[GTOP] [HELP] [ORGANISMS] [SEARCH] [SUMMARY]
Lactobacillus salivarius UCC118 (lsal0)
Gene : sbcC
DDBJ      :sbcC         Exonuclease
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  10/68 : Bacteria  382/915 : Eukaryota  96/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
c.37.1
:1033 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   1->200 1ii8A PDBj 4e-08 27.2 %
:BLT:PDB   261->406 2fxoD PDBj 5e-05 25.6 %
:BLT:PDB   580->678 2ve7A PDBj 3e-04 27.6 %
:BLT:PDB   825->1027 1ii8B PDBj 3e-05 25.7 %
:RPS:PDB   496->588 3dbhF PDBj 1e-05 16.1 %
:RPS:SCOP  2->51 1w1wA  c.37.1.12 * 4e-06 33.3 %
:RPS:SCOP  29->193 1w44A  c.37.1.11 * 1e-08 17.9 %
:HMM:SCOP  1->1027 1w1wA_ c.37.1.12 * 7.5e-46 22.4 %
:RPS:PFM   324->453 PF05622 * HOOK 7e-06 24.6 %
:RPS:PFM   551->728 PF07888 * CALCOCO1 2e-07 28.8 %
:HMM:PFM   24->102 PF02463 * SMC_N 1.7e-06 23.4 77/220  
:HMM:PFM   627->746 PF04582 * Reo_sigmaC 1.1e-05 18.3 120/326  
:BLT:SWISS 1->1027 SBCC_LACLA 2e-98 32.4 %
:COIL
:REPEAT 2|258->452|565->741
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID ABE00174.1 GT:GENE sbcC GT:PRODUCT Exonuclease GT:DATABASE GIB00337CH01 GT:ORG lsal0 GB:ACCESSION GIB00337CH01 GB:LOCATION complement(1435837..1438938) GB:FROM 1435837 GB:TO 1438938 GB:DIRECTION - GB:GENE sbcC GB:PRODUCT Exonuclease GB:NOTE COG0419 [L] ATPase involved in DNA repair GB:PROTEIN_ID ABE00174.1 GB:DB_XREF GI:90821535 GB:GENE:GENE sbcC LENGTH 1033 SQ:AASEQ MKPLKLRMKYFGPYIDETMNFTEFDNTPLFLISGKTGSGKTTIFDAMSFALFDHTSGDERDAKQMRSDFATPNDATEVTFVFEHNGIKYTVIRSPKMNLAKKRGNGTRDVEASVKVKYINKEQENIEITKKNQADKFLRDLIGLDAQQFTQIVLLPQGKFRNFLNANSADREKILRKLFGTSLYQKWTEKIQEQAKIIESENEKLTTQIQTIRQQVEIEDNDETNDEEWIVKVNNQIEEKKKKQEKVNNDITISQKQLDNLVETYQNEKVLADSIKQKEDYIHKLQSLENNQDKIELKKIYAYRLAWYQKNQQIFNNKTDLELQIKEKSDKLVLLNQESKFLIQKHETAKIEAQELEKQQENIEDLKNKISTLEVKLPVYQDVKVNQEKMSELTKNHQDTKNNLDKSVKELEKQKVSYDDLGKELAKLENLDEKQVELVNENNKLTRLSEKIDLVDHLDSEIESKKLQKEKLEKKYQEQEELVQESTDTEEKLNTLWIKNQIYFLAKQLAPGEPCPVCGSKEHPLPAEIDELEQVTEEDVKLANKKAEVERSKAKEFKLRLTSIIDEITELEQNKKESIDKILLDFELGKKHSLLELKEIFQIKNDEYQKKAKDLENKVSLKEKLKGNSQLIKNEIANLEKEKDKLKEQYDDVYYRLKMTETTLQEQRKQLSPEFEDVKQVEEYITDTKKRVEDYQTNKDKITKELQDTKAELIKVQADIDSNHQELESKKKGLSKINKEITTLIENSEINLEEIASLAKNLARLDSINNEINSYEKQILVVKTKISELDKTINNREMPNLVERNNVIVDKRKELATFQAEFSDITTEINHIQKIKQEVEQLLREQKENYKLMAEWKQLSDVMTGKSATKLSLERYVLQMYLQRVLNVANGRLKELTQGRYSFQIKDEKGSYSSNTGLEINIYDDNAGKVRPVQTLSGGESFIAALALALALGEVIQANAGGIFVDALFVDEGFGSLDSDALQIALEALQTIEGKNRMIGIISHVKELQEQIPFQVKISSNYGKSKISYRKDF GT:EXON 1|1-1033:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 1->1027|SBCC_LACLA|2e-98|32.4|959/1046| COIL:NAA 374 COIL:NSEG 12 COIL:REGION 188->218| COIL:REGION 232->284| COIL:REGION 329->377| COIL:REGION 386->416| COIL:REGION 423->425| COIL:REGION 428->429| COIL:REGION 466->486| COIL:REGION 548->555| COIL:REGION 589->662| COIL:REGION 685->749| COIL:REGION 751->755| COIL:REGION 762->793| NREPEAT 1 REPEAT 2|258->452|565->741| SEG 217->228|eiedndetndee| SEG 231->249|vkvnnqieekkkkqekvnn| SEG 465->485|kklqkeklekkyqeqeelvqe| SEG 744->755|lienseinleei| SEG 944->952|aalalalal| BL:PDB:NREP 4 BL:PDB:REP 1->200|1ii8A|4e-08|27.2|180/195| BL:PDB:REP 261->406|2fxoD|5e-05|25.6|125/127| BL:PDB:REP 580->678|2ve7A|3e-04|27.6|98/246| BL:PDB:REP 825->1027|1ii8B|3e-05|25.7|167/174| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 496->588|3dbhF|1e-05|16.1|93/431| RP:PFM:NREP 2 RP:PFM:REP 324->453|PF05622|7e-06|24.6|130/582|HOOK| RP:PFM:REP 551->728|PF07888|2e-07|28.8|177/387|CALCOCO1| HM:PFM:NREP 2 HM:PFM:REP 24->102|PF02463|1.7e-06|23.4|77/220|SMC_N| HM:PFM:REP 627->746|PF04582|1.1e-05|18.3|120/326|Reo_sigmaC| GO:PFM:NREP 3 GO:PFM GO:0000226|"GO:microtubule cytoskeleton organization"|PF05622|IPR008636| GO:PFM GO:0005737|"GO:cytoplasm"|PF05622|IPR008636| GO:PFM GO:0008017|"GO:microtubule binding"|PF05622|IPR008636| RP:SCP:NREP 2 RP:SCP:REP 2->51|1w1wA|4e-06|33.3|48/274|c.37.1.12| RP:SCP:REP 29->193|1w44A|1e-08|17.9|140/304|c.37.1.11| HM:SCP:REP 1->1027|1w1wA_|7.5e-46|22.4|388/0|c.37.1.12|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| OP:NHOMO 750 OP:NHOMOORG 488 OP:PATTERN --1-------------------------1----2-1-11---1----1-------------1-----2 ------------------------1-----------1111-111--1--11-11111----11-111111---------1-1-11-1-1111-1------1----1-11----------------11-1111--111---1111-1-21----------------1----2------------111-----111232332221312211--1111122211111111111111111111111111111111111-1-11-1---111111-1----111-------1-----------------------------111----121211111111211132211111111-1--1-11---11---11111---2------------1----------------------11-11-1--------1----------1---------1----------------------------------------------------------------------------------1111-------1--1---------------------111111-1--1----------------1-11111--11---------1--------------1---1111-1-1111111111111111111111--11---------1111-111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111--1-1111111111---------------111---------------11111111111-11111111111111111----------11111111111111------------------------2111121111----1---1--------1---------11--12111--- 3-------2-13113----21-1---1----------------1-------1-1--1--2---2--4-1233---2614425412312-1---11-1----1-------3-23--B332-1-11442A1MY61851222151453121-2421H1536234C----31-1A3--------2-1-----2------1--- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 771 STR:RPRED 74.6 SQ:SECSTR cEEEEEEEEcccccccEEEEcccccc####cccccTTccHHHHHHHHHHHHHTTcc#####cTTccTHHHHTcccEEEEEEEEETTEEEEEEE####EEEcTTccE####EEEEEEEEETTEEEccccccHHHHHHHHHHHccHHH##HTTTTcccTTTTGGGccccHH#HHHHHHHHTTcHHHHHHHHHHHHHHHHHHH####################################################HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH###HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTccHHHHHHHHHHHHHHHHHHH######################################################################EEcccccEEEEEcccccTTcTTTccccccEEccTTccHHHHHHHHHcTTccccccEEEccTTcccccccccccTTHHHHTGGGGccccGGGTcHHHHHHHHTccccHHHHHHHHHHHHHHHTccTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTHHHHHHHHHHHHccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHHHH####HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH##################################################################################HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH#HHHHHHHHHHHHH##HHHHHHH##########HHHHHHHHHHHHHHHHTTcccEEEEEEETT#######EEEEEEEcTTccccGGGccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcc#####ccEEEEEccccccccHHHHHHHHHHHHTGGGccEEEEEcccGGGGGTccccEEEEEccccEEE###### DISOP:02AL 58-67,233-249,288-288,290-291,324-339,358-359,421-433,457-481,632-640,719-720,723-726,788-801,907-916,1028-1028| PSIPRED ccEEEEEEEcccccccccEEccccccccEEEEEccccccHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHcccccEEEEEEEEEEccEEEEEEEEcccccccccccccEEEEEEEEEEEEcccccEEccccHHHHHHHHHHHHcccHHHcEEEEEEEcccHHHHHcccHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEEccHHccccccccEEEEEEcccccEEcHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHEEEEcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHccEEEEEcccHHHHHHcccEEEEEEcccEEEEEEEEcc //