[GTOP] [HELP] [ORGANISMS] [SEARCH] [SUMMARY]
Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (pubi0)
Gene : pstA
DDBJ      :pstA         ABC transporter
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  40/68 : Bacteria  732/915 : Eukaryota  1/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
f.58.1
:419 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   277->377 3d31C PDBj 5e-04 28.3 %
:RPS:PDB   299->336 3dhwA PDBj 6e-13 34.2 %
:RPS:SCOP  182->417 2r6gG1  f.58.1.1 * 4e-18 13.5 %
:RPS:PFM   4->153 PF11812 * DUF3333 9e-15 29.3 %
:RPS:PFM   278->352 PF00528 * BPD_transp_1 5e-11 38.7 %
:HMM:PFM   4->154 PF11812 * DUF3333 1.2e-43 34.4 151/155  
:HMM:PFM   220->415 PF00528 * BPD_transp_1 3.4e-20 21.9 178/185  
:BLT:SWISS 196->344 YQGI_BACSU 2e-18 30.4 %
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID AAZ21983.1 GT:GENE pstA GT:PRODUCT ABC transporter GT:DATABASE GIB00256CH01 GT:ORG pubi0 GB:ACCESSION GIB00256CH01 GB:LOCATION complement(1130159..1131418) GB:FROM 1130159 GB:TO 1131418 GB:DIRECTION - GB:GENE pstA GB:PRODUCT ABC transporter GB:PROTEIN_ID AAZ21983.1 GB:DB_XREF GI:71062980 GB:GENE:GENE pstA LENGTH 419 SQ:AASEQ MNKEQRLKKRHNAEKRFKLYGLTSILLAIFFVIFLLNAIFSKGSGAFLKTTIDVEVNFDADTLELSESPPLEDLENTDYYELAIDSILKVKKVNGLTEEKLLINLFSPDYEYEIRNFLLDNPKALNQTTVLKLTASDDFDQLHKGNYPRELPEERRRINNFQLNLYDELVNEGKVNKIFNSYLFTKGDSRNPELAGIGGALVGSFFTIVITLLLSFPIAIAASVYLEEFAPKNKITDFIEININNLAAVPSIVFGLLGLGILLGTFHLPRSTPLVAGITLALMTLPRIIIPCRASLKAVPPSIREGALAIGASKVQSVTHHVLPLAIPGTLSGTIIGLAQALGETAPLILIGMVAFVVDIPSIPTDPSASLPVQVYLWSEQAERGFVEKTSATIMVLLSFLITLNFIAVYLRQKFERKW GT:EXON 1|1-419:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 196->344|YQGI_BACSU|2e-18|30.4|148/294| TM:NTM 6 TM:REGION 19->41| TM:REGION 200->222| TM:REGION 240->262| TM:REGION 273->295| TM:REGION 338->360| TM:REGION 390->412| SEG 25->40|illaiffvifllnaif| SEG 63->75|lelsesppledle| SEG 255->264|gllglgillg| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 277->377|3d31C|5e-04|28.3|99/248| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 299->336|3dhwA|6e-13|34.2|38/203| RP:PFM:NREP 2 RP:PFM:REP 4->153|PF11812|9e-15|29.3|150/155|DUF3333| RP:PFM:REP 278->352|PF00528|5e-11|38.7|75/195|BPD_transp_1| HM:PFM:NREP 2 HM:PFM:REP 4->154|PF11812|1.2e-43|34.4|151/155|DUF3333| HM:PFM:REP 220->415|PF00528|3.4e-20|21.9|178/185|BPD_transp_1| GO:PFM:NREP 3 GO:PFM GO:0005215|"GO:transporter activity"|PF00528|IPR000515| GO:PFM GO:0006810|"GO:transport"|PF00528|IPR000515| GO:PFM GO:0016020|"GO:membrane"|PF00528|IPR000515| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 182->417|2r6gG1|4e-18|13.5|222/284|f.58.1.1| OP:NHOMO 1389 OP:NHOMOORG 773 OP:PATTERN 111-------------1---1--2444324442121112222221111224211-1--1-----1--1 -1--312111111122222-2---22222221----111311222111122212121122223121111112111111-1211111222222-2--------2--12-2----------------21231311122222232222233223341122111111242453611111111111111112111-1213333333343333331222223342322222222222242222222222222222112222312211212221122221222222444444422244444443444222222222222222222222241241123233331312222-222322213-11222542-322222212--112222122212-1-----------22222222222-112112112-22322322233222-2-122222222222111111111--1-1222222211122---------------222222212-1222-1111112122211112222221111112--121211111-1-12213112213-------2222-222522222222221-211112232112121352--22222222---------2122111111122112141111111311111333111--22111------11221121111111111-111111111111111111111122211111111111111111111111111--133333323333--11---------12131-11----2222---22222222---1122221112122211111---------133333333343333--1-1------111--21------22212222--1----1---1--1----1111--111121-111111111 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1----------------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 99 STR:RPRED 23.6 SQ:SECSTR ####################################################################################################################################################################################################################################################################################HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccTTTTTHHHHHTccTHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTccHHHHHHHcTTccH##HHHHHHHTTTHHHHHHH########################################## DISOP:02AL 1-5, 7-10, 418-419| PSIPRED cccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcHHHHEEEEEEEEEEccHHHHcccccccHHHHHcccHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEcHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccc //