[GTOP] [HELP] [ORGANISMS] [SEARCH] [SUMMARY]
Nocardia farcinica IFM 10152 (nfar0)
Gene : valS
DDBJ      :valS         putative valyl-tRNA synthetase
Swiss-Prot:SYV_NOCFA    RecName: Full=Valyl-tRNA synthetase;         EC=6.1.1.9;AltName: Full=Valine--tRNA ligase;         Short=ValRS;

Homologs  Archaea  68/68 : Bacteria  911/915 : Eukaryota  197/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
a.102.1a.2.7a.27.1a.29.8c.26.1
:893 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   16->774 1gaxA PDBj 0.0 45.8 %
:RPS:PDB   18->776 2bteA PDBj e-117 22.8 %
:RPS:SCOP  29->497 1f9dA  a.102.1.2 * 1e-72 15.3 %
:RPS:SCOP  526->581 2bl7A1  a.29.8.2 * 4e-11 16.0 %
:RPS:SCOP  597->774 1gaxA5  a.27.1.1 * 2e-44 35.1 %
:HMM:SCOP  13->595 1ileA3 c.26.1.1 * 7.3e-126 37.4 %
:HMM:SCOP  596->842 1ffyA1 a.27.1.1 * 6.4e-52 36.8 %
:HMM:SCOP  826->891 1ivsA1 a.2.7.3 * 1e-15 48.5 %
:RPS:PFM   31->585 PF00133 * tRNA-synt_1 e-132 47.9 %
:RPS:PFM   626->728 PF08264 * Anticodon_1 7e-21 43.7 %
:RPS:PFM   826->890 PF10458 * Val_tRNA-synt_C 1e-10 44.6 %
:HMM:PFM   29->439 PF00133 * tRNA-synt_1 1.3e-147 43.9 408/601  
:HMM:PFM   451->583 PF00133 * tRNA-synt_1 1.3e-47 47.5 120/601  
:HMM:PFM   626->770 PF08264 * Anticodon_1 1.3e-41 38.5 143/152  
:HMM:PFM   826->891 PF10458 * Val_tRNA-synt_C 8.3e-19 39.4 66/66  
:BLT:SWISS 1->893 SYV_NOCFA 0.0 100.0 %
:PROS 57->68|PS00178|AA_TRNA_LIGASE_I
:PROS 815->821|PS00307|LECTIN_LEGUME_BETA
:COIL
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID BAD56193.1 GT:GENE valS GT:PRODUCT putative valyl-tRNA synthetase GT:DATABASE GIB00210CH01 GT:ORG nfar0 GB:ACCESSION GIB00210CH01 GB:LOCATION 1510361..1513042 GB:FROM 1510361 GB:TO 1513042 GB:DIRECTION + GB:GENE valS GB:PRODUCT putative valyl-tRNA synthetase GB:PROTEIN_ID BAD56193.1 LENGTH 893 SQ:AASEQ MTSTAPDNSRNRADALPKSWDPSAVEAEMYERWVSAGYFTADPASGKPAYSIVLPPPNVTGTLHMGHALDHTLMDTLARRKRMQGYEVLWLPGMDHAGIATQTVVEKQLAVDGKTKEDFGRELFVEKVWDWKRESGGAIQWQMRALGDGVDWSRDRFTMDEGLSRAVQTMFKRLYDAGLIYRAERLVNWSPELRTAISDIEVKHEDVEGELVSLRYGSLNDDEPHVVVATTRVETMLGDTAVAVHPDDPRYRDLIGTTLEHPITGRQIPIVADDYVDPEFGSGAVKITPAHDPNDFEIGLRHNLPMPTIMDERGRIANTGTEFDGMDRFEARVKVRERLAREGRVVAEKRPYIHSVGHSERTGEPIEPRLSMQWWVKVEALAKAAGDAVRNGQVVIHPASQEPRWFEWVDNMHDWTISRQLWWGHRIPIWYGPDGEVVCLGPGETPPEGWVQDPDVLDTWFSSGLWPFSTMGWPDATPELTKFYPTSVLVTGYDILFFWVARMMMFGMYVAEDPALTAGKDPGQVQVPFKDIFLHGLIRDQHGKKMSKSRGNGIDPLDWIRSYGADALRFTLARGAQPGGDLSVGEPHALASRSFVTKLFNATKFALLNGAAPGELPDRGSLTDADRWILDRLDEVLAEVDAAFDAYEFGKACEALYHFAWDELCDWYLELAKVQFAADGARAESTRTVLGTVLDAVLRLLHPVIPFVTESLWKALTGGESVVVAAWPTASGVTPDADAARRIADAQRLITEIRRFRSDQGLADKQKVSAKLIGVDSAELDALAPAIAALARLTEAGPDFAATASVEVRLSGATVTVELDTSGSVDLEAERKRLEKDLAAAQKELATTEGKLGNEAFLAKAPEQVVDKIRTRRDVAAAEVARIGARLAELGAR GT:EXON 1|1-893:0| SW:ID SYV_NOCFA SW:DE RecName: Full=Valyl-tRNA synthetase; EC=6.1.1.9;AltName: Full=Valine--tRNA ligase; Short=ValRS; SW:GN Name=valS; OrderedLocusNames=NFA_13480; SW:KW Aminoacyl-tRNA synthetase; ATP-binding; Coiled coil;Complete proteome; Cytoplasm; Ligase; Nucleotide-binding;Protein biosynthesis. SW:EXACT T SW:FUNC + BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 1->893|SYV_NOCFA|0.0|100.0|893/893| GO:SWS:NREP 6 GO:SWS GO:0004812|"GO:aminoacyl-tRNA ligase activity"|Aminoacyl-tRNA synthetase| GO:SWS GO:0005524|"GO:ATP binding"|ATP-binding| GO:SWS GO:0005737|"GO:cytoplasm"|Cytoplasm| GO:SWS GO:0016874|"GO:ligase activity"|Ligase| GO:SWS GO:0000166|"GO:nucleotide binding"|Nucleotide-binding| GO:SWS GO:0006412|"GO:translation"|Protein biosynthesis| PROS 57->68|PS00178|AA_TRNA_LIGASE_I|PDOC00161| PROS 815->821|PS00307|LECTIN_LEGUME_BETA|PDOC00278| COIL:NAA 40 COIL:NSEG 1 COIL:REGION 820->859| SEG 736->748|dadaarriadaqr| SEG 778->796|aeldalapaiaalarltea| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 16->774|1gaxA|0.0|45.8|731/862| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 18->776|2bteA|e-117|22.8|706/876| RP:PFM:NREP 3 RP:PFM:REP 31->585|PF00133|e-132|47.9|535/593|tRNA-synt_1| RP:PFM:REP 626->728|PF08264|7e-21|43.7|103/153|Anticodon_1| RP:PFM:REP 826->890|PF10458|1e-10|44.6|65/66|Val_tRNA-synt_C| HM:PFM:NREP 4 HM:PFM:REP 29->439|PF00133|1.3e-147|43.9|408/601|tRNA-synt_1| HM:PFM:REP 451->583|PF00133|1.3e-47|47.5|120/601|tRNA-synt_1| HM:PFM:REP 626->770|PF08264|1.3e-41|38.5|143/152|Anticodon_1| HM:PFM:REP 826->891|PF10458|8.3e-19|39.4|66/66|Val_tRNA-synt_C| GO:PFM:NREP 18 GO:PFM GO:0000166|"GO:nucleotide binding"|PF00133|IPR002300| GO:PFM GO:0004812|"GO:aminoacyl-tRNA ligase activity"|PF00133|IPR002300| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00133|IPR002300| GO:PFM GO:0005737|"GO:cytoplasm"|PF00133|IPR002300| GO:PFM GO:0006412|"GO:translation"|PF00133|IPR002300| GO:PFM GO:0006418|"GO:tRNA aminoacylation for protein translation"|PF00133|IPR002300| GO:PFM GO:0000166|"GO:nucleotide binding"|PF08264|IPR013155| GO:PFM GO:0004812|"GO:aminoacyl-tRNA ligase activity"|PF08264|IPR013155| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF08264|IPR013155| GO:PFM GO:0005737|"GO:cytoplasm"|PF08264|IPR013155| GO:PFM GO:0006412|"GO:translation"|PF08264|IPR013155| GO:PFM GO:0006418|"GO:tRNA aminoacylation for protein translation"|PF08264|IPR013155| GO:PFM GO:0000166|"GO:nucleotide binding"|PF10458|IPR019499| GO:PFM GO:0004832|"GO:valine-tRNA ligase activity"|PF10458|IPR019499| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF10458|IPR019499| GO:PFM GO:0005737|"GO:cytoplasm"|PF10458|IPR019499| GO:PFM GO:0006412|"GO:translation"|PF10458|IPR019499| GO:PFM GO:0006438|"GO:valyl-tRNA aminoacylation"|PF10458|IPR019499| RP:SCP:NREP 3 RP:SCP:REP 29->497|1f9dA|1e-72|15.3|417/629|a.102.1.2| RP:SCP:REP 526->581|2bl7A1|4e-11|16.0|50/79|a.29.8.2| RP:SCP:REP 597->774|1gaxA5|2e-44|35.1|171/218|a.27.1.1| HM:SCP:REP 13->595|1ileA3|7.3e-126|37.4|420/453|c.26.1.1|1/1|Nucleotidylyl transferase| HM:SCP:REP 596->842|1ffyA1|6.4e-52|36.8|247/273|a.27.1.1|1/1|Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases| HM:SCP:REP 826->891|1ivsA1|1e-15|48.5|66/66|a.2.7.3|1/1|tRNA-binding arm|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x*62756543494583555436116344447FG56584846B94555456y5655556BB5556796965 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 776 STR:RPRED 86.9 SQ:SECSTR EEEEEEEcTTcccEEEEccccHHHHHHHHHHHHHHHTccccccccTTcEEEEEEccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTcEEEcccccccccHHHHHHHHHEccTTTTHHHHHHHHHTTccHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTccccGGGcccTTcHHHHHHHHHHHHHHHHTTcEEEEEEEEEEETTTTEEEcGGGcTTEEEEEEEEEEcGGGccccccEEEEEEccGGGGGGccEEEEcTTcTHHHEEEEEEEEcTTTccEEEEEEcTTccTTcTTcEEEEcGGGcHHHHHHHHHTTccccccEcccccEEcccGGGTTccHHHHHHHHHHHHHHHTcEEEEEEEccccccccEEcccccccccHHEEEETTTEEEEcccTTccccccccccHHHHcccccGGGGcHHHHEEEccccccEETTTHHHHTTcTTcHccccEEEEcGHHHHTTcccccccccccEEcccEEEcEEEEEEETTEEEccHHHHHHHcccccEEEHHHHHHTTHHHTTTTcTTcGGcEEEEcTTccEEEEEcccccTTTTccccHHHHHHHccHHHHHHHHHccccTTccEEEcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHHTcccccccTTccTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHTTccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTcHHHHHHHHHTTTccccGGGTccccccccccHcHHHHccccEEEEEEETTEEEEEEEEcccccHHHHHHHHT##################################################################################################################### DISOP:02AL 1-2, 8-19, 892-893| PSIPRED cccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccEEEEEcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccEEEEcccccccccHHHHHHHHHHccccccHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccEEcccccEEcccHHHHHHHHHHHHHHHHcccEEEccEEEEEccccccccccHHHHcccccccEEEEEEEEEEccccEEEEEEccHHHHHHcEEEEEccccHHHHHHHccEEEEcccccEEEEEEccccccccccEEEEEccccccHHHHHHHHcccccccEEccccEEccccHHHcccccccHHHHHHHHHHHcccEEEEEcHHHcccccccccccccEEEEcccccccHHHHHHHHHHHHcccccEEcccHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccEEEcccccEEEccccccccccccccccccEEEEccccHHHHHHccccccHHHHHcccEEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccHHHHccccEEEccccccccccccccccHHHHHHHcccHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccEEEccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccEEEEEcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEEEccEEEEEEcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcc //