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Nocardia farcinica IFM 10152 (nfar0)
Gene : BAD56062.1
DDBJ      :             putative transporter
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  19/68 : Bacteria  483/915 : Eukaryota  15/199 : Viruses  1/175   --->[See Alignment]
f.38.1
:459 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:RPS:PDB   80->220 2d33D PDBj 2e-07 8.8 %
:RPS:SCOP  23->404 1pw4A  f.38.1.1 * 3e-09 10.8 %
:HMM:SCOP  1->444 1pw4A_ f.38.1.1 * 5.3e-63 30.5 %
:RPS:PFM   30->218,305->404 PF00083 * Sugar_tr 7e-11 35.7 %
:HMM:PFM   22->371 PF07690 * MFS_1 4e-32 26.5 313/353  
:BLT:SWISS 24->400 SHIA_ECOLI 4e-59 33.9 %
:PROS 303->319|PS00216|SUGAR_TRANSPORT_1
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
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GT:ID BAD56062.1 GT:GENE BAD56062.1 GT:PRODUCT putative transporter GT:DATABASE GIB00210CH01 GT:ORG nfar0 GB:ACCESSION GIB00210CH01 GB:LOCATION 1347282..1348661 GB:FROM 1347282 GB:TO 1348661 GB:DIRECTION + GB:PRODUCT putative transporter GB:PROTEIN_ID BAD56062.1 LENGTH 459 SQ:AASEQ MSTATSSSTPTTSARRVAAATVIGTTIEWYDFFIYGTAAGLVFSELFFAPAGSSIGLVLSFATVGISFVFRPLGAFLAGHFGDRLGRRAILVATLLTMGISTSLIGLLPTYASAGVLAPILLILLRILQGISAGGEWGGAVLMAVEHAPADRRGRAGAFPQLGVPFGMVLASGVTALMTGVVAPGQAYLDWGWRVPFLLSVVLIGVGYVVRRTVDESPVFAELAAGRQRAKVPVLTLFRRHGLLVLLAALVFAGNNAAGYMTTGGFITSYATDPDGPVALDRTPVLVAITAAAALWACTTYLSGYLADRFGRKRTYLVGYGSLIVTVFPMFLLVDTGEIGLLFLGLALFTVGLGLAYGPQAAWYAELFPASIRFSGVAISYALGAILGGAFAPMIAAALVRATGSVLAVGGYLLVMFVLAVAAVLALRDRPGLDLSPAGELDGEPAVPGARMPDRVRAV GT:EXON 1|1-459:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 24->400|SHIA_ECOLI|4e-59|33.9|372/438| PROS 303->319|PS00216|SUGAR_TRANSPORT_1|PDOC00190| TM:NTM 11 TM:REGION 33->55| TM:REGION 60->82| TM:REGION 89->111| TM:REGION 113->135| TM:REGION 165->187| TM:REGION 191->210| TM:REGION 241->263| TM:REGION 282->304| TM:REGION 326->348| TM:REGION 375->397| TM:REGION 406->428| SEG 2->22|statssstpttsarrvaaatv| SEG 120->128|illillril| SEG 242->259|gllvllaalvfagnnaag| SEG 288->300|aitaaaalwactt| SEG 413->427|llvmfvlavaavlal| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 80->220|2d33D|2e-07|8.8|125/499| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 30->218,305->404|PF00083|7e-11|35.7|270/433|Sugar_tr| HM:PFM:NREP 1 HM:PFM:REP 22->371|PF07690|4e-32|26.5|313/353|MFS_1| GO:PFM:NREP 4 GO:PFM GO:0005215|"GO:transporter activity"|PF00083|IPR005828| GO:PFM GO:0006810|"GO:transport"|PF00083|IPR005828| GO:PFM GO:0016021|"GO:integral to membrane"|PF00083|IPR005828| GO:PFM GO:0055085|"GO:transmembrane transport"|PF00083|IPR005828| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 23->404|1pw4A|3e-09|10.8|361/434|f.38.1.1| HM:SCP:REP 1->444|1pw4A_|5.3e-63|30.5|410/447|f.38.1.1|1/1|MFS general substrate transporter| OP:NHOMO 2800 OP:NHOMOORG 518 OP:PATTERN ------3768886684-623322--------------------------------------113---- 111-131688C-3154433-37--2V3333325999DNnp--224-1-1441PJL726-----338P77311222222-13-A--111--------1--1-2---2-2-2-----------------1-1---1-------11111--------------131---------1-----1-----1--------1333333221223333------222-23--1-------111111111111111111-112----11-2-----11-----11--------------------------------------------------------------------------------------------------1--44461442452F551-32323244444443435-66A55G7C221-666722344544B4-----5-----1-32333333355121-1443334441122577A75F5565563233-1564-63345XOOVQTCFHHCUUaPKMKICIWJZAHCB-5HD832522611-8336---1141-------11--1-1--1----21--------------111111-----1-5455341-1211211-------1-1---------------1--------------1---------87782875779688866-776678666778666566778766--28878888888778788944754551-333333333333----11111575711-11-------22211--177778571125-AAC9BFD91EFFF-B9A955449555----------1----54545444441111---------------------------------------------------------1- ---------------------------------------------------------------------------------------------1-4-------122--6------------------------------------------------------3------------11-----1----1---231---1 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------------------- STR:NPRED 125 STR:RPRED 27.2 SQ:SECSTR ###############################################################################TTcccccTTccccccHHHHHHHHHHHHHcccHHHHTTcc########EETTEEccccccccccGGGccccEEEEccccTTccHHHHHHHHcc########cEEEEEEEEccTTcTTcccHHHHHHHHHHHHHHHHcccccc############################################################################################################################################################################################################################################### DISOP:02AL 1-12, 219-235, 434-459| PSIPRED ccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccccccccccHHHccc //