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Nocardia farcinica IFM 10152 (nfar0)
Gene : BAD57831.1
DDBJ      :             putative transporter
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  41/68 : Bacteria  661/915 : Eukaryota  105/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
f.38.1
:542 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:RPS:PDB   85->195 2d33D PDBj 5e-10 9.0 %
:RPS:PDB   339->425 2d33D PDBj 2e-04 5.7 %
:RPS:SCOP  41->194 1pw4A  f.38.1.1 * 4e-13 15.8 %
:HMM:SCOP  1->512 1pw4A_ f.38.1.1 * 5.1e-70 29.6 %
:RPS:PFM   41->194,266->402 PF07690 * MFS_1 2e-22 37.3 %
:HMM:PFM   29->425 PF07690 * MFS_1 4.4e-49 28.0 339/353  
:BLT:SWISS 41->440 YUSP_BACSU 1e-48 32.0 %
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
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GT:ID BAD57831.1 GT:GENE BAD57831.1 GT:PRODUCT putative transporter GT:DATABASE GIB00210CH01 GT:ORG nfar0 GB:ACCESSION GIB00210CH01 GB:LOCATION complement(3168170..3169798) GB:FROM 3168170 GB:TO 3169798 GB:DIRECTION - GB:PRODUCT putative transporter GB:PROTEIN_ID BAD57831.1 LENGTH 542 SQ:AASEQ MSSSVETGTRPDPDAMTHREVLEAMTGLLAALFTALLSTTIVATALPTIIGDLQGSQTAYAWVITTALLANAASTPIWGKLADLFNKKLLVQLSIVIFVAGSILAGVAHSVDVLLAARVVQGIGMGGLTALVVAIIGSIVAPRERGRYSGLMGAVMAVSMSGGPILGGVIVDSPLGWRWCFFVCVPLAVIALFLLQRTLRLPTERKDDVSIDWLGAVLLTAGVSVLLIWVSFAGKAGYYDWVSRESVLYVGGGVLLLAATVWVEARAKAPIIPLKIVTERTTGLAIIASIAVGVGMFGATTFLGQYFQTSRAYSPTIAGVLTIPMVAGMLVASVVSGQMITRFGKWKSFVVSGAALMVVGFSLLATIDHATNLWLVGIYITVIGLGMGMMMQNLVLAVQNTVSVQNIGAASSSVAFFRTFGGAIGVSVLGSVLATRVSELSAEGFARLGIRPSGEGGSNLDLSGLPAPVLDVIRASYGDATGRIFLIAAVATFVALLAAAVLPNRPLRRTIDIDPAQDPMRTGVPAAPEERDGVELEKARTS GT:EXON 1|1-542:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 41->440|YUSP_BACSU|1e-48|32.0|394/541| TM:NTM 14 TM:REGION 24->46| TM:REGION 57->79| TM:REGION 92->114| TM:REGION 121->143| TM:REGION 151->173| TM:REGION 178->200| TM:REGION 212->234| TM:REGION 241->262| TM:REGION 282->304| TM:REGION 317->339| TM:REGION 347->369| TM:REGION 378->400| TM:REGION 414->436| TM:REGION 482->504| SEG 24->40|amtgllaalftallstt| SEG 247->257|vlyvgggvlll| SEG 488->502|aavatfvallaaavl| RP:PDB:NREP 2 RP:PDB:REP 85->195|2d33D|5e-10|9.0|111/499| RP:PDB:REP 339->425|2d33D|2e-04|5.7|83/499| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 41->194,266->402|PF07690|2e-22|37.3|287/347|MFS_1| HM:PFM:NREP 1 HM:PFM:REP 29->425|PF07690|4.4e-49|28.0|339/353|MFS_1| GO:PFM:NREP 1 GO:PFM GO:0055085|"GO:transmembrane transport"|PF07690|IPR011701| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 41->194|1pw4A|4e-13|15.8|152/434|f.38.1.1| HM:SCP:REP 1->512|1pw4A_|5.1e-70|29.6|412/447|f.38.1.1|1/1|MFS general substrate transporter| OP:NHOMO 5410 OP:NHOMOORG 807 OP:PATTERN --1---964444448514212--2--------2121--1111-A952411442----12-1354---- 3355q437AA967487888-8822J8777778AA9BEURL5MCP9A853962AA7517--DE9398GUPL34222433-142414112221--2-----1-31--9-2-2--------------111111-1111-8774521153--2------11---------2--3-------------3441---292C99A9ACBC7CDABBC62CA5BBBA3344653656565AL365555655655555654684693CE35525DC669A63864765333311-1133-----------11111111111111-----1---1--9C111212111135991332-----4--2-783331-23321111--11-93331112124D87424664541244234444A-434238483E1-G444CD5FFC455513-12-12112-14444444451123115---------------1-----1--1------443336449JMOLPJFFEFDIISNIIGI9GPHR8EAF--98D-14226273A3461-11-321122222---1-2-2414122131224-1-1211421442361121-----------1---------11-77435121--22223333-13433-1122-212------------55552935555566655-55455565555655555547D87A5535625445334554555B55365542-744444444444----5534322211-433----2--22-1-11-55445-51111-6666897716885266613222332312332333334221143433333331---------111--------------------------------------1---1--11121 ----121----1-16SQjHZUcWvvthLLHLFKheRIOKMFLOCCCbRKfghzjGNUSNKIM36726A5445C3E56547577777A7-IKAQ6F7B9AFB28H9D--4-------------------------------------------------1----1-1------------------1--1-b----1--1- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 194 STR:RPRED 35.8 SQ:SECSTR ####################################################################################ccTTccccccHHHHHHHHHHHHHcccHHHHTTccEETTEEccccccccccGGGccccEEEEccccTTccHHHHHHHHcccEEEEEEEEccTTcTTcccHHHHHHHHHHHHH###############################################################################################################################################TcccccTTccccccHHHHHHHHHHHHHcccHHHHTT####ccEETTEEccccccccccGGGccccEEEEccccTTccHHHHHHHHcc##################################################################################################################### DISOP:02AL 1-20, 451-462, 505-542| PSIPRED ccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHccHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc //