111111111111111111111111111112111111111111111-1111111111111-1111111111--2111111-11111111-------------------------------------------------------------------------------2---1-1------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 158 STR:RPRED 10.2 SQ:SECSTR 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DISOP:02AL 8-18| PSIPRED ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccEEEccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHccccccccHHHHHHHccccccHHHHHHHcHHHHHHHHHHcccccccccccccHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHcccEEHHHHHHHHHHcccEEccccccccEEEEEEcccccccHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccccHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHcccccccccHHccccccHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHccccccccEEEEEEEEcccccccHHHHHHHHHHccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHccEEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccHHHHcccccHHHccHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccEEEEEcccccccHHHcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHccccccccccccccHHHHHHHHHHHccc 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