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Nitrosococcus oceani ATCC 19707 (noce0)
Gene : ABA57917.1
DDBJ      :             Protein of unknown function UPF0118
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  3/68 : Bacteria  499/915 : Eukaryota  2/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
d.129.3
:547 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   401->482 1xn5A PDBj 4e-04 35.8 %
:RPS:PDB   390->530 2b79A PDBj 2e-10 8.3 %
:RPS:SCOP  402->541 2il5A1  d.129.3.5 * 4e-14 11.2 %
:HMM:SCOP  390->541 1xn5A_ d.129.3.5 * 2.5e-18 16.7 %
:RPS:PFM   7->304 PF01594 * UPF0118 1e-39 35.5 %
:HMM:PFM   10->332 PF01594 * UPF0118 1.5e-65 28.9 318/327  
:HMM:PFM   395->537 PF10604 * Polyketide_cyc2 1e-11 18.3 126/139  
:BLT:SWISS 9->304 Y630_RICPR 2e-26 29.9 %
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID ABA57917.1 GT:GENE ABA57917.1 GT:PRODUCT Protein of unknown function UPF0118 GT:DATABASE GIB00281CH01 GT:ORG noce0 GB:ACCESSION GIB00281CH01 GB:LOCATION 1582897..1584540 GB:FROM 1582897 GB:TO 1584540 GB:DIRECTION + GB:PRODUCT Protein of unknown function UPF0118 GB:PROTEIN_ID ABA57917.1 GB:DB_XREF GI:76883236 InterPro:IPR002549 LENGTH 547 SQ:AASEQ MSARRQLRFWLIGFLLFLISVYLLREILLPFVAGMVVAYLIDPLCDWLERKGCSRTAATSLVTAGFILVVSMVLLLLVPLLRSEIVHLIETLPSLIARAQDSTWPWLQLLQERWSIDMSQIQNAAKDQAGILIKWIGKTVGTILSSGLALANLLSLVFIMPVVAFYLLRDWDKLIAQIDSLLPRKHAPVIREQVKLIDTVLSGFIRGQVSVCLLLGTFYAVGLALIGLDFGLMVGMLAGLLSFIPYVGTIVGFIAGIGLAFVQFSEWTPIFLVAGVFVIGQVVEGNVLTPRLVGNRVGLHPVMVIFALLAGGGLFGFLGILLAVPVAAVVGVLTRFAIKQYVTSRYYLDLSPAADSPTQLTHDHISEGKTLTEGGDRREHKVLQQSPPIGVTQYSLVTTWRIEAPIAAVWNAISNAESWPTWWNYVERVVKLKTGDKNGLGSRYGLLWRTRLPYKISLESKVTRIEAPVFAEVIVSGDVEGWGRWRLASKGSITEVRYDWHVRVTKFWMNWLTPLLKPVFKWNHSVVMKQGGKGLARYLDARFIGME GT:EXON 1|1-547:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 9->304|Y630_RICPR|2e-26|29.9|294/351| TM:NTM 7 TM:REGION 16->38| TM:REGION 66->88| TM:REGION 137->159| TM:REGION 206->228| TM:REGION 237->259| TM:REGION 267->289| TM:REGION 309->331| SEG 68->81|lvvsmvllllvpll| SEG 144->156|lssglalanllsl| SEG 305->333|ifallaggglfgflgillavpvaavvgvl| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 401->482|1xn5A|4e-04|35.8|67/138| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 390->530|2b79A|2e-10|8.3|133/142| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 7->304|PF01594|1e-39|35.5|293/328|UPF0118| HM:PFM:NREP 2 HM:PFM:REP 10->332|PF01594|1.5e-65|28.9|318/327|UPF0118| HM:PFM:REP 395->537|PF10604|1e-11|18.3|126/139|Polyketide_cyc2| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 402->541|2il5A1|4e-14|11.2|134/162|d.129.3.5| HM:SCP:REP 390->541|1xn5A_|2.5e-18|16.7|138/0|d.129.3.5|1/1|Bet v1-like| OP:NHOMO 686 OP:NHOMOORG 504 OP:PATTERN ----------------------------------1---------------1-1--------------- -21--1-------1-------------------111---------1------1----1---------11-----------1-2-----111--111-------1--21-1--------------1-----1---1-111221111-11-1---11--------1-1---11------------211----11143333333323233322244333331112312222221112222222222222222221131222221111221122212222222111122222222222222222111111111111142211-222213222111111121211---332111-12111-22-1111111111------1----1111111------------1111111111-22222122231-11111122212211---1111111111--------1---21211111111111111111111111111111------------111111-----2232------111121-1111111-----1-----11-11-1111111111-211--1--11---------3-1332-1-11-31--------------------------1111111---1-1-1----111111111--1-1--13112------21---2----------------1---1---1-----21111-11-11111111111111111-1-111---111111111111--11-----------11111111111-111111111111111121----1111111112111-11111111---------------11111111111111----------------------------------------------------------1 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1-----------------------1---- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 154 STR:RPRED 28.2 SQ:SECSTR ####################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################ccTTccEEEEEEEEcccHHHHHHHHHcGGGGGGTcTTEEEEEEccEEEEETTcccTTcEEEEEETTcccEEEEEccccTTEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEcTTEccEEEEEEEEEccccccTTHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHH##### DISOP:02AL 1-2, 356-357, 367-382| PSIPRED cccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccccHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHccEEEEEEEEEccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccccccHHHHcccEEcccccHHHHHHHHccccccEEEEEEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHcHHHHcccEEEEEEcccccccHHHHHHHHEEEcccccEEEEEEEEEEcccEEEEEEEEEEEEEEEEEEEcccccEEEEEEEEEEEEcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccc //