[GTOP] [HELP] [ORGANISMS] [SEARCH] [SUMMARY]
Nocardia farcinica IFM 10152 (nfar0)
Gene : BAD55207.1
DDBJ      :             putative ATP-dependent RNA helicase
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  51/68 : Bacteria  148/915 : Eukaryota  117/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
c.37.1
:796 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   57->131 3berA PDBj 3e-06 40.0 %
:RPS:PDB   53->200 3b6eA PDBj 5e-14 15.9 %
:RPS:PDB   338->419 1d9zA PDBj 3e-06 28.0 %
:RPS:SCOP  50->200 1hv8A1  c.37.1.19 * 2e-13 18.8 %
:RPS:SCOP  339->424 1wp9A2  c.37.1.19 * 5e-10 19.8 %
:HMM:SCOP  73->428 2bmfA2 c.37.1.14 * 5e-39 31.2 %
:RPS:PFM   79->140 PF00270 * DEAD 5e-07 43.5 %
:RPS:PFM   338->405 PF00271 * Helicase_C 2e-05 33.8 %
:RPS:PFM   672->750 PF09369 * DUF1998 2e-13 47.4 %
:HMM:PFM   69->238 PF00270 * DEAD 7.8e-24 25.6 156/167  
:HMM:PFM   670->750 PF09369 * DUF1998 3.5e-21 31.2 80/82  
:HMM:PFM   339->406 PF00271 * Helicase_C 3.5e-11 29.4 68/78  
:BLT:SWISS 35->750 YPRA_BACSU e-102 33.6 %
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID BAD55207.1 GT:GENE BAD55207.1 GT:PRODUCT putative ATP-dependent RNA helicase GT:DATABASE GIB00210CH01 GT:ORG nfar0 GB:ACCESSION GIB00210CH01 GB:LOCATION complement(376432..378822) GB:FROM 376432 GB:TO 378822 GB:DIRECTION - GB:PRODUCT putative ATP-dependent RNA helicase GB:PROTEIN_ID BAD55207.1 LENGTH 796 SQ:AASEQ MWDAAGADPALGYGRSLLNRVQRGGPDRRLTHAVDLPARPAETTEWPAWVHPDVIAALDTYGIGAPWTHQTRTAELAAGGQHVVVSTGTASGKSLGYQLPVLTALREDPRATALYLAPTKALGADQLRALGELTHEGPLREVHPATYDGDTPAEIRQWVRDNARWIFTNPDMLHVGMLRSHQRWARVFRRLRYVVVDECHAYRGVFGSHVALVLRRLRRVAAHYGADPVFVLCSATTADPAAAASRLIGAPCVAVTEDGSPRGARTVALWEPPLTAATGENGAPVRRSATIEAARIMADLVVEGARTLTFVRSRRSAELAAREARGLLGEVDPRLAERVAAYRAGYLAEDRRELEAALSDGRLLGAATTNALELGVDIAGLDAVVISGFPGTVASFWQQAGRAGRRSQGSLVLLVATDDPLDTYLVHHPDALLDKPVEATITDPTNPYVLGPQLLCAAAELPLTDAEAEELGATRVLADLAAQGRIRRRVAPRTGAGRWHITAHTHPHDDVDVRGGIGAPVAIVDGETGRLLGTADAGRAPATLHPGAVHLHQGETFVVDELDLTDGVAFVHAGDPGWTTSARKLTSLTVESVLAERHHGGVTSAFAQVCVTSQVIGYLRTLPTGEVMDLVELDLPAQTLPTKAVFYTVTPDLLAEAGIDARRIPGALHAAEHAAIGLLPLVATCDRWDIGGVSTAEHPDTGLPTVFVYDGQPGGAGFAERGFAQLRRWLAATLAAIESCRCATGCPSCVQSPKCGNGNNPLDKDGAARLLRAVLGALDRTSAAAVGAGQGADLTP GT:EXON 1|1-796:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 35->750|YPRA_BACSU|e-102|33.6|700/749| SEG 210->222|valvlrrlrrvaa| SEG 235->244|attadpaaaa| SEG 312->330|rsrrsaelaareargllge| SEG 766->778|gaarllravlgal| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 57->131|3berA|3e-06|40.0|75/220| RP:PDB:NREP 2 RP:PDB:REP 53->200|3b6eA|5e-14|15.9|138/182| RP:PDB:REP 338->419|1d9zA|3e-06|28.0|82/590| RP:PFM:NREP 3 RP:PFM:REP 79->140|PF00270|5e-07|43.5|62/167|DEAD| RP:PFM:REP 338->405|PF00271|2e-05|33.8|68/76|Helicase_C| RP:PFM:REP 672->750|PF09369|2e-13|47.4|78/81|DUF1998| HM:PFM:NREP 3 HM:PFM:REP 69->238|PF00270|7.8e-24|25.6|156/167|DEAD| HM:PFM:REP 670->750|PF09369|3.5e-21|31.2|80/82|DUF1998| HM:PFM:REP 339->406|PF00271|3.5e-11|29.4|68/78|Helicase_C| GO:PFM:NREP 6 GO:PFM GO:0003676|"GO:nucleic acid binding"|PF00270|IPR011545| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00270|IPR011545| GO:PFM GO:0008026|"GO:ATP-dependent helicase activity"|PF00270|IPR011545| GO:PFM