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Nocardia farcinica IFM 10152 (nfar0)
Gene : BAD55928.1
DDBJ      :             putative ATP-dependent helicase
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  1/68 : Bacteria  535/915 : Eukaryota  1/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
c.37.1
:670 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   559->653 2vsfA PDBj 3e-08 39.3 %
:RPS:PDB   7->44,536->645 3crvA PDBj 7e-19 23.6 %
:RPS:PDB   22->70 2bhrA PDBj 7e-09 20.4 %
:RPS:SCOP  15->83 1m6nA3  c.37.1.19 * 5e-07 19.4 %
:HMM:SCOP  2->232 1nktA3 c.37.1.19 * 7.3e-16 32.3 %
:RPS:PFM   177->232 PF06733 * DEAD_2 1e-04 50.0 %
:HMM:PFM   23->73 PF00270 * DEAD 1.8e-06 29.4 51/167  
:HMM:PFM   186->245 PF06733 * DEAD_2 5.4e-07 21.7 60/173  
:BLT:SWISS 3->652 DING_MYCTU 0.0 58.9 %
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID BAD55928.1 GT:GENE BAD55928.1 GT:PRODUCT putative ATP-dependent helicase GT:DATABASE GIB00210CH01 GT:ORG nfar0 GB:ACCESSION GIB00210CH01 GB:LOCATION complement(1200786..1202798) GB:FROM 1200786 GB:TO 1202798 GB:DIRECTION - GB:PRODUCT putative ATP-dependent helicase GB:PROTEIN_ID BAD55928.1 LENGTH 670 SQ:AASEQ MRALGGKERPGQVRMAAAVDHAIDTKQHLAVQAGTGTGKSLAYLVPSLRHAVRTGRTVVVSTATIALQRQLVDRDLPRLAQALAGPLGRPPRFAILKGRNNYLCLNKINSAVPDEPAEAELFDAFAISRLGREVQRLNEWASDTETGDRDELAPGVSDRAWRQVSVSSRECLGKSRCPFGQDCYAERARGESAQADVVVTNHALLAIDAISGIQVLPEHDVVVIDEAHELVDRVTGVATAELSAASISAAARRCAKLIDEREVDRLEGAAEAWHEILDNLPPARWDRLPEGAAQVLALIRDSAWNARTELSPPGSSTAQGDPDTAAARNFAVAAVEEVHDSAVRALTAFDEPDPAARRDVIWLAAEESRGGVPRKTVRMAPLSVGGLLRARLFGAATVVLTSATLQIGGSFDNLAVTWGLPAQSGDRVDPATANGGRAPSDTESIRWSSLDVGSPFDHAKSGILYVAKHLPPPGRDGLPPAYLDEIERLIDAAGGRTLGLFSSMRAARAAADAMRDRLSTPVLCQGEDATGALVGKFADDPETSLFGTLSLWQGVDVPGPSLSLVILDRIPFPRPDDPLLAARQRAVESRGGNGFLTVAANHAALLLAQGTGRLLRSVDDRGVIAVLDSRLATARYGGYLRATLPPYWETTDPDVVAKALRRLTADAAKL GT:EXON 1|1-670:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 3->652|DING_MYCTU|0.0|58.9|621/664| SEG 238->251|ataelsaasisaaa| SEG 325->338|aaarnfavaaveev| SEG 504->517|mraaraaadamrdr| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 559->653|2vsfA|3e-08|39.3|84/588| RP:PDB:NREP 2 RP:PDB:REP 7->44,536->645|3crvA|7e-19|23.6|148/551| RP:PDB:REP 22->70|2bhrA|7e-09|20.4|49/431| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 177->232|PF06733|1e-04|50.0|48/151|DEAD_2| HM:PFM:NREP 2 HM:PFM:REP 23->73|PF00270|1.8e-06|29.4|51/167|DEAD| HM:PFM:REP 186->245|PF06733|5.4e-07|21.7|60/173|DEAD_2| GO:PFM:NREP 3 GO:PFM GO:0003677|"GO:DNA binding"|PF06733|IPR010614| GO:PFM GO:0004003|"GO:ATP-dependent DNA helicase activity"|PF06733|IPR010614| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF06733|IPR010614| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 15->83|1m6nA3|5e-07|19.4|67/273|c.37.1.19| HM:SCP:REP 2->232|1nktA3|7.3e-16|32.3|133/289|c.37.1.19|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| OP:NHOMO 709 OP:NHOMOORG 537 OP:PATTERN ------------------------------------------1------------------------- 111-111111111111111-11--11111111111111111---11111---121111--11111111111-------1111-11---------------------------------------1-----------11111---11--------------------1----------------1--1----122222221322222222122222222222221111111122-111111111111111111111111111111111111111---111---1111---1111111111111111111111111--11----1-1--1-------1-1-1------1----2---111211111-1-----111-11111----------------------------------------1----------------------------1111111111111111------------------------------11111111111111111111111111111111111111--111112222312131111111111111111111111----1----------11111111111112111-------------------------11221111211222222222222222222222--11221------22222222222222222-2222222222222222222222222222212222222212122222222221-222222222222---1-----1111111111111111111-1111----------1111111111111111111---------122222222222222222222222211111111111111---1-1111----------------------------1--------111 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 233 STR:RPRED 34.8 SQ:SECSTR HHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHTTcEEEEEccTTccHHHHHHHHHTTTccEEEEEEcEEccGGGHHHHHHHHccccccEEcccccTTTHHHHcHHHHTTcccccTTEEEEEET####################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################TcccccEEEEEcccccccccccEETTEEcEEEEccccccccHHHHHHHHHTTccccTTTHHHHTHHHHHHHHHHHHHTTcccTTcEEEEEEEcGGGGcHHHHHHTTcTTcEcEEEccH################# DISOP:02AL 667-670| PSIPRED cccccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccEEEEEEcccccccHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccHHHHHHHHHHHccEEEEcHHHHHHHHHHHccccccccEEEEEccHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccEEEEEEEcccccccEEEEEEEEccHHHHHHHHHcccccEEEEcccccccccHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHcccccccccccccEEEcccccccccccEEEEEccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEccHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEcccHHHHHHHHHcccccEEEEEEEHHHHccccccccccEEEEEEccccccccHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccEEEEEEEccccccccHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHcccccccc //