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Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (pubi0)
Gene : pstC
DDBJ      :pstC         ABC transporter
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  58/68 : Bacteria  784/915 : Eukaryota  2/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
f.58.1
:466 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   239->383 3dhwA PDBj 9e-08 25.8 %
:RPS:PDB   344->381 3dhwA PDBj 9e-13 36.8 %
:RPS:SCOP  241->418 2r6gG1  f.58.1.1 * 2e-12 14.0 %
:RPS:PFM   5->102 PF12501 * DUF3708 1e-13 33.7 %
:RPS:PFM   250->398 PF00528 * BPD_transp_1 9e-10 31.0 %
:HMM:PFM   5->143 PF12501 * DUF3708 2.9e-34 30.2 139/170  
:HMM:PFM   256->458 PF00528 * BPD_transp_1 9.6e-25 23.1 173/185  
:HMM:PFM   118->179 PF10067 * DUF2306 0.00068 20.0 60/103  
:BLT:SWISS 166->430 YQGH_BACSU 6e-31 33.3 %
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID AAZ21984.1 GT:GENE pstC GT:PRODUCT ABC transporter GT:DATABASE GIB00256CH01 GT:ORG pubi0 GB:ACCESSION GIB00256CH01 GB:LOCATION complement(1131411..1132811) GB:FROM 1131411 GB:TO 1132811 GB:DIRECTION - GB:GENE pstC GB:PRODUCT ABC transporter GB:PROTEIN_ID AAZ21984.1 GB:DB_XREF GI:71062981 GB:GENE:GENE pstC LENGTH 466 SQ:AASEQ MNIIILLLVTIFSYLSFLYGRSRIRKITSTQSIKINALPNYYGYYLALWCALPALIILLFWSIFEPAIIKYLISQTLIQNDLNYSGDQLNLLYQKIRSLYEGNFSGTLTEEIKIGVKNYENLQTIAQNSKIVLLLSTFIAAISYGIFRISKNNKARHDVEKILTGLLFVCSLVAILTTMGIIFSLLFESLKFFSAINIFDFLFGMNWSPQRAFVSDASAITALEYENLKGAFGSVPLFAGTAFIALIAMLVAVPIGLFSGIYMAEYASSKVRKYSKPIIEILAGIPTVVYGFFAALTVGPFFRELGEKLNLEVSSESALAAGLVMGVMIIPYVSSLSDDVINAVPQSLRDGSYAIGATKSETIKNVVIPAALPGIVGSVLLAVSRAIGETMIVVMAAGLAANLTINPLESTTTITTQIVMLLIGDQEFDSPKTQSAFALGLTLFFATLILNYIALRFVKKYREKYE GT:EXON 1|1-466:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 166->430|YQGH_BACSU|6e-31|33.3|240/309| TM:NTM 10 TM:REGION 1->21| TM:REGION 50->72| TM:REGION 127->149| TM:REGION 160->182| TM:REGION 237->259| TM:REGION 281->303| TM:REGION 316->338| TM:REGION 359->381| TM:REGION 385->407| TM:REGION 436->458| SEG 183->194|fsllfeslkffs| SEG 436->450|afalgltlffatlil| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 239->383|3dhwA|9e-08|25.8|132/203| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 344->381|3dhwA|9e-13|36.8|38/203| RP:PFM:NREP 2 RP:PFM:REP 5->102|PF12501|1e-13|33.7|98/167|DUF3708| RP:PFM:REP 250->398|PF00528|9e-10|31.0|142/195|BPD_transp_1| HM:PFM:NREP 3 HM:PFM:REP 5->143|PF12501|2.9e-34|30.2|139/170|DUF3708| HM:PFM:REP 256->458|PF00528|9.6e-25|23.1|173/185|BPD_transp_1| HM:PFM:REP 118->179|PF10067|0.00068|20.0|60/103|DUF2306| GO:PFM:NREP 3 GO:PFM GO:0005215|"GO:transporter activity"|PF00528|IPR000515| GO:PFM GO:0006810|"GO:transport"|PF00528|IPR000515| GO:PFM GO:0016020|"GO:membrane"|PF00528|IPR000515| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 241->418|2r6gG1|2e-12|14.0|164/284|f.58.1.1| OP:NHOMO 1856 OP:NHOMOORG 844 OP:PATTERN 112111--2222222-1-21111244442444222222222223111122421122-22-2---2-22 12--522222222243444-4222424444432222242322222212222222222222224221223222222222-122222222222232--------2--22-1----------------22132422212222242222244424463411222222342464622222222222221212222-2224444444444444442222224442422222222222252222222222222222222222212211222221122111122222444444422244444445444222222222222222222222242242223233342222222-222422235122222532-412222222--222222222222142121111221111111111111-22222222212232241123312224-22222222222122222222244212222222222222---------------2222222121222222222222122222222222222222222-222241211122112224222224-------111212225231212223332422221444221222452--22222222--1------2222133222222221242222222422222444242--22112------22332222222222222-2222222222222222222222442222222222222222222422222222-233333423333--22---------222421221---2222---222222222211211111113233312222---------24444444444444421111111111111--21------22222222--2----1---1-111---1111--1111221121121-22 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1------------------------------2---- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 173 STR:RPRED 37.1 SQ:SECSTR ##############################################################################################################################################################################################################################################HHHHHHHHHHHHTTGGGGGG##GGGGTcccccHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHH#HHHHHHHHHHHTTTccEEETcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccTTTTTHHHHHTccTHHHHHHTTHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHTcccccccccccc#################################################### DISOP:02AL 24-34, 80-83, 151-156, 462-466| PSIPRED cHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccEEccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEEcccccccccHHHHHHHHHcccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccc //