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Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 (pubi0)
Gene : secY
DDBJ      :secY         Preprotein translocase SECY subunit
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  1/68 : Bacteria  908/915 : Eukaryota  17/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
f.41.1
:426 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   6->420 3dl8G PDBj 2e-84 43.0 %
:RPS:PDB   28->389 3dl8G PDBj 2e-72 24.6 %
:RPS:SCOP  10->272 1rh5A  f.41.1.1 * 8e-28 24.1 %
:HMM:SCOP  6->411 1rh5A_ f.41.1.1 * 5e-118 50.1 %
:RPS:PFM   67->402 PF00344 * SecY 2e-63 47.0 %
:HMM:PFM   68->403 PF00344 * SecY 1.5e-108 46.8 327/341  
:BLT:SWISS 3->423 SECY_RICBR e-125 52.3 %
:PROS 161->178|PS00756|SECY_2
:TM
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
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GT:ID AAZ21901.1 GT:GENE secY GT:PRODUCT Preprotein translocase SECY subunit GT:DATABASE GIB00256CH01 GT:ORG pubi0 GB:ACCESSION GIB00256CH01 GB:LOCATION complement(1061229..1062509) GB:FROM 1061229 GB:TO 1062509 GB:DIRECTION - GB:GENE secY GB:PRODUCT Preprotein translocase SECY subunit GB:PROTEIN_ID AAZ21901.1 GB:DB_XREF GI:71062898 GB:GENE:GENE secY LENGTH 426 SQ:AASEQ MSSSSQTNDLKNRIIFTIFILAVYRFGTFVPIPGIDPEQLQTMMSGNQKGLLGMFNVFSGGAVSRMAIFALGIMPYISSSIIVQLLTGVSDYFKNLKAQGETGRAKITQITRYGTVILATIQGYGLSIGLQSSADLVINPGLFFTITAVSTIVAGTMFLMWLGEQITQRGIGNGISLIIFAGIVAEIPRALVTTFELGRTGAVSTIMIIGIFVLLVATIMFIVFMERALRKILINYPKRQMGNKMYGGESSHLPLKINQAGVIPAIFASALLLLPVTFSNFSFSDNDTFLNLSSYFTQGQPLYMLLYASGIIFFTFFYTSITFNPTETADNLRKYGGFVPGIRPGENTALYIEKILTKLTTIGALYLTIVCLMPEFLIANYPIPFYLGGTSILIVVVVAIDTVTQIQTRLMSSQYEQLIKKTKFGK GT:EXON 1|1-426:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 3->423|SECY_RICBR|e-125|52.3|421/433| PROS 161->178|PS00756|SECY_2|PDOC00612| TM:NTM 9 TM:REGION 13->35| TM:REGION 60->82| TM:REGION 138->160| TM:REGION 173->195| TM:REGION 204->226| TM:REGION 259->280| TM:REGION 301->323| TM:REGION 359->381| TM:REGION 385->407| SEG 277->289|tfsnfsfsdndtf| SEG 311->323|iifftffytsitf| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 6->420|3dl8G|2e-84|43.0|398/406| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 28->389|3dl8G|2e-72|24.6|345/406| RP:PFM:NREP 1 RP:PFM:REP 67->402|PF00344|2e-63|47.0|332/337|SecY| HM:PFM:NREP 1 HM:PFM:REP 68->403|PF00344|1.5e-108|46.8|327/341|SecY| GO:PFM:NREP 3 GO:PFM GO:0015031|"GO:protein transport"|PF00344|IPR002208| GO:PFM GO:0015450|"GO:P-P-bond-hydrolysis-driven protein transmembrane transporter activity"|PF00344|IPR002208| GO:PFM GO:0016020|"GO:membrane"|PF00344|IPR002208| RP:SCP:NREP 1 RP:SCP:REP 10->272|1rh5A|8e-28|24.1|237/410|f.41.1.1| HM:SCP:REP 6->411|1rh5A_|5e-118|50.1|375/422|f.41.1.1|1/1|Preprotein translocase SecY subunit| OP:NHOMO 996 OP:NHOMOORG 926 OP:PATTERN ----------------------------------------------------------------1--- 1111211111111111111-111111111111111111111111111111111211111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222122222222211111122211111111111111111111111111111111121111111111111111111121111112221111211211212221211111111111111212111111111111111111111111111111111111121111111111111111111111111111111111111111111111111111111-111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111111111111111111111111111111-1111111111111111111111111111-11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112111111111111111111-11111111111111111111111111111111 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------11122L222121234-22------- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 418 STR:RPRED 98.1 SQ:SECSTR ##HHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHTcHHcccccccHTTTTTTTcHHHHHHcccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTcTTHHHHHHHHHHHHHTTTTccccccccccccccTHHHHHHHHHHHHHHHHHTccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccccTTTTTTTTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTcTTHHHHHHHTcccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTcccccccccTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccTTcc###### DISOP:02AL 1-4, 95-105, 239-251| PSIPRED cHHHHccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHcccHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEHHHHHHHHHHHHHHHHEEEccccEEccccccHHHHHccccccccccEEEEEEccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEcHHHHHHHHHHcccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccEEccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccc //