GTOP:How to view 3D structure ? (japanese)

立体構造を表示する方法

予測されたPDBコード（例えば1bxdAなど）をクリックすると、構造とのアライメントが表示され、その画面上に以下のようなリンクが表示されます。

[Plain]  [3D(image)] [3D(Chime-plugin)]  [3D(rasmol)]  [MODELLER]

これらのリンクのうち、 [3D(image)], [3D(Chime-plugin)], [3D(rasmol)] が予測３次構造を見るためのリンクです。これら３つのうちお使いのコンピュータによって、使えるオプションが異なります。

	[3D(image)]	[3D(Chime-plugin)]	[3D(rasmol)]
Windows 95/98/NT	○	○	X
Macintosh	○	○	X
Unix (Linux,SGI,Sun...)	○	X	○
備考	設定不要	プラグインのインストールが必要	rasmolのインストール、ブラウザの設定が必要

以下にそれぞれの設定方法を説明します。

画像で見る [3D(image)]
ページ上の[3D(image)]をクリックすると、 gif画像で立体構造が表示されます。この表示にはブラウザの特別な設定は必要ありません。アライメントされなかった領域は青で、アライメントされた領域は２次構造に応じてマジェンタ(ヘリックス)、黄色(シート)、白(コイル)で表示されます。この表示では色を変えたり、回転したりすることはできません。
Chimeプラグインを使って見る [3D(Chime-plugin)]
このオプションを使うと、ブラウザ内に表示された立体構造をマウスで回転させたり、表示スタイルを変えたりすることができます。このためにはMDLが開発したChimeという専用プラグインソフトをお使いのコンピュータにインストールする必要があります。 MDLのページから"Chime"というプラグインをダウンロードしてインストールしてください。サイトは http://www.mdlchime.com/chime/ です。無料のソフトですが、ダウンロードするためにユーザー登録を行う必要があります。 2001年7月現在、Windows 95/98/NTとMacintoshのみサポートされています。以下の手順で設定を行ってください。
1. http://www.mdlchime.com/chime/にアクセスする。
2. 新規ユーザーの場合、ユーザー登録("Register")を行う。
3. ログイン(Member Login)する。
4. Windows か Macintoshを選択する
5. ダウンロードを行う。
6. ダウンロードされたファイルをクリックすると、インストーラが起動されるので、その指示に従う。
7. 必要なら、ブラウザを再起動する
プラグインがインストールされれば、ぺージ上の[3D(Chime-plugin)]をクリックすると、以下のように立体構造が表示されます。画像表示と異なり分子の上でマウスをドラッグすると、分子を回転させることができます。また、画面下のボタンを操作することでアライメントされた領域だけの表示、同じアミノ酸のサイトの表示、リガンドの表示などをすることが可能です。
[注意1]Chime-pluginはUNIXマシンには対応していません。 Unixユーザーは次に説明するrasmolを使った表示法をお勧めします。
[注意2]Macintoshの場合、Explorerではうまく動作しない場合があります。 Netscapeの使用をお勧めします。
外部アプリケーションとしてrasmolを起動する([3D(rasmol)])
Unixマシンの場合、ブラウザ内に構造を表示させることはできませんが、 xtermとrasmolを外部アプリケーションとして起動して、立体構造を表示することができます。以下の手順に従ってください。
- rasmolをインストールする。
  http://www.OpenRasMol.org/ から、ソースをダウンロードできるので、コンパイル・インストールを行ってください。Linuxはバイナリの配布も行われています。インストール後、パスの設定も行ってください。
- ブラウザ(Netscape)の設定をする。
  1. [編集]->[設定]->[Navigator]->[アプリケーション]を選択します。
  2. [新規]をクリックします。
  3. 次のように入力して、[OK]をクリックしてください。
```
   説明  : RasMol Script
   MIMEタイプ : application/x-rasmol
   拡張子  :   [空欄のままにしてください]
   アプリケーション : xterm -e rasmol -script %s
   
```
正しく設定を行えば、ページ上の[3D(rasmol)] をクリックすると、xterm と rasmolが起動され、立体構造が表示されるはずです。操作方法は原則的に通常のrasmolと全く同じです。ただし、予測構造の場合、以下の２つのセットが前もって定義されています。一つは"ALIGN"で、クエリ配列がアライメントされた領域を指します。もう一つは"IDENTICAL"で、アライメントされた領域の中で、クエリ配列と構造が同じ残基であるサイトを指します。例えば、アラインされた構造を黄色、その中で同じ残基のサイトを緑色で表示したい場合、xtermの中のコマンドラインに以下のように入力します。
```
RasMol> select ALIGN
RasMol> color yellow
RasMol> select IDENTICAL
RasMol> color green
```

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