GTOPロゴGTOPとは?

Last update : Sep 16 2008
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  1. GTOPとは?

    GTOPデータベースは、ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果を まとめたデータベースです。 国立遺伝学研究所旧大量遺伝情報研究室 で製作されました。配列相同性解析を 主な手段として、立体構造の情報を積極的に利用していること が特徴です。

    以下の方法を使って解析しています。

    現時点で解析が終わっている種については Organismの ページをご覧ください。

  2. 各ORFの解析結果の表示

    Organismのページから遺伝子の解析結果へアクセスすることが出来ます。

    遺伝子ごとに下のような画面が表示されます。これは ヒトのENSG00000196876.3という遺伝子の場合の例です。 ( ENSG00000196876.3のページを見る)


    マスター画面

  3. 予測された立体構造の表示

    予測されたPDBコード、例えば上図の1ebfA をクリックすると、以下のような構造とのアライメント を見ることができます (1ebfAのアライメントを見る)。 さらにそれらの立体構造を表示させるには3つの方法(画像、Chime-plugin、rasmol) の3つの方法があます。画面上のアイコン、[3D(image)]、[3d(Chime-plugin)]、[3D(rasmol)]で表示できます。Chime-pluginとrasmolについては お使いのブラウザを設定する必要があります。この設定の詳細については 「立体構造を表示する方法」のページ をご覧ください。


    thrAアライメント

    遺伝子がいくつかのエクソンから成り立っている場合、アライメント上にエクソン毎に色分けされた マーキングを表示できます。


    EXONスイッチ
    矢印
    EXONアライメント

    [Exon Display ON]の状態で立体構造を表示させると、マーキングと同じ配色を立体構造に施します。
    EXON立体

  4. マスターファイル GTOPでは、検索結果の集約情報をファイルにまとめています。このファイルはマスターファイルと呼ばれ、 結果のグラフ表示の下に表示されます。マスターファイルの詳しい説明は、What is master file ?をご覧ください。

  5. 検索 マスターファイルの項目に対する検索が行えます。検索項目は遺伝子名やコメント等の全ての項目が対象となります。 検索は全ての生物種に対する検索のほか、古細菌、真正細菌、真核生物、ウイルスのみに対する検索やある生物種のみに対する検索が行えます。 クエリーは3つまで指定が行えます。各クエリーはAND条件で繋がってますので、絞込みを行いたい場合にご利用ください。
    サーチ画面

    また、これ以外にも下記の4つの検索が可能です。

    1. 拡張版キーワードサーチ
      検索を行う対象の生物種を細かく指定することが出来ます。

    2. ファミリーランキング
      各生物種ごとに、SCOP,Pfam, ProSite, Membraneなどによる 蛋白質のファミリを多い順に表示することができます。 大まかににゲノムの構成要素の特徴をつかみたいときに便利です。

    3. 配列ホモロジー検索
      アミノ酸配列を入力して、GTOP内のタンパク質配列に 対して配列検索を行うことができます。

    4. 配列テキスト検索
      アミノ酸配列を入力して、GTOP内のタンパク質配列の部位に 対して完全一致する配列を検索することができます。

  6. まとめのページ

    ゲノム全体の各種の統計データをまとめたまとめのページを見ていただくと、全てのタンパク質のリスト、Reverse PSI-BLASTで新たに構造予測された タンパク質のリスト、 予測構造のSCOPファミリーのランキングProSiteモチーフのランキングPfamファミリーのランキング などを見ることができます。 これらには対応する遺伝子のページへのリンクが貼ってあります。

  7. その他

○GTOPに関する質問・コメントは にお寄せください。


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