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Nitrosococcus oceani ATCC 19707 (noce0)
Gene : ABA57121.1
DDBJ      :             MscS Mechanosensitive ion channel
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  26/68 : Bacteria  497/915 : Eukaryota  0/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
b.1.18b.38.1d.58.43f.34.1
:568 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   389->548 2vv5A PDBj 2e-11 28.6 %
:RPS:SCOP  353->380 2oauA3  f.34.1.1 * 6e-04 35.7 %
:RPS:SCOP  383->445 2oauA1  b.38.1.3 * 8e-15 25.4 %
:RPS:SCOP  447->548 2oauA2  d.58.43.1 * 3e-14 23.7 %
:HMM:SCOP  34->129 1uadC_ b.1.18.18 * 5.3e-05 16.7 %
:HMM:SCOP  288->380 2oauA3 f.34.1.1 * 2.6e-11 26.7 %
:HMM:SCOP  381->445 2oauA1 b.38.1.3 * 2.8e-14 33.8 %
:HMM:SCOP  445->550 2oauA2 d.58.43.1 * 5.8e-21 36.0 %
:RPS:PFM   352->538 PF00924 * MS_channel 7e-24 34.4 %
:HMM:PFM   342->539 PF00924 * MS_channel 5.5e-47 29.8 198/207  
:BLT:SWISS 380->544 YKUT_BACSU 4e-23 36.7 %
:TM
:COIL
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
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GT:ID ABA57121.1 GT:GENE ABA57121.1 GT:PRODUCT MscS Mechanosensitive ion channel GT:DATABASE GIB00281CH01 GT:ORG noce0 GB:ACCESSION GIB00281CH01 GB:LOCATION complement(649043..650749) GB:FROM 649043 GB:TO 650749 GB:DIRECTION - GB:PRODUCT MscS Mechanosensitive ion channel GB:PROTEIN_ID ABA57121.1 GB:DB_XREF GI:76882440 InterPro:IPR006685 LENGTH 568 SQ:AASEQ MANWRALLLFLAIFIAGNTHAEETLTPQENTTKNSASPTITAVKPNPVPGAQQRQWIKLIGEGFNAKSKVMLRLRERIFPIPPERTRFISSKILEIYVNVSTGPATWQAQVSNSEGQKTKPFSFEVKPPAAIASQPQEVEERGRKAEVEALEKKAEETDKKIEQVKETAEAAKLEAAQTALKKATVQQQVEKTAQAARAAQQQLEAAKAKAQATGDAADQKEVEKLAEEAEKRKQATAAEESRLAAIEAKEQAAKEKTTATETEIEKLQQEFAELRKQRAAKRTFLEQATTAAWIILAGFIIWFIKRLAVNKFESVTVKREEVREGSARLRTLVLLLNWLGTILIVLTVSYLVLDEFGINMAPILASVGIVGLALGFGGQYLIRDIINGIFILIEGQYSINDIIQIDEFSGVVEVVNLRHTQLRDLDGRAIYIPNGEIKKVVNFTKGYGQMVLDIGVAYKENVDHVMEVMKKVVEEMRQIPMCARFIKDFEMFGVEKFGESEIIIRCRFKTRAGKQWEIAREYRRRLKNRFDELGIEIPFPQRTLNWKTPSQSRQTEETEHTKSATYN GT:EXON 1|1-568:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 380->544|YKUT_BACSU|4e-23|36.7|158/267| COIL:NAA 150 COIL:NSEG 1 COIL:REGION 140->289| TM:NTM 4 TM:REGION 4->23| TM:REGION 290->312| TM:REGION 331->353| TM:REGION 355->377| SEG 6->16|alllflaifia| SEG 145->157|kaevealekkaee| SEG 166->185|ketaeaakleaaqtalkkat| SEG 192->236|ktaqaaraaqqqleaakakaqatgdaadqkeveklaeeaekrkqa| SEG 245->267|aaieakeqaakekttateteiek| SEG 329->347|rlrtlvlllnwlgtilivl| SEG 466->477|vmevmkkvveem| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 389->548|2vv5A|2e-11|28.6|154/256| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 352->538|PF00924|7e-24|34.4|183/203|MS_channel| HM:PFM:NREP 1 HM:PFM:REP 342->539|PF00924|5.5e-47|29.8|198/207|MS_channel| GO:PFM:NREP 2 GO:PFM GO:0016020|"GO:membrane"|PF00924|IPR006685| GO:PFM GO:0055085|"GO:transmembrane transport"|PF00924|IPR006685| RP:SCP:NREP 3 RP:SCP:REP 353->380|2oauA3|6e-04|35.7|28/86|f.34.1.1| RP:SCP:REP 383->445|2oauA1|8e-15|25.4|63/67|b.38.1.3| RP:SCP:REP 447->548|2oauA2|3e-14|23.7|97/101|d.58.43.1| HM:SCP:REP 34->129|1uadC_|5.3e-05|16.7|90/92|b.1.18.18|1/1|E set domains| HM:SCP:REP 288->380|2oauA3|2.6e-11|26.7|86/0|f.34.1.1|1/1|Mechanosensitive channel protein MscS (YggB), transmembrane region| HM:SCP:REP 381->445|2oauA1|2.8e-14|33.8|65/0|b.38.1.3|1/1|Sm-like ribonucleoproteins| HM:SCP:REP 445->550|2oauA2|5.8e-21|36.0|100/0|d.58.43.1|1/1|Mechanosensitive channel protein MscS (YggB), C-terminal domain| OP:NHOMO 757 OP:NHOMOORG 523 OP:PATTERN ---122------------------2111-1-1111---111111-----1----1111121------- 22--111----1-121111-12--1211111122221222-212111111111111-1--1111111131------------2-1------1--11-----1-22-1-2----------------11---111-12-----1111167425411111-1----44232232-1-----1----1111111-11211111111112111111--21111111111111111111111111111111111122211111--111111111--111--1------11111-------------1111111111111111111111111-1111111112111111-111-1111-1-11--111-11111111-----2-----------1--111--11-----------1------1--211-2331222344441-32323-22224231111111112212111------------------------------1---1----11111111----1122------1121111--11----------11-1211-1-----------1----522-211-31--1--1-11--31----1211---1----------------1------11132211111-1111122111-2-21-11--12313------32---113333333333-3333333333333333333222-----111111111111111113223233-----------------1-1--11----1-211111-1------111---------11-11111333-23321222---------11111-------1-----------------------------1--11--1-------------------------1--11111-1--1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 154 STR:RPRED 27.1 SQ:SECSTR ####################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################HHHHHTTccccTTcEEEccccEEEEEEEcccEEEEEcTTccEEEEEHHHHcccEEccccEEEEEEEEEEcTTccHHHHHHHHHHH######HHHcTTccTTccEEEEEEEccccEEEEEEEEEETTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTccccccccccccc#################### DISOP:02AL 1-2, 26-37, 116-143, 155-161, 228-229, 232-245, 323-324, 546-568| PSIPRED cccHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccccccEEEEEccccccccHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHEEEEEEEEcccHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccccccccHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccEEEEccEEEEEEEEEEEEEEEEcccccEEEEEccccccEEEEEcccEEEEEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccccEEEEEEEcccEEEEEEEEEEcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccEEEEEEEcccccccccccccccccccc //