[GTOP] [HELP] [ORGANISMS] [SEARCH] [SUMMARY]
Thermus thermophilus HB27 (tthe0)
Gene : AAS80881.1
DDBJ      :             transcription-repair coupling factor
Swiss-Prot:             

Homologs  Archaea  1/68 : Bacteria  880/915 : Eukaryota  20/199 : Viruses  0/175   --->[See Alignment]
b.34.18c.37.1d.315.1
:978 amino acids
:SECSTR
:PSIPRED
:DISOPRED
:BLT:PDB   322->910 2eyqB PDBj e-156 49.6 %
:RPS:PDB   389->793 3bxzB PDBj 5e-45 12.3 %
:RPS:SCOP  313->387 2eyqA1  b.34.18.1 * 3e-24 37.3 %
:RPS:SCOP  388->620 2eyqA3  c.37.1.19 * 2e-82 56.2 %
:RPS:SCOP  621->828 2eyqA5  c.37.1.19 * 1e-65 52.4 %
:RPS:SCOP  825->939 2eyqA6  d.315.1.1 * 1e-20 24.6 %
:HMM:SCOP  80->140 2eyqA4 c.37.1.19 * 0.00017 42.6 %
:HMM:SCOP  205->310 2eyqA2 c.37.1.19 * 0.00016 35.8 %
:HMM:SCOP  308->387 2eyqA1 b.34.18.1 * 7.3e-21 46.2 %
:HMM:SCOP  387->669 1z3iX2 c.37.1.19 * 1.7e-67 32.0 %
:HMM:SCOP  621->829 2eyqA5 c.37.1.19 * 1.3e-45 34.9 %
:HMM:SCOP  825->980 2eyqA6 d.315.1.1 * 4e-26 34.8 %
:RPS:PFM   318->413 PF02559 * CarD_TRCF 1e-19 46.9 %
:RPS:PFM   465->605 PF00270 * DEAD 6e-05 36.0 %
:RPS:PFM   679->726 PF00271 * Helicase_C 4e-04 33.3 %
:RPS:PFM   840->910 PF03461 * TRCF 3e-10 42.3 %
:HMM:PFM   319->412 PF02559 * CarD_TRCF 2e-28 45.7 94/98  
:HMM:PFM   840->936 PF03461 * TRCF 3.4e-25 42.7 96/101  
:HMM:PFM   444->601 PF00270 * DEAD 4.6e-22 28.1 146/167  
:HMM:PFM   678->748 PF00271 * Helicase_C 2.9e-13 30.0 70/78  
:BLT:SWISS 311->915 MFD_BACSU e-163 46.8 %
:COIL
:SEG

SeqInfo AminoSeq See neighboring genes
Links GIB DAD Abbreviations Back to title page
GT:ID AAS80881.1 GT:GENE AAS80881.1 GT:PRODUCT transcription-repair coupling factor GT:DATABASE GIB00176CH01 GT:ORG tthe0 GB:ACCESSION GIB00176CH01 GB:LOCATION 514876..517812 GB:FROM 514876 GB:TO 517812 GB:DIRECTION + GB:PRODUCT transcription-repair coupling factor GB:PROTEIN_ID AAS80881.1 GB:DB_XREF GI:46196464 LENGTH 978 SQ:AASEQ MEIALERIYGHRLALPQVGAALLFAQEAPPALLLVPEARLRRYRDLSAFGAKVYVNPGLEALEEKALFVLSYEEALSPFPEDPEAWRLLLEVGRAYPREALLSRLLKLGYARDEDYRVLGEVVELGEVRLEFFGDELERLVVRGEERRRHVLLPKPGKAEGFTSKKVLHFPGPVYLDTPALAPKALWPLLAGRPWVALGGGVELPPLELGARPLPPYRGSLKALEKDLARWLAEGKRVHLFVGHARTLEYLKRRLQAFSPLILDRFPGPKGRLALLPGDFEGGAEWGEWVLLTEALVFATGGVRARVRVGEGLSDPGALSPGDYLIHPEHGVGQYLGLETREVLGVKRDYLVLRYKGEGKLYLPVEQLPLLKRHPGTTDDPPELSSLGKNEWQRAKEKARKDVEELAGRLLVLQAKRKATPGRAFPPLPEWDPLVEKGFPYELTPDQKRALEEVLRDLESPHPMDRLVSGDVGFGKTEVALRAAHRVVGHGAQVAFLVPTTLLAEQHGKTFRERFQGLPVRVAVLSRFTPPKEEEAILKGLAEGTVDIVIGTHRLLQEDVRFRDLGLLIVDEEHRFGVAQKERIRELKAEVDTLYLSATPIPRTLYSALVGLKDLSSIQTPPPGRKPIKTFLAPFDPLLVREAILFELERGGKVFYVHDRVASIEARRRFLESLVPEARIGVVHGQMPESLIEETMLLFAEGAYDVLLATTIIEAGLDVPEANTILIERADRLGLATLYQLRGRVGRREEEAYAYLFHPPRLTEAAEKRLAAIADLSDLGSGHLLAERDMEIRGVGNLLGPEQHGHIRALSLEVYTELLEEAIRKLKGEVKEERRHVTLDLALSARLPAEYVGSLEARSRYYSRFAEAKSLAELSRLVRELKERYGPLPEEAENFVALARLRLVAERKGVVSITEGLTHLEVVFPRYPLDYDARGLKGLPYRVELTQYPPGFRLEKKGLRPRDYPEALMEVLYLFADL GT:EXON 1|1-978:0| BL:SWS:NREP 1 BL:SWS:REP 311->915|MFD_BACSU|e-163|46.8|605/1177| COIL:NAA 28 COIL:NSEG 1 COIL:REGION 393->420| SEG 117->131|rvlgevvelgevrle| SEG 136->153|elerlvvrgeerrrhvll| SEG 179->191|palapkalwplla| SEG 196->211|valgggvelpplelga| SEG 301->310|ggvrarvrvg| BL:PDB:NREP 1 BL:PDB:REP 322->910|2eyqB|e-156|49.6|589/1143| RP:PDB:NREP 1 RP:PDB:REP 389->793|3bxzB|5e-45|12.3|399/440| RP:PFM:NREP 4 RP:PFM:REP 318->413|PF02559|1e-19|46.9|96/100|CarD_TRCF| RP:PFM:REP 465->605|PF00270|6e-05|36.0|136/167|DEAD| RP:PFM:REP 679->726|PF00271|4e-04|33.3|48/76|Helicase_C| RP:PFM:REP 840->910|PF03461|3e-10|42.3|71/101|TRCF| HM:PFM:NREP 4 HM:PFM:REP 319->412|PF02559|2e-28|45.7|94/98|CarD_TRCF| HM:PFM:REP 840->936|PF03461|3.4e-25|42.7|96/101|TRCF| HM:PFM:REP 444->601|PF00270|4.6e-22|28.1|146/167|DEAD| HM:PFM:REP 678->748|PF00271|2.9e-13|30.0|70/78|Helicase_C| GO:PFM:NREP 12 GO:PFM GO:0003700|"GO:transcription factor activity"|PF02559|IPR003711| GO:PFM GO:0006355|"GO:regulation of transcription, DNA-dependent"|PF02559|IPR003711| GO:PFM GO:0003676|"GO:nucleic acid binding"|PF00270|IPR011545| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00270|IPR011545| GO:PFM GO:0008026|"GO:ATP-dependent helicase activity"|PF00270|IPR011545| GO:PFM GO:0003676|"GO:nucleic acid binding"|PF00271|IPR001650| GO:PFM GO:0004386|"GO:helicase activity"|PF00271|IPR001650| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF00271|IPR001650| GO:PFM GO:0003684|"GO:damaged DNA binding"|PF03461|IPR005118| GO:PFM GO:0004386|"GO:helicase activity"|PF03461|IPR005118| GO:PFM GO:0005524|"GO:ATP binding"|PF03461|IPR005118| GO:PFM GO:0006281|"GO:DNA repair"|PF03461|IPR005118| RP:SCP:NREP 4 RP:SCP:REP 313->387|2eyqA1|3e-24|37.3|75/80|b.34.18.1| RP:SCP:REP 388->620|2eyqA3|2e-82|56.2|233/233|c.37.1.19| RP:SCP:REP 621->828|2eyqA5|1e-65|52.4|208/211|c.37.1.19| RP:SCP:REP 825->939|2eyqA6|1e-20|24.6|114/158|d.315.1.1| HM:SCP:REP 80->140|2eyqA4|0.00017|42.6|61/0|c.37.1.19|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| HM:SCP:REP 205->310|2eyqA2|0.00016|35.8|106/0|c.37.1.19|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| HM:SCP:REP 308->387|2eyqA1|7.3e-21|46.2|80/0|b.34.18.1|1/1|CarD-like| HM:SCP:REP 387->669|1z3iX2|1.7e-67|32.0|278/0|c.37.1.19|1/1|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| HM:SCP:REP 621->829|2eyqA5|1.3e-45|34.9|209/0|c.37.1.19|2/2|P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases| HM:SCP:REP 825->980|2eyqA6|4e-26|34.8|155/0|d.315.1.1|1/1|TRCF domain-like| OP:NHOMO 2041 OP:NHOMOORG 901 OP:PATTERN ------------------------------------1------------------------------- 2232222222222221222-22222222222222222222222222222222222222222222222222221222222321211222222232222--2222222322211111111122222222222222222222323332322222222222222222222222222222222222222222222223333333333333332323332333233323322222222222233333332223332233322222222322222222223222222222222222333333333332222222222222232222222222322222223222232222222323323223222323231322223222223233233232223332222222233323333333-33333333332233323323433322222322223323322222222233323222222222211--3223233222332111212232222222222222222222222222222232222222222242222222232222222232233232223422211121111121121222222222222231111222322222222222222222324222223222332222222222322232222221-23222-1111133232323333333333-33333333333333333333333333233333333333333333333333321233333333333--32222222332322324333323222232232222322233423333333333333333332222222232333333333234322222222222222221322222222222222222---1---------------------2332222222312 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1---------1-1-12A2221-1224-22111---1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STR:NPRED 621 STR:RPRED 63.5 SQ:SECSTR #################################################################################################################################################################################################################################################################################################################################TcEEEcGGGcEEEEEEEcccEETTEEEEEEEEcTTccHEEEEEEEccccccEEEEEETTccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTHHHHTTccHHHHHTHHHHHHHHHHTTccGGGcHHHHccccHHHHHHHHHTTEcTTccTTEEEEccTTccHHHHTHHHHHHHTTccccEEEEEccHHHHHHHHHTTHHHHHHTTccEEEccTTccHHHHHHHHHcHHHHHHHHHHHHTcccGGGcccccccEEEEETccEEccEEccTTTGGGcccEEEEEEccccTTccHHHHHcccEEEEcccccccccEEcccEEEccHHHHHHHHHHHHHHHHHHTccEEEEcccHHHHHHHHHHHHHTcccccccccHHHHHHHHTTTTccccEEEEcTTccTTccccTTccTHHHHTTcccccTTTTHHHHTTHHHHHHHHHHTTccEEEETHHHHHHHTccGGGcccEEEEEEEHHHHccccccccccHHHHHHHHHTcccccHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHTTcccccccGGGGGGGGGGGGccccEEcccccccccccccEEcccHHHHHHHHHHHTTccccccccHHHHHHHHHHH######HHHHHHHHHHHTcccccccHHH############################## DISOP:02AL 300-317, 377-394, 828-830| PSIPRED cEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHccccccEEEEccHHHccHHHHHHHHccHHHHccccccccccccHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHcccccccHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHccccccccccccHHcccHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccccccccccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccEEEEEEccHHHHHHHHHHHHHccccccccccccccEEEEEEEcccccEEEccEEEEEcHHHHcccHHHHHHHcccccccHHHcccccEEEEccccccccccEEEEEcccccccEEEEEEEccccEEccHHHHHHHHHccccccccccHHHcccHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccHHHHHHHHHccccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEcHHHHHHHHHHHHHHHHcccccEEEEEEccccHHHHHHHHHHHHccccEEEEEcHHHHHHccccccccEEEEcHHHHccHHHHHHHHHcccccEEEEEEccccHHHHHHHHHHHHHHHHEEEcccccEEEEEEEEEccHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEccHHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEEccccHHHHHHHHHHHHHccccEEEEEcHHHHcccccccEEEEEEccccccHHHHHHHHHHEEEccccEEEEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHccccccccccEEccEEEEcHHHHHHHHHHHHHHHHcccccccccccEEccccccccHHHcccHHHHHHHHHHHHccccHHHHHHHHHHHHHHcccccHHHHHHHHHHHHHHHHHHcccEEEEEcccEEEEEEccccccHHHHHHHcccccEEEccccccccEEEEcccccHHHHHHHHHHHHHHcc //