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Clostridium perfringens str. 13 (cper0)
Gene : CPE1625
DDBJ      :CPE1625      SWI/SNF family helicase
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  13/68 : Bacteria  429/915 : Eukaryota  197/199 : Viruses  7/175   --->[See Alignment]
c.37.1
:1084 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   613->1040 1z6aA PDBj 2e-79 42.1 %
:RPS:PDB   110->464 1ddqC PDBj 2e-05 7.2 %
:RPS:PDB   620->1038 1c4oA PDBj 8e-46 14.8 %
:RPS:SCOP  608->836 1z63A1  c.37.1.19 * 5e-50 43.0 %
:RPS:SCOP  828->1040 1z3iX1  c.37.1.19 * 7e-29 34.1 %
:HMM:SCOP  577->826 1z3iX2 c.37.1.19 * 9.9e-79 40.8 %
:HMM:SCOP  828->1082 1z3iX1 c.37.1.19 * 1e-68 38.2 %
:RPS:PFM   272->583 PF08455 * SNF2_assoc 4e-27 31.2 %
:RPS:PFM   623->868 PF00176 * SNF2_N 3e-54 44.3 %
:RPS:PFM   944->1018 PF00271 * Helicase_C 3e-07 35.1 %
:HMM:PFM   242->613 PF08455 * SNF2_assoc 2.7e-104 33.2 370/377  
:HMM:PFM   623->896 PF00176 * SNF2_N 5.7e-70 40.2 271/297  
:HMM:PFM   943->1020 PF00271 * Helicase_C 3.8e-20 26.0 77/78  
:HMM:PFM   74->104 PF04434 * SWIM 7.6e-08 26.9 26/40  
:BLT:SWISS 185->446 AROB_FUSNN 2e-05 27.3 %
:BLT:SWISS 619->1079 Y018_MYCGE 2e-91 41.7 %
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID BAB81331.1 GT:GENE CPE1625 GT:PRODUCT SWI/SNF family helicase GT:DATABASE GIB00075CH01 GT:ORG cper0 GB:ACCESSION GIB00075CH01 GB:LOCATION complement(1896218..1899472) GB:FROM 1896218 GB:TO 1899472 GB:DIRECTION - GB:GENE CPE1625 GB:PRODUCT SWI/SNF family helicase GB:NOTE 1084 aa, similar to prf:2516401B SNF gene from Bacillus cereus (1064 aa); 34.4% identity in 868 aa overlap GB:PROTEIN_ID BAB81331.1 LENGTH 1084 SQ:AASEQ MLVEDLLLQRFKEETTGRNYAKGQRIINNDLVESVEIEDEEDLVAVNGIVISEQLFSKYSTKLEIDIRSRGILSTYCTCTDYEKHEFSKENYCCKHLVATFYKALGDLAKKKEFEEDKNLFSKKKENKILDLILQEETDKEELKIEVYINKNEWSNSILAEFKIGTKSMSSNKLYILKDIEQFLVAYYNRIPIKYSKVFTFDIREQKLSTKDRELIEFIESLKEIEKPIKSFLRNRDTFIEGKSIKIPNYLVRDFFRVIKNHRIYLNEGFFYRAVESEVLFEDVPIDFSLKDSKNNFELSSLNGMPKVLGDRADVFLYGTNIYIPKKDFCYKIKNYLDIFSEGKVIKIDKCEEERVFRKLIPSLRDLTENVVLSKNIMNKTVLEPVKFNFYFDKEGKEVTLTLKVKYGSYEFNIFDDCKEKIIYRDIKKEKEVIALIERFSLEEINKKFYFYLGDEYIFRFFKYDVCKLQEYGEVYYSENFKGIKSLGSKGIKGDIKPGRYNYFEFDFKIGDIPSEETREILRAFRENLKFFKLKSGEFLDLEELELKQFLKLLDSVDNGDLEKNCLEINNSRALYIANYIEEKGIRYIKGKKKLNELKSKFKNINKLSFEVPKDLKANLREYQKFGYNWLKTLEHLGLGGILGDEMGLGKTLQAITFILSNKGKKTLVVAPTSLIYNWKEEFNKFAPNLVVEVLNEGKDKREEALRDIESKDVIITTYNLLKRDLEEYKKINFDYCFIDEAQAIKNPDSQNSEAVKEVNSEYKFALTGTPMENSLMELWSIFDFVMPGYLYDRKRFTVRYYKKLNESEEVLSEIHSLIKPFILRRKKKDVIKELPDKIEKMHLVDLGEEQKKVYSIYANNALSIMEKKQDAEEFNKSKIEILSYITKLRQLALDPSVTINDYMGESAKIEALVEILNQGVEEGHKILVFSQFTSVLKNISSRLKEEKISFSYLDGSVSSKKRINMVNEFNEGENSVFLISLKAGGTGLNLTSADIVIHFDPWWNPAVENQATDRAHRMGQKNVVEVIKLIAKGTIEEKVVALQEEKKELISKIIEEGELGAGSTFNTLSEEELMDLFKVDYLG GT:EXON 1|1-1084:0| BL:SWS:NREP 2 BL:SWS:REP 185->446|AROB_FUSNN|2e-05|27.3|253/664| BL:SWS:REP 619->1079|Y018_MYCGE|2e-91|41.7|448/1031| SEG 482->497|kgikslgskgikgdik| SEG 538->555|efldleelelkqflklld| SEG 590->604|kgkkklnelkskfkn| SEG 1043->1060|lqeekkeliskiieegel| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 613->1040|1z6aA|2e-79|42.1|413/480| RP:PDB:NREP 2 RP:PDB:REP 110->464|1ddqC|2e-05|7.2|349/1112| RP:PDB:REP 620->1038|1c4oA|8e-46|14.8|413/504| RP:PFM:NREP 3 RP:PFM:REP 272->583|PF08455|4e-27|31.2|311/375|SNF2_assoc| RP:PFM:REP 623->868|PF00176|3e-54|44.3|246/265|SNF2_N| RP:PFM:REP 944->1018|PF00271|3e-07|35.1|74/76|Helicase_C| HM:PFM:NREP 4 HM:PFM:REP 242->613|PF08455|2.7e-104|33.2|370/377|SNF2_assoc| HM:PFM:REP 623->896|PF00176|5.7e-70|40.2|271/297|SNF2_N| HM:PFM:REP 943->1020|PF00271|3.8e-20|26.0|77/78|Helicase_C| HM:PFM:REP 74->104|PF04434|7.6e-08|26.9|26/40|SWIM| GO:PFM:NREP 5 GO:PFM GO:0003677|"GO:DNA binding"|PF00176|IPR000330| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00176|IPR000330| GO:PFM GO:0003676|"GO:nucleic acid binding"|PF00271|IPR001650| GO:PFM GO:0004386|"GO:helicase activity"|PF00271|IPR001650| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00271|IPR001650| RP:SCP:NREP 2 RP:SCP:REP 608->836|1z63A1|5e-50|43.0|223/230|c.37.1.19| RP:SCP:REP 828->1040|1z3iX1|7e-29|34.1|208/346|c.37.1.19| HM:SCP:REP 577->826|1z3iX2|9.9e-79|40.8|250/0|c.37.1.19|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| HM:SCP:REP 828->1082|1z3iX1|1e-68|38.2|246/0|c.37.1.19|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| OP:NHOMO 6269 OP:NHOMOORG 646 OP:PATTERN --1-----------2--------1122---2----------------2--1-1----1--------21 --1-1122222112---11-1-----11111---2-33231-11123--11112111-11112-2-2433-1---111-112---1111111---1----11---313-2222222222222223----2--12--1--12--13-4212112--1112211211122321-21----1--1-111-1---232333333533333343232222333423231-11112134---111--1111--1---1-2--1--1-2----2-----1---1111111121111111321111-2112232111222211111111112323322233232223111-122213--21-5211234-1--111-2-21214----------1---11-----1------------1-1-------2------11-1-------------------------------111-------------------------1-21----------1-------------11-1-----312131-----212---2-211--31---1-------111-211114-121211121112-411-3-11121761--------------------------2111--2-1-121-111111-211111--211--111---------1----1--------3-------1---1----------------------------------------------------------------2111--2--1-1--------1-----------1-3-12312111112212112----------1--111111-----11-2121---------11111111--------1-------------11---1-11-------11------122 ABCENMM-fFC6GFPNOSJMQONOPPQMMKMNMMMNMNNNKMNKKIQMPQNPTNLLMNLNMMJLJGGG4GGFIIGIG5JIGGFGGHLK-HaJOOKOJIJJJeGNMO6MxOncddoadRTQPUWT*zPyM**dA*c*SQUNXKVZXQTOSRjSP*QeUXVLclQOOQKTJMnUMQHBIOP*IIHJRdSRqNieKPIJLKX --------------------------------------1---------------11------------------------1-------------------------------1---------------------------------------------------------11--- STR:NPRED 818 STR:RPRED 75.5 SQ:SECSTR 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DISOP:02AL 109-120, 420-428, 484-502, 514-537, 556-602, 1059-1067| PSIPRED ccHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHcccEEEEEEEccccEEEEEEEEEEHHEEEcccEEEEEEccccccccccccccHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccEEEEEEEEccccccccEEEEEEccccccccccEEEccHHHHHHHHHHcccEEcccEEEEcccHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccHHHHHHHHHHHcccccEEccccHHHHHHHHHHHccccccEEEEEcccEEEEEccccccEEEcccccEEEEccEEEEEcHHHHHHHHHHHHHHccccEEcccHHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEcHHHHHHHccccEEEEEEEEEcccEEEEEEEEEcccEEEccccccccccEEccHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHcccEEccccHHHHHHHcccccccHHcccccHHEEEEccccccccHHHHHHHHHHHHcccHHHccccccccccHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHccHHHHHHHHHHHHccccccHHHccHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEcccccccHHHHHHHHHHcccccEEEEEccHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEEccHHHHHHHHHHHccccEEEEcHHHHHHHHHHHccccccEEEEEcHHHHccHHHHHHHHHHHcccccEEEEEcccccccHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHcccccEEEEEEEEccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccEEEEEEccHHHHHHHHHHHHHcccEEEEEEccccHHHHHHHHHHHccccccEEEEEEcccccccccEEEcEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHccccccEEEEEEEEcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHccHHHHHHHHHHcccc 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