GO:0003676|"GO:nucleic acid binding"|PF00271|IPR001650| GO:PFM GO:0004386|"GO:helicase activity"|PF00271|IPR001650| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00271|IPR001650| RP:SCP:NREP 2 RP:SCP:REP 50->200|1hv8A1|2e-13|18.8|144/208|c.37.1.19| RP:SCP:REP 339->424|1wp9A2|5e-10|19.8|86/279|c.37.1.19| HM:SCP:REP 73->428|2bmfA2|5e-39|31.2|282/0|c.37.1.14|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| OP:NHOMO 370 OP:NHOMOORG 316 OP:PATTERN --1-1-1111111111111111112-11112111112-111--111-1-1212-111-111-----11 --11111111111111122-21--1122212-11111111121111111---111112--11211111111-----------1--111------------------------------------------------1112311111-11-----1-----------11111------------12111---2-1---------------111111---1111-11------11----------------------------------------------------------------------------------------------1----------1------------3---13-21--1--------------------------------------------------11----1-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------------111-111111111----------1---1111--------------------------------------------------------------11-------------------------------------------1--1---------------------------------------------------------1----------------------------------------------------------------------1111111111------2-------------------------------------------------------- --11111-----11111111111111111111111111111111111111111111111111111111-11111111-1111111111-1211111----111111-12-------------------------------------------------------------------112C2221122431111131111 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 285 STR:RPRED 35.8 SQ:SECSTR #########################THHHHTHHHHHHHHHHTTccGGGHHHHHHHHHTcccccccccHHHHHHHHHHHTTccEEEEcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTEEEEEccHHHHHHHHHHTHHHHHHTHHHTTTccEEEcccccccHHHHHHHccEEEEEHHHHHHHHHHHHHHccccGGGccEEEETTccHHHHTTcEc################################################################################################################################cEEEEcTTccHHHHHHHHHHHHTTcccEEEEcccccTTcccTTEEEEEETTTTccHHHHHHHHGGGTTccccEEEEEcccccGGHHHHHHHHHHHTTcccE###################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################### DISOP:02AL 1-33, 793-796| PSIPRED ccccccccccccHHHHHHHHHHccccccccccEEcccccccccccccccccHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHccccEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEEcHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEEEccccHHHHHHHHHcccEEEEEccHHHHHHHHcccHHHHHHHccccEEEEEHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEEEEccccHHHHHHHHHHccccEEEEEcccccccEEEEEEEccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEccHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccEEEEEEccccHHHHHHHHHHHHcccccEEEEEcHHHHcccccccEEEEEEcccccHHHHHHHHHcccccccccEEEEEEcccHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccEEEcccccccccccccccccccEEEEEccccEEEEEEcHHHHHHHcccccEEEEccEEEEEEEEEccccEEEEEEEccccccccccccccccccHHHHHccccEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEcccccEEEEEEcccccEEEEcccEEEEccHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcEEEEEcccccccccEEccccccccEEEEEcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHccccccccc //