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Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (pubi0)
Gene : proW
DDBJ      :proW         Glycine betaine/L-proline transport system permease protein
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  14/68 : Bacteria  402/915 : Eukaryota  0/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
f.58.1
:501 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:RPS:PDB   408->442 3dhwA PDBj 1e-11 40.0 %
:RPS:SCOP  328->496 3dhwA1  f.58.1.1 * 1e-10 21.7 %
:RPS:PFM   333->489 PF00528 * BPD_transp_1 2e-10 31.2 %
:HMM:PFM   334->490 PF00528 * BPD_transp_1 1.7e-27 29.9 157/185  
:HMM:PFM   28->73 PF10947 * DUF2628 8.5e-08 23.3 43/108  
:HMM:PFM   86->132 PF00700 * Flagellin_C 0.00068 31.9 47/86  
:BLT:SWISS 238->469 PROW_ECOLI 3e-36 38.8 %
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID AAZ21617.1 GT:GENE proW GT:PRODUCT Glycine betaine/L-proline transport system permease protein GT:DATABASE GIB00256CH01 GT:ORG pubi0 GB:ACCESSION GIB00256CH01 GB:LOCATION 772872..774377 GB:FROM 772872 GB:TO 774377 GB:DIRECTION + GB:GENE proW GB:PRODUCT Glycine betaine/L-proline transport system permease protein GB:PROTEIN_ID AAZ21617.1 GB:DB_XREF GI:71062614 GB:GENE:GENE proW LENGTH 501 SQ:AASEQ MDNKANRNPSRDELITDFVKSNPDYYIKEFKKIGSKPTYSFSFNLFAFIFGPIWFGMRNIWNWTLAFLIIETFSVVQIIRGLFGNITAEAIAKVEQVKSTIAFRNKQLEAAIENNPDKIDVFERNIKSLEDAMQGYLDEITRIEASAIWIAIFGFILLIGIKIVQGVLANSILEKKYSEWLSDKSIHPGMQMKNYILSGVFTSVIMIFTVIHYSFPGLLQIMDTFPTHPEIRLFSIKWIEIVFDYAVVKGDLIFTAITIGIRSVLDFLELLFVKTPWIVIITAIVTLTGLSAGPRAAIYSTGFLCYMGFLGFWVKAMTTLALLGTAAVLSIAIGIPLGIFCARRQRFYSLIRPIMDFMQTMPAFVFMIPVIAFFGTGKVAAVIITMIFGGTPVVRLTVLGLRGVPETIREAAIAYGATKWYLLRKVDLPLATPSILAGVNQTVMLSLAMVVVASLIGAKGLGQDVLEALQYANVGQGILAGIAILFVALILDRVVQGKKRV GT:EXON 1|1-501:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 238->469|PROW_ECOLI|3e-36|38.8|232/354| TM:NTM 12 TM:REGION 38->60| TM:REGION 64->86| TM:REGION 147->169| TM:REGION 199->221| TM:REGION 234->256| TM:REGION 268->290| TM:REGION 300->320| TM:REGION 322->341| TM:REGION 349->371| TM:REGION 382->404| TM:REGION 437->459| TM:REGION 474->496| SEG 147->163|aiwiaifgfilligiki| SEG 318->327|ttlallgtaa| SEG 389->405|ggtpvvrltvlglrgvp| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 408->442|3dhwA|1e-11|40.0|35/203| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 333->489|PF00528|2e-10|31.2|157/195|BPD_transp_1| HM:PFM:NREP 3 HM:PFM:REP 334->490|PF00528|1.7e-27|29.9|157/185|BPD_transp_1| HM:PFM:REP 28->73|PF10947|8.5e-08|23.3|43/108|DUF2628| HM:PFM:REP 86->132|PF00700|0.00068|31.9|47/86|Flagellin_C| GO:PFM:NREP 3 GO:PFM GO:0005215|"GO:transporter activity"|PF00528|IPR000515| GO:PFM GO:0006810|"GO:transport"|PF00528|IPR000515| GO:PFM GO:0016020|"GO:membrane"|PF00528|IPR000515| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 328->496|3dhwA1|1e-10|21.7|166/203|f.58.1.1| OP:NHOMO 664 OP:NHOMOORG 416 OP:PATTERN -----------------------------------1--11111-111--1111-------1------- ----111--------------------------------------11-1--1--------21-1-212221-----------2-----1111-2-----------1-11------------------------------11------------1---1---1-1------1-1-----1--------------21111111111211121-2222111---132-22222221211111111111111-22213-21121----22--332-211-1112221212122-----------11111111111111--------2-1111---11111111222111112---1----2211-112-1-----1--------------------------33333333333-11-112-2241169944465465411---11632223-4--------1---1--1-----------------------------2-----111111333333222-11122222-2413-2-2----2--1111-1112----1--1---------------11112111-2111----------1---1------------------------------11----1---3-1111-11------1--11---111-------2111-111111111111-1112111111111111111111111112212222222222222211111111-222222212222---------------231-----1-----------------11--2222333313322-422-----------112-----22311---1-11----------1------11111111------------------------------1---------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 35 STR:RPRED 7.0 SQ:SECSTR #######################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################TTTHHHHHTccTHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHH########################################################### DISOP:02AL 1-13, 110-112| PSIPRED ccccccccccHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccc //