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Nocardia farcinica IFM 10152 (nfar0)
Gene : topA
DDBJ      :topA         putative DNA topoisomerase I
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  66/68 : Bacteria  901/915 : Eukaryota  171/199 : Viruses  1/175   --->[See Alignment]
e.10.1
:976 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   20->597 1cy7A PDBj e-104 47.5 %
:RPS:PDB   20->610 1cy2A PDBj e-156 44.4 %
:RPS:SCOP  21->610 1d6mA  e.10.1.1 * e-146 24.2 %
:HMM:SCOP  19->610 1mw9X_ e.10.1.1 * 1.3e-176 47.0 %
:RPS:PFM   22->126 PF01751 * Toprim 1e-11 51.1 %
:RPS:PFM   127->178 PF08426 * ICE2 8e-05 44.2 %
:RPS:PFM   157->607 PF01131 * Topoisom_bac 1e-81 51.9 %
:RPS:PFM   808->895 PF04587 * ADP_PFK_GK 3e-05 32.2 %
:HMM:PFM   158->604 PF01131 * Topoisom_bac 6.8e-121 43.3 390/404  
:HMM:PFM   21->141 PF01751 * Toprim 7.7e-30 52.1 94/96  
:HMM:PFM   915->972 PF07382 * HC2 3.1e-08 62.1 58/194  
:BLT:SWISS 22->898 TOP1_MYCTU 0.0 75.5 %
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:REPEAT 3|703->737|781->812|835->879
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID BAD55209.1 GT:GENE topA GT:PRODUCT putative DNA topoisomerase I GT:DATABASE GIB00210CH01 GT:ORG nfar0 GB:ACCESSION GIB00210CH01 GB:LOCATION 379850..382780 GB:FROM 379850 GB:TO 382780 GB:DIRECTION + GB:GENE topA GB:PRODUCT putative DNA topoisomerase I GB:PROTEIN_ID BAD55209.1 LENGTH 976 SQ:AASEQ 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1121111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111123-322444312341--1131112221211111111111111111111111111111111111132321111111111111111222211111111111111111222112233333333333334332222233413422221222223332222221232222223221211111211111211112211121111141122111111111111111111111121111111111111123333333333333326222333122232221133341211121122111111111111111111111112111111111111111-11111113112111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111116111112211111111111111152121211111132512111112111112111211111121311112111221122221111111111111121111111111211111232121111221332321321121123232111111221212121-111121--11112133231221111121-3112111222211111112223322343122332222332322412111121-222222222422--1111111111111122222222232222332211211111121122222331223322331111111111232222222222221121322111311111211111111111111111111111-111-1111111111111112112121222111 11-1111-633111111111111111122111-1-1-------11111111111111-1111-11111111-11111--111111-11-12111-11111111212111142321212-2122-63-318H2-3222--122221-111121-4132222491321-11131222223282212343241333121111 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---- STR:NPRED 636 STR:RPRED 65.2 SQ:SECSTR 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377-391, 410-411, 845-851, 908-976| PSIPRED 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